达延汗中兴蒙古，还痛打了曾经与蒙古分庭抗礼的瓦喇部（卫拉特），他分封诸子，建立两翼，实际上也是东部蒙古，形成漠南漠北两大部的开端。
只是蒙古一直以来最大的问题都是内讧不断，所以达廷汗去世后，蒙古就开始再次陷入新的割据和分裂中。
察哈尔为避俺答汗，不断南迁，越过大兴安岭，游牧于西拉木伦河一带，牧地到了赤峰一带。
南迁后，察哈尔与明进行了反复、激烈的厮杀，损失惨重，还遭遇经济封杀，而正因汗廷的衰弱，让辽东的女真人得以发力崛起。
明末时，蒙古诸部已经早就是一盘散沙，各自为政了，林丹汗立志要恢复祖先荣耀，重新一统各部，他以察哈尔部为基础，直接控制了内喀尔喀扎鲁特部、巴林部、巴岳特部、弘吉敕特部、乌齐叶特部，并借助藏传佛教中的红教，取代诸部信奉的黄教，来树立自己蒙古大汗的绝对权威。
只是他的能力与他的野心不匹配，他改信红教的作法，更是引的诸部反对。
而在辽东崛起的努尔哈赤却积极的跟察哈尔外围的嫩科尔沁、岭南喀尔喀、喀喇沁等部联姻，先后迎接了嫩科尔沁部明安台吉的女儿，以及明安弟弟洪果尔台吉的女儿为妻，还为儿子皇太极娶了明安兄莽古斯台吉的女儿哲哲为妻，借着女真与蒙古贵族关系，将察哈尔陷入孤立无援的局面。
可林丹汗这个时候，却还在不断发动对他不服号令诸部的讨伐战争，结果就是使的更多的蒙古部落背弃他转投后金，或远走漠北投奔外喀尔喀。
最后林丹汗众叛亲离，完全丧失了对察哈尔八大营和漠南蒙古诸部的控制，他西迁呼和浩特一带的归化城，进攻漠南右翼诸部，也让女真人趁机把蒙东地区的察哈尔诸部控制在手。
林丹汗最后连河套也呆不住，只得避走青海，投奔控制青海的外喀尔喀的一位台吉，却最后病死在那，他的妻儿们最后迁回河套，皇太极御驾西征，收降察哈尔诸部，还把林丹汗的妻儿都掳走。
林丹汗的妻妾，都被皇太极和兄弟们瓜分。
甚至林丹汗的两个年幼女儿他都养在宫里，长大后嫁给自己兄弟。
自成吉思汗起，绵延了四百二十九年的大蒙古帝国，算是灭亡。
而延续三百六十四年的大元王朝也终结。
就算是北元汗廷，也在维系二百六十七年后终结。
皇太极改国号大金为大清，包括察哈尔在内的漠南蒙古十六部四十九名首领齐聚沈阳，奉皇太极为蒙古诸部的共主，并给皇太极上博格达彻辰汗号。
而皇太极也废除了自成吉思汗以来的分封制度，和自达廷汗以来的万户制度，改以八旗制，把原蒙古左右翼六万户、科尔沁万户等各部肢解为互不统领的若干蒙古部落，形成蒙古盟旗制度。
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