次日，由上海赶到广州的孙科，获悉蒋介石的谈话意图，行装甫卸，便急忙拜访蒋介石，商议团结本党之办法。蒋介石当即表示：“坚决反对处罚西山会议派”，并指使孙科就此提出议案。然而，孙科的提议，并未被大会采纳；“弹劾西山会议派”的议案终于列入了议程。蒋介石眼见阻挠不成，又匆匆召集黄埔军校代表开会，统一思想，形成要求从宽处理西山会议派的议案，并请汪精卫出面向大会提出建议。
1月13日，大会正式讨论“弹劾西山会议派案”，由路有余代表提案审查委员会提出从重处罚的意见。汪精卫随即按照黄埔军校代表的议案，向大会提出修正意见，主张对其从轻处罚。与会代表随后进行了激烈地争论，双方各抒己见，吵闹不休。在此重要关头，陈独秀从上海发来指示，要求与会的共产党员“要保持克制，不得参与国民党内部的派系纷争”。由于陈独秀的妥协退让，国民党内左、右两派势均力敌，蒋介石又从中袒护、调和，大会最终通过了《弹劾西山会议决议案》，将西山会议派的首要分子邹鲁、谢持永远开除党籍，对参加西山会议的林森、居正、张继、石青阳等十二人提出书面警告。如此从宽处理，使蒋介石的目的基本达到。
大会的最后一项议程是选举新的中执委、中监委。当选为中执委的有汪精卫、胡汉民、蒋介石、戴季陶、宋庆龄、何香凝等，共产党人当选的有李大钊、谭平山、吴玉章、林伯渠。候补委员中有共产党人毛泽东、董必武、邓颖超。中监委则全被国民党右派所占据。随后，在二届中执委一次会议上，产生了新的中央领导机构；汪精卫、蒋介石、谭平山、林伯渠、胡汉民等九人当选为中央常务委员。至此，蒋介石便由“一大”时的一名普通党员，一跃而跻身于国民党中央领导核心，成为与汪精卫并列的一文一武两大党魁。
国民党二大后，毛泽东被任命为宣传部代理部长。面对国民党内新老右派的勾结，联想到陈独秀的无原则合作、分不清敌友的现实，毛泽东苦苦思索，撰写了《中国社会各阶级的分析》一文，在《革命》杂志上公开发表。文章劈头提醒道：“谁是我们的敌人？谁是我们的朋友？分不清敌人与朋友，必不是个革命分子。”按照马克思主义的一般原理，经济地位决定人的政治态度，阶级立场决定人的革命行动。在逐一分析了中国社会各阶级的经济地位和政治态度后，毛泽东指出：“一切勾结帝国主义的军阀、官僚、买办资产阶级、大地主阶级是我们的敌人。工业无产阶级是我们革命的领导力量。一切小资产阶级、半无产阶级、农民阶级是我们的朋友。那动摇不定的中产阶级，其右翼可能是我们的敌人，其左翼可能是我们的朋友。但我们要时常提防他们，不要让他们扰乱了我们的阵线。”
然而，毛泽东的提醒并没有引起陈独秀的重视，也未能制止蒋介石的反共行动。事实上，共产党人的善意退让，并没有使国共两党的矛盾得以缓和，相反，却使国民党新右派更加胆大妄为。后人有诗议之曰：
真知灼见意坦诚，分清敌友鸣警钟。可惜党首不理睬，埋下后患遗无穷。
蒋介石跻身国民党中常委之后，其野心急剧膨胀，朝思暮想着爬上“党国领袖”的宝座。但是，他深感有两支巨大的力量在左右威胁：一支是以汪精卫为首的国民党势力。其时，汪精卫身兼国民党中央政治委员会主席、国民政府主席、军事委员会主席等要职，其地位、权势远在蒋介石之上。另一支是以共产党为首的革命势力；尤其是随着革命形势的发展，不断壮大的中国共产党对国民党的重大影响，使蒋介石惊恐不安。于是，他处心积虑、秘密筹划，暗中开始了“反共排汪”、夺取最高领导权的尝试。
蒋介石精于权谋，惯于造谣生事，栽赃陷害，再反咬一口，乘机大打出手。他利用其黄埔军校校长的身份，鼓动孙文主义学会骨干王柏龄、欧阳格等人大造舆论，四处散布谣言，称“汪精卫被共产党所利用，出卖党国利益”；“汪精卫事事听命于苏联顾问，必将断送党国事业”。谣言纷呈，越传越凶，国民党右派分子乘机推波助澜，拼命攻击。自诩为国民党“左派领袖”的汪精卫闻讯，直气得面色铁青，却百口莫辩。
正当汪精卫穷于应付，竭力辟谣之际，蒋介石又使出阴招，突然下令将汪精卫的亲信、黄埔军第二师师长王懋功免职，任命自己的亲信刘峙为第二师师长。本来，撤换师长必须经过军委主席签署命令，但蒋介石却先斩后奏，无异于是对汪精卫的当头一棒。紧接着，蒋介石又找到汪精卫的办公室，借口苏联顾问对各军的监督，限制了他的活动，使他难以行使军事职权，公然大吵大闹，甚至以辞职相威逼，要求汪精卫签署命令，将苏联顾问季山嘉解除职务，遣返回国。汪精卫被逼无奈，只好表示：“事关重大，需召开常委会才能决定。”
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