在战神李玄霸的心目中：“秦王李世民的野心之大，大如上青天，我害怕他会干出一些过分的事情，我更担心与我有些一母同胞兄弟之情的大哥和四弟会命丧在李世民之手！”
有人劝高祖说：“突厥之所以屡次侵犯关中地区，是由于我们的人口与财富都集中在长安的缘故。如果烧毁长安，不在这里定都，那么胡人的侵犯便会自然平息下来了。”
高祖认为有道理，便派遣中书侍郎宇文士及越过终南山，来到樊州、邓州一带，巡视可以居留的地方，准备迁都到那里去。太子李建成、齐王李元吉和裴寂都赞成这一策略，萧瑀等人虽然知道不应当如此，却不敢谏阻。
秦王世民挺身而出，劝谏道：“北方少数民族为祸中原的情况自古就有。陛下凭着圣明英武，创建新王朝，安定中夏，拥有百万精兵，所向无敌，怎么能因有胡人搅扰边境，便连忙迁都来躲避他们，使举国臣民感到羞辱，让后世来讥笑呢？
那霍去病不过是汉朝的一员将领，尚且决心消灭匈奴，何况儿臣还愧居藩王之位呢！希望陛下给我几年时间，请让我把绳索套在颉利的脖子上，将他逮到宫阙之下。
如果到时候不成功，再迁都也为时不晚。”高祖说：“说得好。”李建成却说：“当年樊哙打算率领十万兵马在匈奴人中间纵横驰骋结果失败了，秦王的话该不会是和樊哙的相似吧！”李世民说：“面对的情况各有区别，用兵的方法也不相同。樊哙那小子有什么值得称道的呢！不超过十年，我肯定能够将漠北地区平定下来，并不是凭空妄言啊！”
于是，高祖不再迁都。李建成与嫔妃因而共同诬陷李世民说：“虽然突厥屡次在边疆上为祸，但只要他们得到财物就会撤退。秦王假托抵御突厥的名义，实际上是打算总揽兵权，成就他篡夺帝位的阴谋罢了！”
高祖在京城南面设场围猎，太子李建成、秦王李世民和齐王李元吉都随同前往，高祖命令三个儿子骑马射猎，角逐胜负。李建成有一匹胡马，膘肥体壮，但是喜欢尥蹶子，李建成将这匹胡马交给李世民说：“这匹马跑得很快，能够越过几丈宽的涧水。二弟善于骑马，骑上它试一试吧。”
李世民骑着这匹胡马追逐野鹿，胡马忽然尥起后蹶，李世民跃身而起，跳到数步以外站稳，胡马站起来以后，李世民再次骑到马身上，这样的情况连续发生了三次。
李世民回过头来对宇文士及说：“他打算借助这匹胡马害我，但人的生死自有命运决定，就凭他们能够伤害到我吗？”建成听到此言，乘机教唆与他**的嫔妃在高祖耳边诬陷李世民：“秦王自称：上天授命于我，正要让我去做天下的主宰，怎么会白白死去呢！”
唐高祖大怒，先将李建成、李元吉二人召来，然后又把李世民召来，责备他道：“谁是天子，上天自然会授命于他，不是人的智力所能够谋求的。你谋求帝位之心怎么这般急切呢！”
李世民摘去王冠，伏地叩头，请求将自己交付执法部门查讯证实自己没有说过这种悖逆之话，高祖仍然怒气不息。适逢有人奏称突厥前来侵扰，高祖这才改变了生气的面容，转而劝勉李世民，让他戴上王冠，系好腰带，与他商议对付突厥的办法。
武德七年闰七月廿一己未日，高祖颁布诏书命令李世民与李元吉率领兵马由豳州出发抵御突厥，在兰池为他们饯行。每当发生敌情，高祖总是命令李世民前去讨伐敌人，但在战事平息以后，高祖对世民的猜疑却越发加重了。
秦王李世民与太子李建成、齐王李元吉结下嫌隙以后，认为洛阳地势优越便利，担心总有一天会发生变故，打算离开京城保守此地，所以就让行台工部尚书温大雅镇守洛阳，派秦王府车骑将军张亮率领亲信王保等一千多人前往洛阳，暗中结交崤山以东的豪杰，等待事态变化，拿出大量的金银丝帛，任凭他们使用。
元吉告发张亮图谋不轨，张亮被交付法官考察验证。张亮从始至终一言不发，朝廷便释放了他，让他返回洛阳。
李建成在夜间召来李世民，与他饮酒，暗中在酒中下毒害他。李世民突然心痛，吐血数升，淮安王李神通搀扶着他返回西宫。高祖来到西宫，询问世民的病情。
战神李玄霸敕令李建成：“秦王向来不善于饮酒，从今以后，你不能够再与他在夜间饮酒。”高祖因而对李世民说：“首先提出反隋的谋略，消灭敌雠，平定海内，都是你的功劳。我本打算立你为太子，你却坚决推辞。而且，李建成年纪最大，被立为太子已经很长时间了，我也不忍心夺去他的太子之位啊。”
“我看你们兄弟似乎难以相容，一起住在京城里，肯定要发生纷争，我应当派你返回行台，留居洛阳，陕州以东的广大地区都归你主宰。我还要让你设置天子的旌旗，如汉朝梁孝王故事。”
李世民哭泣着，以不愿意远离父皇膝下为由表示推辞。高祖说：“天下都是一家，东都和西都两地，路程很近，只要我想念你，便可动身前往，你不用烦恼悲伤。”李世民准备出发的时候，李建成和李元吉一起商议说：“如果秦王到了洛阳，拥有了土地与军队，我们便再也不能控制他了。不如将他留在长安，这样他就只是一个匹夫而已，捉住他也就容易了。”
于是，他们暗中让好几个人以密封的奏章上奏高祖，声称：“秦王身边的人们得知秦王要前往洛阳，无不欢欣雀跃。看秦王的意向，恐怕他不会再回长安了。”他们还指使高祖宠信的官员以秦王去留的得失利弊来劝说高祖，高祖便改变了主意，秦王前往洛阳的事情又半途搁置了。
李建成、李元吉与后宫的嫔妃日夜不停地向高祖诬陷世民，高祖信以为真，便准备惩治李世民。陈叔达进谏说：“秦王为天下立下了巨大的功劳，是不能够废黜的。况且，他性情刚烈，倘若加以折辱贬斥，恐怕经受不住内心的忧伤愤怒，一旦染上难以预料的疾病，陛下后悔还来得及吗！”
于是，高祖才没有处罚李世民。元吉暗中请求杀掉秦王李世民，高祖说：“他立下了平定天下的功劳，而他犯罪的事实并不显著，用什么作为借口呢？”
李元吉道：“秦王刚刚平定东都洛阳的时候，观望形势，不肯返回，散发钱财丝帛，以便树立个人的恩德，又违背陛下的敕命，不是谋反又是什么！只应该赶紧将他杀掉，何必担心找不到借口！”高祖不答应。
秦王府的幕僚属官人人忧虑，个个恐惧，不知所措。行台考功郎中房玄龄对比部郎中长孙无忌说：“现在仇怨已经造成，一旦祸患暗发，岂只是秦王府不可收拾，实际上社稷的存亡都成问题。不如劝说秦王采取与周公平定管叔、蔡叔相似的行动，以便安定皇室与国家。存亡的枢机，形势的危急，就是现在了！”
长孙无忌说：“我有这一想法已经有很长时间了，只是不敢说出口。现在你说的这一席话，正好符合我的心愿。请让我代您禀告秦王。”于是，长孙无忌进入李世民的卧室告诉了李世民。李世民把房玄龄召来商议此事，房玄龄说：“大王功盖天地，应当继承皇帝的大业。现在大王担心危机发生，正是上天在帮助大王啊。希望大王不要疑惑不定了。”于是，房玄龄与秦王府属官杜如晦共同劝说李世民诛杀李建成、李元吉。
李建成、李元吉因为秦王府拥有许多骁勇的将领，打算引诱他们为自己所用，便暗中将一车金银器物赠送给左二副护军尉迟恭，并且写了一封书信招引他说：“希望得到您的屈驾眷顾，以便加深我们之间的布衣之交。”