顺治十八年初，南京被南明夺回，闽浙总督李率泰、靖南王世子耿精忠、浙江总督赵国祚、巡抚史纪功等人率领的六万大军气势汹汹地打算回夺南京，没想到南京城下一战，仅仅六个小时，清军就被打败。六万大军折损五万多人，损兵折将的李率泰引着败兵仓皇败退湖州。
北京，三月，天气仍然很冷。早朝过了，顺治叫几位重臣议事。
最先坐不住的是鳌拜，他几次要求立刻发兵南京，全都被顺治和太后驳回。这一次他抢在所有人面前第一个开口说话。
鳌拜说道：“皇上，去年李存真大闹江南，如今又占了南京。整个东南已经震动，奴才以为应当立刻派出大军进剿，否则后患无穷。不剿灭李存真天下定然认为朝廷懦弱，如此天下盗寇必然群起效仿。如此一来，天下大事就危险了。”
苏克萨哈说道：“李存真之所以能占有江宁完全是因为达素厦门兵败造成的。厦门一战，八旗精锐损失殆尽。这才给了李存真胆子，郑成功都干不成的事，他一个海盗却干成了，为什么？奴才以为，鳌大人所言甚是，就应该出大军进剿才是。如果不出兵剿灭李存真，南明余孽定然再次复起。江宁曾经是伪明的南京，如果让他们在江宁站稳了脚跟，日后怕是就不好办了。”
顺治听着鳌拜和苏克萨哈说话，自己并没有言语，反而陷入沉思。
南京被夺伊始，鳌拜便力主清军立刻南下，可是厦门惨败，满洲八旗成建制地被歼灭，不论是护军旗还是前锋营几乎都被一扫而空。正白旗、镶白旗、正蓝旗、镶蓝旗几乎覆灭，留下的两黄旗的人马也在洛托第二次征讨厦门的滩头大战中被打得支离破碎。
本来在安南将军章佳·达素出征厦门的时候，皇帝和太后的安全都依靠蒙古八旗来保护，现在可好，如果强行出兵，攻打李存真，怕是连蒙八旗和福建的汉八旗都得压上才行。
此时的满清朝廷不免犹豫起来，如果再有一次厦门惨败，满清怕是就要彻底败落了。而此时的顺治由于失去了董鄂妃显得显得魂不守舍，根本无心政务，对南征的事情显得很不积极。其实，主要原因并不是顺治无能，反而是多方面权衡利弊，始终下不了发兵的决心，故而希望能够以“招安”和“换地”的方式解决李贼问题。李存真夺取南京，不仅消灭了江宁驻防八旗，连带着从贵州返回后来折返荆州支援江宁对付郑成功的正白旗副都统噶褚哈与正红旗副都统玛尔塞率领的几千满兵也几乎全军覆没。这些损失都让满清朝廷痛心疾首。云南的战事久拖不决，北方察哈尔和喀尔喀有蠢蠢欲动，这都让满清分身乏术，太后布木布泰也因此而犹豫不决，因此脱了两个月大军也没有南下。
本来在原本的历史上，顺治十八年正月，顺治就应该染上天花而死，可是由于他没有出宫去悯忠寺观看自己的大太监吴良辅的出家仪式，因此也就没有染上天花，故而没死。
满清的顺治皇帝，如果按照一个皇帝的标准来要求他的话，还算是合格的。但是，他的为人怕是难称健全。