不过这毕竟只是土著的少部份，而大部份居住在婆罗洲内陆的土著并没有被训化，在英国、荷兰殖民婆罗洲的时期，他们就进行激烈的反抗，虽然英国、荷兰的军队武器先进，且又训练有素，但土著毕竞熟悉地理环境，又擅长在丛林中生活，而婆罗洲的地域广阔，绝大部份都是山林，因此在城市、港口附近，土著不是英国、荷兰的对方，但一进入丛林中，英国、荷兰的军队也很难抵抗得住土著的袭击。
当然那些生活在靠近海岸线的土著部落却抵当不住英国、荷兰军队的进攻，要么被灭族，要么逃入内陆去躲避。于是双方也就这样达成了一种微妙的平衡。不过这种平衡主要还是建立在英国、荷兰在婆罗洲投入太多的资源，因此力量有限，如果英国、荷兰决定全力开发婆罗洲，既使是有原始丛林为依托，土著也不能抵抗得住英国、荷兰的武力攻击。
而华东政*府接管了婆罗洲之后，虽然对土著施行怀柔政策，但经过了英国、荷兰的殖民之后，婆罗洲内陆的土著部落很难相信外来人，在他们看来，华东政*府和英国、荷兰没有什么区别，都是来抢夺自己的土地，奴役自己的部落的，因此同样对华东政*府采取敌视态度。
尽管华东政*府努力的向土著示好，再三表示自己是华人，很早就在婆罗洲居住了，和英国、荷兰不一样，但这些土著部落都十分顽固，对华东政*府根本不信任，而且在此以前，婆罗洲的华人也是他们攻击的目标，由于华人精于耕种养殖，普遍较为富裕，而且性格又偏于懦弱，因此攻击华人的居住区、农场不仅容易得手，而且收获颇丰，自然也不会在意华东政*府的示好。
另外英国、荷兰虽然将婆罗洲割让给华东政*府，但心里却是有所不甘，因此也憋着劲想给华东政*府找些麻烦，而挑动土著部落和华东政*府的矛盾，自然是最好也最容易的，虽然英国、荷兰一直和土著部落不和，但毕竟相处了近百年，多少也有些联系，也有一些归化的土著可以充当中间人，要想挑动土著部落和华东政*府的矛盾到也不难，何况土著部落对华东政*府也无好感，自然是一点就着。
于是有几个土著部落袭击华东政*府的城市农场，不过海军陆战队的守卫颇为严密，土著部落到没有占到多少便易。不过华东政*府一直奉行“人不犯我，我不犯人，人若犯我，我必犯人” 的原则，既使土著部落打上门来，华东政*府也不客气，首先派人查明这几个土著部落的位置，然后组织兵力进行征伐。
这几个土著部落到也防着华东政*府的征伐，他们采取的是利用丛林的掩护，在中途袭击人民军的战术，以前土著对付英国、荷兰军队时，就是采用的这一套战术，往往能在行军的中途，让英国、荷兰军队损失惨重，有时还没能赶到部落的住地，就因为损失较大，而中途撤军，既使是走到了部落的住地，英国、荷兰军队也会伤亡重大，既使是将部落给灭了，也是一场惨胜，因此土著认为用这套战术对付人民军，也一样有效。
但他们却不知道，华东政*府的海军陆战队不同于别的军队一，是专门受到丛林生存和丛林作战的训练，他们对丛林的熟悉，以及对丛林地势、树木、植物等的利用，以及在丛林中活动生存的能力，都丝毫不弱于土著部落的战士，甚至还要更胜一筹，而且海军陆战队的装备武器，以及集体协作战术的运用，更是远在土著之上，因此在丛林中作战，优势反而到了人民军的一方，于是土著设置的埋伏不仅大多都被人民军识破，并且顺势对土著进行反包围或反伏击作战，结果土著战士反而被人民军打得伤亡惨重。
当丛林不能再保护土著的时候，结果自然是没有任何悬念了，土著部落在人民军的现代武器面前，基本就等于毫无设防一般，轻易就被人民军给攻破了。
于是人民军连续攻破了几个跳得最欢的土著部落之后，其他的土著部落也都知道了人民军的厉害，知道依靠丛林的掩护，也不可能阻当人民军，因此才都老实了许多，轻易也不敢再去招惹华东政*府，而且对华东政*府的示好，也就有所回应，毕竞打不过只能老老实实的合作。于是华东政*府恩威并施，到了现在，大部份土著部落也都服从华东政*府的统治，而少数仍然不服从华东政*府的部落，也不敢主动与华东政*府为敌了。
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