5月17日，第24步兵师恢复进攻，这时第19步兵团在菲律宾游击队支援下，击破日军东翼和在5月29日攻占Mandong，日军第100师团崩溃及撤退，但之后仍要扫荡残余日军。
第24步兵师在达沃附近的战斗中共有350人阵亡及1,615人受伤，日军第100师团共损失4,500人。
同时，4月27日起，第31步兵师第124步兵团沿1号公路向40英哩(65km)外的基巴韦前进，当时第一场季候雨开始来临， 他们与日军向南推进的一个连相遇，他们在强大火力支援下杀死50名日军，其他日军逃走。
5月3日，第31步兵师到达基巴韦，日军抵抗微弱，5月6日，第124步兵团继续沿赛瑞公路向北推进，日军一个连奉命在马卡哈拉湾以南30英哩(50km)阻击美军，以争取更多时间给第30师团重组，他们阻击美军6天之久。
直到5月12日，美军在炮兵支援下才将日军赶离道路，这时，美军第40步兵师第108步兵团已在马卡哈拉湾无人防守的海滩登陆，他们沿赛瑞公路南下，力图与第31步兵师会合。
5月21日，第31步兵师攻占马来巴来，5月23日，第31步兵师与第40步兵师第108步兵团会合，美军控制了整条赛瑞公路。之后美军联同菲律宾游击队扫荡逃入山中的日军。
达沃地区的第24步兵师继续扫荡日军，6月10日，日军有组织的抵抗才结束。
当美军及菲律宾游击队继续扫荡工作时，艾克尔伯格中将宣布日军有组织抵抗已经结束，在岛上，残余日军逃入山区防守直至战争结束，共有22,000名日军在战争结束时向盟军投降，这亦标志全菲律宾群岛被解放，大约10,000名日军在战役中阵亡，超过7,000人受伤及另外8,000人因饥饿及疾病而死，美军只损失了820人及2,880人受伤。
由于菲律宾战役失败，南方军与日本本土的战略联系被切断了，全军几乎处于与外界隔绝的境地，无法再从其它战区获得人员和物资的补充。在恶劣的态势下，南方军高层领导力求收缩兵力，独立抵抗，确保以泰国为中心的印支半岛和新加坡重地，尽可能地牵制敌军重兵，以配合所谓的“本土决战”。
为此进行的主要兵力部署有:将缅甸方面军所属第15军司令部和第15、第53、第56师团撒到泰国地区，第55师团调到法属印支，第31师团调赴马来半岛;撤销第2方面军、第19军序列，缩编为第2军;第39军扩编为第18方面军，辖基干部队第4、第15、第22师团、第19军之第48师团、澳北之第46师团;第39军之第37师团和大本营直辖之第37军拨归第7方面军;将第3航空军主力(8个战队)派赴台湾。
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