就在李存真率领的主力一面佯装掘土攻城一面隐蔽着真的掘土攻城的时候。江西的清军已经做好了出击的准备，巡抚张朝璘和提督董卫国一起率领两万大军，乘坐二百三十艘战舰朝着安庆开进。闽浙总督李率泰，浙江巡抚史纪功率领一万六千绿营兵，四千八旗兵，两万辅兵共计四万大军浩浩荡荡从湖州出发，北上直逼常州。提督佟国器率领七千绿营，三千蒙汉八旗，一万辅兵从嘉兴出发，杀气腾腾直逼松江。
南京，古号金陵，六朝古都也。气势恢宏，大气磅礴，所处虎踞龙盘之地，自然有一派王者气象。朱洪武修建的南京城，用上好的砖石两万万块。南京城内外四层，最外的叫做外城，城门十六座；向内分别是内城、皇城和宫城。内城有城门十三座，还有一段皇墙，连接内城与钟山，皇墙上置城门两座，把孝陵夹在皇墙和玄武湖之间。
李茂之说道：“南京城宏伟高大难以突破。去年国姓爷率领水师攻南京，走的便是北段。下船登岸便直面内城。抢占狮子山为阵地，居高临下便能一鼓作气拿下南京。”
陈显祖摇头说道：“可惜，国姓爷失败了。我认为对国姓爷来说占据狮子山一股而下南京这个可能，他在银山大败管效忠，满清锐气尽丧。但是对于我们来说就不太实际。首先是我们水师没有国姓爷强大，特别是我们的大船没有国姓爷多，而且国姓爷有大熕船和大战舰八十多艘，我们只有三十五艘炮舰，大熕船级别的只有海上飞龙号，其他十二艘面前算得上大战舰级。而且曹海涛西进分出了一些船只，导致我们无法在仪凤门外登岸，毕竟我们的炮没有国姓爷多，根本没办法用火炮封锁滩头。跟清军抢滩头的话，清军有地利优势，我们又没办法像达素和洛托那样声东击西把清军调开，他们天天在城墙上看着，看到我们登陆才会出击，这么一来，双方交战怕是损失会很大，而且我们未必能占到便宜。再一个就是我军其实没有国姓爷人多。我军虽然有六万战兵，但是有两万七是马逢知反正的绿营兵，虽然不能说是弱吧，可是我没见过这些人打仗，在我看来终究还是靠不住的。如果这群老爷兵撒丫子一跑，对军心的打击可想而知，那就是变相鼓舞了清军啊，我们这次南京大战没开始就完蛋了。再一个，王金玉的五千精兵那确实是能打的，打真腊、打安南，王金玉的兵都参与了，可是现在这群人已经逆流而上去打芜湖了，现在我们最有把握的就是老营的八千人和郑军七千人，再就是我们自己新训练的一万五千浙江、江西的义勇。加在一起勉强算三万。”
陈显祖突然笑了笑继续说道：“虽然我们的人比国姓爷的少，但是我们更为精良，我们有线膛枪，弄到高碳钢后到目前为止已经生产了有三千只了，只不过其中的火枪手训练还有所欠缺，但是应付满清足够了。燧发枪我们也发展出了六千只了，陆战用的火炮将近一百门，所以我觉得我们比国姓爷更擅长陆战，在陆地作战我们应该可以完暴满清，即便不用南洋火枪和燧发枪，就用八千铁甲军也足够干翻满清江南、江西的大兵，所以我以为从陆路突破最为恰当。不光是城墙的问题，南京这么大，巷战也是个问题。”
李茂之想了想对李存真说道：“陈先生所言甚是。大头领此前也说过南京虽然虎踞龙盘但是若是从东和南进攻便可能得胜。我军水师虽然不如郑军，但是切断南京水上增援已经足够。我军从东面，南面而来目前已经使南京无法得到东、南的援助物资和人员援助。破城正在此时。”
李存真点了点头说道：“突破南京外城可以从东面，南面两个方向进攻。我认为从南面进攻更有优势。外城东的仙鹤门和麒麟门与内城相距太远，而且就算攻克这两处城门，攻击内城的时候我们可能遇到皇墙的阻拦，这道皇墙从南到北，十分高大不容易对付。南面就不一样了，上坊门、高桥门、夹岗门三座城门距离内城较近，不会受到皇墙的侧面威胁。而且这里还有秦淮河，我们的重型火炮可以通过秦淮河顺流而下，一直运到内城的正阳门外。”
陈显祖说道：“某以为外城突破不难。”
“哦？”李存真听到赵无极如此说法，问道，“先生快快道来。”
陈显祖说：“我军人数众多战兵到如今已经将七万之数。而南京城内也不过七八万人而已，其中战兵没有我军多。情报不是已经送过来了吗？南京城内团勇有五万人，而且军心不稳，其余的两万战兵也都是惊弓之鸟。南京城磅礴如此，七八万人守城没问题，可是五万没有军心的团勇和两万惊弓之鸟守南京是不够的，更做不到无懈可击。满清兵力不足，大规模收缩，如今战兵龟缩内城，外城都是团勇。所以我以为清军不会与我军拼命地争夺城墙。”
“有道理！”李存真应和着说。
陈显祖继续说道：“想要突破南京外城，我以为可以声东击南。我们有七万之众，大军屯于仙鹤门外，掘土攻城。掘土可以大造声势，以为疑兵之计。然后我们以精兵偷袭南面城墙，用云梯绳索爬城，一鼓作气杀上城去就能驱散清兵。”