之后，柱间让“根”部入主暗部，部长不再由其他任何人担任，直接由火影本人兼任。
至于原先的“根”，则取消了编制，彻底融入暗部。
然而在暗中，千手扉间并未完全按照自己大哥的命令行事，他仍抽调了一批心腹，将“根”的核心留了下来。
之后，暗部重新开始运作，但这一次，已经彻底的改头换面，并且原先的一切情报网都不能使用，必须重新开辟，这就等于一切回归原点。木叶的情报系统，短时间内成为了瞎子。
等到村子重建的差不多时候，千手柱间亲自带人去了趟原宇智波北部的信城，那里是玄起家的地方，即便是木叶建立后也还有相当数量的宇智波族人驻守。
柱间想去看看，宇智波族人是否撤到了这里，终结谷之战爆发的太突然了，让他完全来不及反应。他想见见玄，有很多话他想当面问清楚。
不过当来到信城后，他失望了，仍旧是一座繁华的城市，可所有的宇智波族人都已撤离，连一个影子都无法见到。
不甘心的柱间又亲自前往大名府，他记得，大名身边因该有玄当初留下的亲信。
火影来访，自然得到大名最高规格的接待，在这位金主面前，表面功夫还是要做一下的，于是在陪大名走完了流程后，柱间才表明自己的来意。
答案仍未出乎预料，根据大名的回答，早在半年前，宇智波的族人已经相继撤离他身边。
柱间沉默了，呆了两天后便告辞回了木叶。大名表示身边没有高手保护缺乏安全感，千手柱间也答应他，为他培养专门的高手随身保护，被命名为守护十二士。
……
离开木叶的宇智波就好像人间蒸发了一样，任由千手柱间怎么寻找，也无法发现蛛丝马迹。
再加上暗部刚刚完成重组，情报能力有限，柱间只好把这件事令当做一条长期命令下达，希望有一天能够发现离开宇智波的踪迹。
之后，千手柱间便全身心的投入火影的工作中。
在村子重建后不久，有一条喜讯传出，千手柱间的妻子，漩涡水铃生下了一个男孩。
整个木叶村因为这件事喜庆连连，千手一族更是张灯结彩。就连千手柱间的脸上也露出了久违的笑容。
这个孩子被千手柱间取名为千手沪深。千手扉间更是对这个侄子无比喜爱。
然而，相比于喜庆的木叶村，火之国另一处所在就显的冷清许多。
在一片云雾缭绕的山谷中，简陋的村落构架浮现眼前，玄推开一扇门走入，玩笑道：“柱间的儿子出世了，你这个当大伯的不准备送份礼物么？”
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