李旦则试图在李隆基和太平公主之间寻求政治平衡，以避免伤害到任何一人，在此期间，太平公主曾劝说李旦下旨，搜集编撰了上官婉儿的著作，保留了这位才女的作品。太平公主认为太子李隆基还很年轻，因而起初并未把太子放在心上，不久之后又因惧怕太子的英明威武，转而想要改立一位昏庸懦弱的人作太子，以便使她自己能长期保住现有的权势地位。太平公主屡次散布流言，声称“太子并非皇帝的嫡长子，因此不应当被立为太子。”
李旦颁下制书晓谕警告天下臣民，以平息各种流言蜚语，太平公主还常常派人监视李隆基的所作所为，即使一些细微之事也要报知李旦。此外，太平公主还在李隆基身边安插了很多耳目，李隆基心里感到十分不安，太平公主同益州长史窦怀贞等结成朋党，想加害于太子李隆基，便指使她的女婿唐晙邀请韦安石到自己的家中来，韦安石坚决推辞，没有前往。
李旦曾经秘密地召见韦安石，对他说：“听说朝廷文武百官全都倾心归附太子，您应当对此多加留意。”韦安石回答说：“陛下从哪里听到这种亡国之言呢！这一定是太平公主的主意。太子为宗庙社稷立下了大功，而且一向仁慈明智，孝顺父母，友爱兄弟，这是天下人都知道的事实，希望陛下不要被谗言所迷惑。”李旦听过这话之后十分惊异地说：“朕明白了，您不要再提这件事了。”
当时，太平公主正在帘子后面偷听他们君臣之间的谈话，事后便散布各种流言蜚语对韦安石横加陷害，想把他逮捕下狱严加审讯，多亏了郭元振的救助才得以幸免。太平公主还曾乘辇车在光范门内拦住宰相，暗示他们应当改立皇太子，在场的宰相们全都大惊失色。宋璟大声质问道：“太子为大唐社稷立下了莫大的功劳，是宗庙社稷的主人，公主为什么突然提出这样的建议呢！”
宋璟与姚元之秘密地向李旦进言道：“宋王李成器是陛下的嫡长子，豳王李守礼是高宗皇帝的长孙，太平公主在他俩与太子之间互相构陷，制造事端，将会使得东宫地位不稳。请陛下将宋王和豳王两人外放为刺史；免去岐王李隆范和薛王李隆业所担任的左、右羽林大将军职务，任命他们为太子左、右卫率以事奉太子；将太平公主与武攸暨安置到东都洛阳。”李旦说：“朕现在已没有兄弟了，只有太平公主这一个妹妹，怎么可以将她远远地安置到东都去呢！至于诸王则任凭你们安排。”于是先颁下制命说：“今后诸王、驸马一律不得统率禁军，现在任职的都必须改任其他官职。”
太平公主得知姚元之与宋璟的计谋之后勃然大怒，并以此责备李隆基，李隆基感到害怕，便向李旦奏称姚元之和宋璟挑拨自己与姑母太平公主和兄长宋王李成器、豳王李守礼之间的关系，并请求对他们两人严加惩处。李旦将姚元之贬为申州刺史，将宋璟贬为楚州刺史，宋王李成器和豳王李守礼被任命为刺史的事也停止执行。
太平公主指使一个懂天文历法的人向李旦进言说：“彗星的出现标志着将要除旧布新，再说位于天市垣内的帝座以及心前星均有变化，所主之事乃是皇太子应当登基即位。”李旦说：“将帝位传给有德之人，以避免灾祸，我的决心已定。”太平公主和她的同伙们都极力谏阻，认为这样做不行，李旦说：“中宗皇帝在位时，一**佞小人专擅朝政，上天屡次用灾异来表示警告。朕当时请求中宗选择贤明的儿子立为皇帝以避免灾祸，但中宗很不高兴，朕也因此而担忧恐惧以至于几天吃不下饭。朕怎么能够对中宗可以劝他禅位，对自己却不能做到这一点呢！”于是，传位太子李隆基，自己退为太上皇，改元先天。
太平公主倚仗太上皇的势力专擅朝政，与李隆基发生尖锐的冲突，朝中七位宰相之中，有五位是出自她的门下，文臣武将之中也有一半以上的人依附她。太平公主与窦怀贞、岑羲、萧至忠、崔以及太子少保薛稷、雍州长史新兴王李晋、左羽林大将军常元楷、知右羽林将军事李慈、左金吾将军李钦、中书舍人李猷、右散骑常侍贾膺福、鸿胪寺卿唐和胡僧慧范等一起图谋废掉唐玄宗，此外，太平公主又与宫女元氏合谋，准备在进献给李隆基服用的天麻粉中投毒，李晋是李德良的孙子，常元楷和李慈多次前往太平公主的私宅与她订下作乱的计谋。
王琚对李隆基进言道：“形势已十分紧迫，陛下不可不迅速行动了。”尚书左丞张说从东都洛阳派人给李隆基送来了一把佩刀，意思是请玄宗及早决断，铲除太平公主的势力。荆州长史崔日用入朝奏事，对李隆基说：“太平公主图谋叛逆，是由来已久的事情。当初，陛下在东宫作太子时，在名分上还是臣子，如果那时想铲除太平公主，需要施用计谋。现在陛下已为全国之主，只需颁下一道制书，有哪一个敢于抗命不从？如果犹豫不决，万一奸邪之徒的阴谋得逞，那时候再后悔可就来不及了！”李隆基说：“你说得非常正确，只是朕担心会惊动太上皇。”崔日用又说道：“天子的大孝在于使四海安宁。倘若奸党得志，则社稷宗庙将化为废墟，陛下的孝行又怎么体现出来呢！请陛下首先控制住左右羽林军和左右万骑军，然后再将太平公主及其党羽一网打尽，这样就不会惊动太上皇了。”李隆基认为他说得很对，便任命他为吏部侍郎。
魏知古告发太平公主发动叛乱，指使常元楷、李慈率领羽林军突入武德殿，另派窦怀贞、萧至忠、岑羲等人在南牙举兵响应。李隆基于是与岐王李范、薛王李业、郭元振以及龙武将军王毛仲、殿中少监姜皎、太仆少卿李令问、尚乘奉御王守一、内给事高力士、果毅李守德等人定计率先下手诛除太平公主集团。
李隆基通过王毛仲调用闲厩中的马匹以及禁兵三百余人，从武德殿进入虔化门，召见常元楷和李慈二人先将他们斩首，在内客省逮捕了贾膺福和李猷并将他们带出，又在朝堂上逮捕了萧至忠和岑羲，下令将上述四人一起斩首。窦怀贞逃入城壕之中自缢而死，唐玄宗下令斩戮他的尸体，并将他的姓改为毒氏。李旦听到事变发生的消息后，登上了承天门的门楼。郭元振上奏李旦说：“皇帝只是奉太上皇诰命诛杀窦怀贞等奸臣逆党，并没有发生什么其他的事。”李隆基也随后来到门楼之上，李旦于是颁发诰命列举窦怀贞等人的罪状，并大赦天下，只是逆臣的亲属党羽不在赦免之列，薛稷被赐死在万年县狱中。
太平公主逃入山寺，直到事发三天以后才出来，被李隆基下诏赐死在她自己的家中，她的儿子以及党羽被处死的达数十人。薛崇简因为平日屡次谏阻其母太平公主而受到责打，所以例外地被免于死刑，李隆基赐他姓李，并准许他留任原职。唐玄宗还下令将太平公主的所有财产没收充公，在抄家时发现公主家中的财物堆积如山，珍宝器玩可以与皇家府库媲美，厩中牧养的羊马、拥有的田地园林和放债应得的利息，几年也没收不完，胡僧慧范也拥有家产达数十万缗。
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