忍界的混乱局势越来越严重。
木叶的高层没想到，趁火打劫的不是一直防备的岩忍或云隐，反而是一直不放在眼中的雨之国。
这对于一向自诩忍界第一大村的木叶是无法容忍的，他们有必要让雨之国明白，大国的尊严不容挑衅。
因此，第二波部队的派出是寄予了厚望的，虽然人数只有三千，却尽是大族精锐。
而且，就算只有三千的忍者，在数量上也高于雨之国，这就是大村的底蕴。
于是，雨忍村与木叶再次交锋在一起，山椒鱼半藏也表现出了让整个忍界为之侧目的实力，面对火之国庞大的力量，竟取得了连胜，打的木叶第二部队连连后退。
整个火之国的西部，被雨忍村牢牢的占据了一大块。
不过木叶的部队也是训练有素，这种情况下收拢忍者，修建出一道道的防御阵地，开始与雨忍村对峙。
而震怒的木叶高层彻底的爆发了村子的战争的潜力，高手开始源源不断的支援战场，雨忍村面对的压力越来越大。
这场战争是漫长的，从木叶第四十二年十月，一直持续到木叶第四十三年六月，大半年的时间中，木叶始终未能将雨忍村彻底击溃。
这种情况下，让一直观察着忍界形式的岩忍村念头大动，看起来现在的木叶已经自顾不暇了，如果在这种时候再去搀和一脚……
然而就在岩忍村犹豫的时候，木叶被彻底逼急了，三代火影猿飞日斩，与志村团藏一起，亲赴雨忍村战场。
忍术博士与半神的正式对话展开了。
那一战，根据目睹者的回忆称，是他们见过的最恐怖的战斗，地形都被两人的战斗所影响，天空中云层变化，根本就是两个怪物。
而最终，山椒鱼半藏独木难支，在猿飞日斩和志村团藏两人的联手之下，半藏终究不敌，雨忍村与开始败退。
战场渐渐转移，由火之国境内往雨之国压去，场面彻底的铺开，一场在雨之国的攻防战开始打响，战火烧遍整个雨之国。
此时，雨忍村已经处于下风，待到局势稍稍稳定后，三代火影重新回到村子坐镇。
木叶第四十三年七月，砂隐村展开一场蓄谋已久的反攻，木叶部队在措不及防之下损失惨重，千手一族的一位影级强者阵亡，被迫退回河之国与风之国边境。
战争依旧持续着，弥漫的硝烟中，时间快速的流逝，战场上的忍者朝不保夕，不知道今天闭眼后是否能够看到明天的太阳。
从战国时代到如今，口口宣扬着和平的到来，最终却发现，忍者的宿命似乎没有丁点的改变。
木叶第四十四三月年，砂隐村计划偷袭木叶部队后方，欲切断整个木叶部队的补给线，却意外的被木叶的一个小队潜入得知。
随后，这个小队的队长让同伴带着情报率先离开，只身断后，于砂隐村众多高手中硬生生的杀出一条血路，就连三代风影都未能将他留下。