若干年后，宇智波斑卷土重来，和千手柱间在终结之谷发生大战，最终柱间获得了胜利，而这一切都在斑的预料之中，假死的斑开始了他极为漫长的计划。
虽然失去了宇智波斑极大的削弱了宇智波一族的实力，可他们在木叶村仍然是除了千手一族之外最强的族群，这让千手一族如芒在背。
可此时木叶刚刚建立不久，如果对他们赶尽杀绝容易引起其他族群的恐慌，这将对忍村的发展极为不利，而且有“忍者之神”之称的柱间还活着，他们一族也掀不起什么风浪。
因此，千手一族将这件事搁置了下来。
在柱间去世后，二代目火影为了防止宇智波一族突然发生叛乱，方便将他们集中管理，设立了警务部，其中的成员全部是宇智波一族，另外他又设立了暗部，对警务部进行秘密监视。
长期的不信任让宇智波一族渐渐对千手一族不满，也对他们一族今后的命运感到担忧。
在若干年后，木叶爆发了九尾事件，因为宇智波斑召唤过九尾的先例，木叶高层怀疑这件事和宇智波一族脱不了干系，拒绝了宇智波族人参与此事。
在事件平息后，流言四起，因为宇智波一族没有参与九尾事件，引发了村民的误解和不满，可是木叶高层并没有出面解释此事，而是调整村中各族的布局，将宇智波一族安插到边缘地区，并使之处于被各大家族制衡与监视的位置。
在此高压之下，宇智波一族终于无法忍受，他们在暗中策划着一场政变。
这时距离九尾之乱已经过去了两年，木叶村已经从当初的阴霾走了出来，即便自来也和纲手不在村中，还有三代目火影、志村团藏和日向一族等强大的族群作为村子的护盾，而宇智波族内最强的只是宇智波止水，族长宇智波富岳和宇智波鼬三人而已。
除了宇智波止水的实力达到影级，年少的鼬和族长富岳都是精英上忍的级别，政变获胜的几率不高。
就算在木叶村强大的忍者都外出执行任务时政变成功，可在自来也等人归来之时，宇智波一族也没有足够的力量抵抗。
所以，这是一场成功几率非常低的政变，作为一族之长的宇智波富岳又怎么可能不清楚，但他同样明白，即便不发动政变，木叶的高层也不会一直留着他们。
然而，木叶的高层早就察觉了这场政变，做好了充分的准备，并且让人对宇智波止水施压，让他协助剿灭参与叛乱的宇智波族人。
宇智波止水明白这场政变无论成功与否，都会对木叶村造成极大的危害，被严重削弱的木叶到时会被其他忍村趁火打劫，到时宇智波一族的局面不但会更加难看，而且还会成为挑起叛乱的罪人，到时在整个忍界都会无处容身。
最终，他直接找到猿飞日斩，想用生命换取宇智波一族的平安，他告诉三代目族人之所以有叛乱的想法，是因为自己瞳术的强大，如果自己死去，一定会断了他们叛乱的念想。
“宽容”的三代目竟然同意了，还告诉止水一定会尽可能的善待宇智波族人。
在这之后，宇智波止水在鼬的面前自尽了，并且把眼睛托付给了这个族中他最亲近的人，和他预想的一样，这次政变因为他的死去后宣告终结。