徐有功在司刑寺任职三年，在这三年间他纠正了数百件冤假错案，救活人命数千。三年任满后，被调至秋官，任秋官员外郎，后又升为秋官郎中，负责复核司刑寺的判决，并能参与大案的审理。徐有功到秋官不久，一天他的顶头上司周兴交给他一份案卷说：“此宗案是原道州刺史旧唐宗室李仁褒兄弟的谋反案，司刑寺已判为谋反罪，你拿去看一看……”徐有功接过案卷细细地看。他看后就对周兴说：“兄弟俩练武比箭怎能定为叛逆谋反，这不是太冤枉人了，应该马上纠正！”周兴却冷冷地一笑：“李仁褒兄弟都是旧唐李氏宗室的人，你知道圣神皇帝最可恨的是谁？管他们练武也罢、比箭也罢，他们今天动刀动枪比武，明天就会带兵谋反，定他们谋反罪有什么错？不杀他们杀谁？”徐有功嚷着道：“难道练武比箭能推论定谋反罪？天理何存，国法何在，难道皇帝就可不凭事实说话？！”两人便争执起来。
其实，周兴与来俊臣等人不同，他原是秀才出身，读过不少法律书，是一个善于锻炼构陷大狱的人，他以秋官侍郎的身份压制徐有功，并写成一状尽述徐有功的诬告之词，上奏武则天。说徐有功有某种政治动机，“故出反囚李仁褒兄弟，罪当不赦。”并说：“汉法，附下罔上者斩，面欺者亦斩。古经上有言：析言破律者杀。徐有功有意袒护谋反之贼，正合死罪，请陛下将徐有功下狱查审。”
武则天对徐有功有欣赏的一面——他忠心守法护法而且很有才干；但她又有讨厌他的一面——他常出来与她争辩，阻碍她除尽敌对势力的目的。她对徐有功的态度处在这二者的交叉之间，听周兴说要杀他，但她目前还没有这个打算，于是便下诏：“禁止逮捕审讯徐有功，罢免他的官职，削职为民。”徐有功这次与武则天连当面争辩的机会都没有，在家中接旨以后，便被除去了乌纱帽。
不过，武则天对徐有功还是另眼相看的，如果落到周兴手里，不判死罪也将被打个半死，周兴对徐有功削职为民并未到此休止。他派出了许多眼睛暗中监视徐有功的一举一动，特别是注意是否有唐的李氏宗室和旧臣来往，如果徐有功一旦有所不慎，也将被诬告谋反同党而处死罪。从上一例，可知徐有功护法守法的艰难，上有武后作威、蓄意威吓，下有酷吏网罗诬告，在这时要执法守正维护法律的公正严肃是何等之难呀！
徐有功被罢官后不到半年，以构狱他人邀功升迁的周兴，也被人指控谋反下狱，审理他的便是来俊臣，来俊臣以“请君入瓮”威吓周兴承认谋反罪名，周兴受苦不过也只得认罪，倒是武则天不同意为她尽忠多年的周兴处以斩首，而将他改为流放，不过他在流放途中也被仇人杀了，周兴的死，倒解脱了监视徐有功的一双双眼睛，武则天又重新起用徐有功，任命他为左肃政台侍御史。
徐有功推辞不成，只得就任，徐有功任侍御史后，在润州发生了一起庞氏案。庞氏原是唐睿宗李旦的岳母——窦德妃娘娘的母亲，润州刺史窦孝谌的妻子，她从女儿德妃被武则天杀死后，一直心神不定，抑郁成疾，自以为被鬼怪缠住了身。她听从一位奴仆之说，在夜间焚香祈祷驱鬼，然而这一焚香驱鬼的事却被人告发，说她在每夜焚香诅咒武则天早死。武则天从杀了德妃以后正找不到德妃亲人的“谋反”把柄和不轨行为，酷吏薛季昶为迎合武后的心意，便捏造庞氏为“不道”罪，将庞氏判为死刑，家属也缘坐流放三千里。
徐有功得悉后，他也知道这是武后的旨意，很难挽回，可他想：像这样草菅人命国法何存？我既做了侍御史就应向皇上进谏，权大于法的现象不能再延续下去，我纵然一死，也要护法！于是他直奔宫殿，向武则天奏道：“陛下，依微臣查访，庞夫人无罪可有，如滥杀一个无辜之人，不仅使天下人嗤笑，并关系到大唐的法律法度，请陛下三思，”武则天一听徐有功为她的心腹之患德妃母亲庞氏辩护，霎时就火冒三丈，十分恼怒。
而站在她的身旁的薛季昶又在一旁趁机道：“万岁，法律规定，凡是为罪人强词夺理辩护的，也应杀头。徐有功为死囚辩护，目中无皇上，应定为‘党援恶逆'罪，理应立即推出斩首，薛季昶的一番话，给正在发火的武则天无疑是火亡加油，于是她立即下令：“将徐有功轰出宫殿，令司刑寺治罪。”司刑寺便很快将徐有功议定了“党援恶逆”罪，判以死刑处斩。
徐有功有位好友，便将此消息悄悄跑到他家去告诉了徐有功，流着眼泪叫他早做准备，徐有功听后坦然地说：“不要哭，难道这世上只有我一个人会死吗？我为维护国家的法律、公正地为法律说话，权不能大于法呀！我为执法、护法而死，死何足惜！”若无其事的陪同那位朋友吃了饭，睡了午觉，午后就被刀斧手绑着押赴了刑场，被押赴刑场的消息轰动了京城，后经老臣们的仗义执言和陈词辩护，终于使武则天下令：“免去徐有功死罪，罢官流放边疆。”庞氏也由此免去了死罪，改判远流。
在司法任上约15年，就有三次被控告死罪，而他却泰然不忧，三次被赦也不阿谀奉迎，仍然矢志不渝，二次罢官，复出后仍又一心执法守法，连武则天也被他的忠贞和勇气所折服。他任法官前后执正大案六七百件，救人数以万计，既不为己谋利，也不为君主之私欲所动摇，守的是公天下之法，无私念之法，正因为他是一位守正不阿清官，才能在种种诬陷冤告中傲然挺立，使频频弹劾、推审他的酷吏，在他身上也找不到他与案犯有什么特殊关系。
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