东汉时期，军队的编制主要分为：部、曲、屯。部的主官为校尉，规模小则主官为军司马或别部司马；曲的主官为军候；屯的主官为屯长。
而最基层的编制，则是5人为伍，10人为什，主官分别为伍长、什长，这个编制，从秦朝以来，应该没改变过。
吴明要进行的军事改革，首先，在这军队编制方面，势必要稍加改进一些，但也不会完全照搬后世的班、排、连等来改。
因为后世的军队编制未必就适合于这个时期，故吴明综合了汉朝和后世的两种编制，设立了一套自己汉中独有的军队编制：
从下而上，依次为什、队、屯、曲、部、营和军。十人为一什，设正副什长两名；五什为一队，设正副都伯两名；三队为一屯，设正副屯将两名；三屯为一曲，设正副军侯两名；三曲为一部，设正副军司马两名；三部为一营，设正副校尉两名；三营为一军，设主将一名，副将一名，参军若干名。
这样一来，一营大概是5000人，一军15000人。而此时汉中的太平军、玄勇军都只有一个营的编制。
其次，吴明再要改革的就是军官选拔及升迁制度。
其一，军官的第一来源肯定来自于汉中学院。
另外，即使不是汉中学院出来的，但是只要军功足够大，能力足够强，不论出生来历，皆可凭军功晋级。当然即使是汉中学院出来的，想要晋升一样也要凭军功，吴明平时视察营地时，经常强调军功的重要性，想升官发财，那就得努力拼。
最后是，吴明特别要革除的一点，汉中军的将士，尤其是军官，除非世家子弟有能力，通过考核，否则一律不用。
吴明要的是一支铁血、勇敢、纪律严明的军队，不是要养一群公子哥、大少爷。
军队改革之后，将领任命方面，吴明也要做一些调整，以适配于新的军队编制。
自己的亲卫军神龙卫，则仍然由高思继和黄沙，一正一副校尉，高昂另派他处。
玄勇军、太平军，由于将领匮乏，暂时只有一营人马，所以主将兼正校尉，罗士信和李秀成。
白凤军，则自然还是秦良玉和杨妙真二人，分别任主将兼正校尉、副将兼副校尉。
而刘志那一军，吴明为其命名为霸王军，以高昂为主将兼正校尉，刘志为副校尉。高昂虽然为新来的，但人家可是高思继的兄弟，而且又救过主公，最关键的是，连吕布都败在人家手上，刘志自有自知之明，只能乖乖的去做副校尉。现在的主公，手下人才济济，高手如云，刘志是打心眼里高兴，因为跟着这样的主公才有前途，又哪还会有半句怨言呢！
通过这个调整，吴明才清醒的认识到，自己不仅文臣不足，武将也是大缺啊！
现在才区区五支军队，就缺少几名副职，要想再扩军，只怕根本无将可用。
想想曹操、袁绍他们，动不动就是口头挂着：“吾有战将千员，雄兵百万。”是何等的威风凛凛啊！
对于吴明的这个军事改革，李秀成、赵普等文武众将，并没有多大意见，毕竟没大改什么，与以前的制度，差别并不是太大。
再听过吴明一番解释其改革前后的利弊之后，众人更是对吴明拜服的五体投地，赞美连连。
一切大事都已经制定好，只需让赵普、李秀成他们一一落实下去，即可。
而吴明更特别强调了三点∶
一是必须尽快把汉中学院建立起来，二是要确保好良田的分配问题，杜绝发生一些不好的变乱，三是积极招揽流民和开垦荒地。
因为这三点，可是关系到以后汉中发展的根基命脉，人才和人力、物力。
只有把汉中学院建立起来，才能确保汉中的军事政治的新鲜的源泉，也可以一定程度上摆脱对世家大族的依赖。
只有解决好老百姓的吃喝问题，才能更好的发展汉中的人口、经济。
为此，吴明次日一清早起床，就迫不及待的叫上汉中学院未来的院长蔡邕，和他一起去为汉中学院挑选地址。