李存真的舰队分为两个部分，一部分由李茂之率领，战舰六百艘停驻在丹徒江面上；另一部分由他自己率领，包括大型战船海上飞龙号，停驻在南京江面上。当清军战船蜂拥而来的时候，李存真下令避敌锋芒，立刻向丹徒方向撤退，与此同时李茂之的船队也向上游行驶而来。
清军水师虽然疯狂，可大多都是小船和带着蓬帆的戎船，在长江和近海十分灵活。郑成功水师战力依旧，一番较量击败清军水师之后，便向长江口撤退。长江江面宽阔，郑军舰队在北，李军舰队在南。一个进，一个退。
观音山大败，许多郑军断后的士兵不想成为俘虏纷纷跳入江中，此时的李存真早就算准了时机。率领自己的舰队沿江救人。从南京到镇江，李存真从江水中共救起五千多人。招呼沿岸奔跑的士兵上船，又得到两千多人。正兴高采烈的时候，赵无极来报，清军跟上来了。
李存真笑着说道：“国姓爷击败了他们，我还以为他们不会来了，没想到却还敢来送死。放烟花，通知李茂之带领救起来的郑军士兵朝舟山撤退。其他战舰和大戎船由我带领，我要给辫虏点颜色看看。”
此时，只见清军长江水师一共有大小船只六百多艘，蜂拥而来。这六百艘舰船中有一部分是原驻扎在江南的水师残部，更多的则是湖广和江西来援的水师。总计官兵一万九千多人。
李存真下令：“保持距离。其他兵船先行！命令所有三十五艘炮舰一字型排列，顺流而下，斜一字前行，侧舷火炮对准清舰。”
赵无极向桅杆最高处的旗语手大喊：“线列阵，斜一字前进。方向东。”
李存真下令：“升招摇旗，叫各船应旗。”下令之后，各船便纷纷升起各船的号旗，表示听从旗舰号令。
李存真继续下令：“实心弹，上弹。火枪装填。”
赵无极大喊：“上实心弹！火枪装填！”
“全军听我号令一起开炮，不准擅自开火。炮手集中精神，务必首发命中！”
“是！”
清军蜂拥而来，摆好了队形只等进攻。此前虽然败给了郑家水军，但是看到陆战得胜，水师也不甘落后，经过调整，清军士气高涨。此时，宽阔的长江江面上，清军六百多艘战船，分成五个梯队，每梯队一百多艘船只，又分为前锋和后援。最前面的船只上承载的都是较为精悍的士兵。
此时的清军水战思想仍然能十分保守，以接舷战为主。两船接近后用绳索勾住对方船只，然后再在两船之间铺设木板，以此为跳板跳上敌舰，也或者使用绳索利用类似荡秋千的方法荡过两船之间的空隙。意图通过近战和肉搏战取胜。
清军顺流而来，渐渐接近。
“传令，队尾炮舰首先开炮，然后其他各船依次开炮。”
“是！”