黑心棉时间引起的风暴非常大，直接超乎了所有人的想象，当时间被披露之后，整个大唐陷入了疯狂地对黑心棉参与者的讨伐之中，从主要的黑心棉生产商，到安西都护府的贩卖官员，安西都护府都督，再到军需部的军需官等等，全部从严从重处罚，整条线上三百多号人，杀了两百多号，只有八十九人幸存，却也是一辈子待在监狱里别想出来，即便武媚娘今后正式上台打算赦免一波天下也根本不会赦免他们。
然而，如此重的出发却没有一个人反对，即便是参与者的家属，也对参与者进行了很大的抱怨，主要还是因为在这个对魔域作战的关口，他们所做的事情对军队的伤害实在太大了，直接把一名热血沸腾、精忠报国的士兵变成了化学物质中毒的尸体，出身未捷身先死，让太多的士兵都感受到了失望和大唐的背弃，若不能及时且从严处罚，对战士们的士气打击完全可以用灾难性来形容。
而在本次事件当中，还有一个重要的人物，那就是帮助奸商配置出烂棉花洗涤药剂的人——一名来自学院的学生，他明明知道这样做会产生对人体无法逆转的灾难性损害，但在巨大的利益诱惑下，还是铤而走险，并且在进行调查时，还托关系走后门，想要依靠同窗好友和沈晨的帮助蒙混过关，其罪简直就是罪无可赦，被列为枪决人犯的第二位。
就是因为他，学院迎来了一次从上到下的彻查，所有社团和科学院中的项目全部被叫停半个月，每个人都要接受督查院和军事法庭的调查，但凡有对外接私活，甚至是无良私活的事情，都是从严从重，绝不姑息。
半个月下来，竟然挖出了十几个不仅接私活，还接有违天理道德的学生和教授，沈晨当场就气得拍桌子大骂，他们在已经享受了超高待遇的情况下，竟然还要违背良知做出这样的事情，简直就是学院的耻辱，被沈晨公开批判，剥夺学籍，永不录用，其中已经造成了他人生命和财产损失的人还被督查院和军事法庭单独调查，一切都是又快又准，把整个学院洗涤得干干净净。
面对这些人，就连他们的同窗好友都看不起他们，学院的待遇虽然并不高，但只要参与了相关项目，少说也是个富豪，但就连这样都还要选择出卖自己的灵魂，那完全就是道德水平太低，太扯淡了！
沈晨的意思是打算公开的，但经过高层的商议，最后还是决定仅仅局限在学院内部和知情人这里，毕竟，学院是大唐的灵魂和最重要的地点，就像皇宫里的事情，风流韵事无所谓，但若是牵扯到广大的百姓生命，那就必须要兜着了，否则，若是给人一种连学院这样的地方都是藏污纳垢，那么，对整个大唐的士气和民心的打击就太大了。
大唐也需要学院这种神圣的地方作为自己的标杆，让大唐的百姓对这个标杆充满向往，而不是把这个标杆拉到寻常人的水准，让人们对学院这个神圣的地方失去兴趣。
很多时候，成年人的世界就是这么身不由己，尽管沈晨不打算用这种方法包庇自己，但是，如同众人所期望的那样，学院就应该是大唐最高的学识殿堂和道德殿堂，这里不应该存在任何污渍和瑕疵，这里只能是人们心目中最纯洁，最向往的存在。
尽管沈晨做出了让步，但是，沈晨还是在学院当中加强了许多的道德课程和相关的人员审核程序，使得一些人叫苦不迭，但对于身正不怕影子斜的人俩说，却也不过是走个过场而已，而让沈晨欣慰的是，这些人毕竟还是学院里的绝大多数，区区几个人的罪孽，并不能让学院的整体风气受到感染，甚至还因为他们的可恶，使得众人开始更加严格地遵循自我价值和品格，让学院的风气上升了一个台阶。
这件事情暂时就只能这样落下一个帷幕，但在民间，却因为黑心棉事件的影响，迎来了一次所有行业的整顿和彻查，查出了一些奸商和卑劣的糊涂蛋，狠狠肃清了一次社会风气，也让整个大唐的制作行业迎来了一次质量的提升，从某种程度上讲，也算是帮了正处于更新换代之中，正在寻求新突破的大唐制造行业的大忙，为大唐今后的产品质量提升创造了有力的契机。
而在前线，由于大后方沈晨的有力支持和从严从重处罚，很快稳定了军心混乱的北方军团，其他几个军团虽然没必要准备冬衣，从而没有这一劫，但也经由这一次风波得到了一次后勤物资的全面审查，变相提高了战士的待遇和相关保证。
最后则是沈晨用了电报通稿，亲自向全军战士做了一次深刻的自我批评，使得战士们看到了一个真正关心战士生命的仙师，对沈晨的膜拜有一次得到攀登，北方军团甚至喊出了“为解放全人类而死战”的口号，这个口号一出来，顿时得到了沈晨的支持，很快进行了全军推广，成为了战士们勇敢杀敌的最高目标。