而且保留这些国家，大隋便不能大规模对其移民，获取其土，如此隋军后勤压力，还是不好解决。
李节觉得，这些西域小国传承数百年，占尽人心，当初北魏灭掉焉耆，还是让焉耆王室复国。若是真灭亡了焉耆，往后怕是要陷入没完没了的叛乱之中。
但黄明辽却是觉得，现在麻烦一些，总胜过以后麻烦。
“李长史若是担心焉耆国人成为隐患，大不了我屠灭焉耆，总不会再有人反叛了吧。”
李节无话。
于是黄明辽决定灭亡焉耆，设立郡县。
黄明辽先是下令秦琼占领焉耆国全境，并以令龙突骑前往轮台请罪的名义带走其国主，然后对焉耆国境内进行清洗。
凡心向西突厥，或者是忠于王室的，尽被清洗。
黄明辽于是下令将焉耆国分为员渠（即焉耆都城）、尉黎、危须（今新疆和硕县境）三县，并置焉耆军镇，以秦琼镇之。同时分设于术、张三城、铁门关等镇。
焉耆国中，果然反抗激烈。龙氏统治焉耆数百年，影响已经深入到整个焉耆国的一草一木。
于是焉耆一地，烽烟四起，到处都是造反复国之辈。
黄明辽乃命秦琼强力压之。
柳驴城（今新疆焉耆回族自治县西南）据城造反，秦琼率部攻破之后，屠城筑京观，于是焉耆之地民众畏惧，虽心向龙氏，但再无人敢造反。
焉耆毕竟小国，人数不多，面对隋朝大军，也翻不起大浪来，于是焉耆之地乃平。
秦琼又奉命继续向西攻破龟兹国的乌垒城（今新疆巴州轮台县境内），复置乌垒县，又设立乌垒镇。
乌垒之地，隶属于龟兹，其地人口虽少，但处在西域的中心位置，西域都护府治所还在此地设置过。秦琼占据此地，离着三弥山不过三百里，随时可以威胁到西突厥牙帐。
同时占据乌垒，将隋军在天山以南的战线推进至西域腹地，依靠图伦碛，虽然战线前移，但防御难度反而大幅下降，只要以乌垒一点，便可阻挡西突厥全军。
为了进一步威胁到西突厥的腹地，黄明远又命契苾部前出鹰娑川，返回祖地。
鹰娑川，也就叫应娑，为西突厥泥撅处罗可汗所立小可汗驻地。泥撅处罗可汗居无恒处，然多在乌孙故地，于是为了方便统治，复立二小可汗，分统所部。一在石国北，以制诸胡国。一居龟兹北，其地名应娑。
后来鹰娑川在西突厥泥撅处罗可汗东逃后为铁勒契苾部所占据，只是契苾部也没能守住此地。
鹰娑川就是后来的巴音布鲁克草原，天山之中的一个小盆地，其在三弥山以东北，土地肥沃，牧草丰美，地理位置优越。占据了此地，便能从侧翼威胁到三弥山，而且从鹰娑川往南，便是乌垒州。两地一在三弥山东北，一在三弥山东南，像两支大钳子一般，钳制住西突厥。
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