自从工藤优作和赤井秀一“商量一下”后分析出羽田案的死亡讯息是“乌丸”之后，整个柯南就炸了，组织的boss是那个早就死了的乌丸莲耶？
时间的车轮滚滚向前，不知道淹没了多少是是非非以及滔天拉~罪恶，让我们拨开这滚滚的车轮来一探究竟吧！
嗯......以上只是为了水字数，水水更健康。
因为“乌丸”的原因，我们这些人自然是找到了乌丸莲耶首次出现的事件，“怪盗基德作死挑战名侦探”事件。
事情大致就是“怪盗基德”给许多名侦探发出了“共进晚餐”的邀请信，这其中也包括了毛利小五郎，自然小兰和柯南也一同前往了。
没有想到在吃晚餐是却是有人中毒死了，随后幕后之人“怪盗基德”让其余人帮他找出“共进晚餐”的所在地黄昏别馆的宝藏。
最后众侦探在一起联合演戏之下找到了冒充怪盗基德的幕后黑手，然而幕后黑手却是两个人，其中一个就是死者。
(详细情况还有人物本人不细说，知道的也就知道了，不知道的可以看柯南，本人在分析时会直接进入剧情，请见谅。)
事件的幕后黑手是大上祝善(死者)和千间降代，后者是因为认为大上祝善想独吞宝藏杀自己从而“先下手为强”。
根据千间降代最后的“交代”，她的父亲是在四十年前时被人叫到这座黄昏别馆的，至于是做什么他事先不知道。
只是在到了这里之后他才知道本来应该死了十年的别馆主人乌丸莲耶没有死，和他一同被叫过来的还有很多人，而乌丸莲耶这么做是想找到其母亲留下来的宝藏。
请注意，千间降代的父亲是一个考古学家，至于专业对口还是不对口大家就见仁见智了，毕竟考古也算是“找宝藏”了。
然后就是众侦探在找线索时发现了宝藏的暗号，而且这个暗号还被大量印刷过，还有柯南几个人发现了千间降代的父亲写的“遗言”，说是解开了暗号。