随后，周成以洛阳向桓温投降。桓温及后留兵戍守洛阳，并且置陵令，修复各个皇陵后就押著周成及带着三千多家归降的平民南归。第二次北伐至此结束。（中原大都洛阳就在这么眼花缭乱的转换中。但对桓温而言，这是一次成功的北伐，不但入洛，还击垮了一路北方诸侯羌族姚氏，如果不是姚襄被彻底击败，羌族姚氏也不会那么快被氐族符氏消灭，也许早建立起他们自己的国家了。）
桓温在第二次北伐成功收复洛阳后声望提高，先于升平四年（AD360年）进爵南郡公，后更在兴宁元年（AD363年）进大司马、都督中外诸军事、录尚书事，正式掌握朝政。次年更授桓温扬州刺史，令桓温掌握京畿地区军事。桓温虽然内镇扬州，然而原本所都督的荆、江二州亦交由其两个弟弟桓豁及桓冲掌握，由此桓温基本上集东晋全国军政大权于一身，仅未能掌握徐、兖二州所在的京口及豫州等兵力。但是桓温急着返回朝廷把持朝政，这次北方的成果也并不牢固。而自从慕容崛起后，干掉冉闵，收拾起关东的残局，桓温北伐的成果纷纷消弭。（原本名义上臣服于东晋的前燕慕容俊在永和八年AD352年称帝自立后，慕容三兄弟就多次与东晋发生战事。前燕更多次派兵进攻洛阳，虽勉强能守着洛阳，但河南诸郡除洛阳外其实都被前燕所夺。东晋终在兴宁三年AD365年失去洛阳。司冀等地皆失于前燕后，前燕又进攻兖州等地，于太和元年AD366年又夺取鲁郡和高平郡，甚至曾南侵至竟陵郡。）
桓温乘势移镇姑孰（今安徽当涂。这动作是与王敦一样了），准备再次北伐。AD365年，晋哀帝驾崩，无后，太后褚蒜子扶立琅玡王司马奕（六朝太后果然名不虚传），桓温获加殊礼，位在诸侯王之上。太和四年（AD369年），桓温上请北伐，并请与徐、兖二州刺史郗愔、豫州刺史袁真及江州刺史桓冲一同出兵。郗愔是在庾希因救援高平及鲁郡不力而被弹劾免职后受桓温所推，然而其实桓温一直觊觎郗愔部下驻京口的军队，心中很不愿由郗愔统率这些部众。当时郗愔之子郗超是桓温心腹，明白桓温心思后就假作父亲书信，将父亲的徐兖二州刺史的职位让给了桓温，令桓温十分高兴。至四月庚戌日，桓温终自所镇的姑孰领五万人出兵前燕。桓温北伐至兖州，当时郗超顾虑汴水因战乱久未浚治，认为会影响漕运，但桓温不听。直至行军至金乡时就因天旱而令水军不能继续前进。桓温当时就命毛穆之开凿河道，引水令桓温水军得以继续前进，终成功进入黄河。郗超又进言，认为桓温入黄河之法是逆着水流而进，与东晋基地距离又远，难通漕运，担心前燕会拒守不战，令晋军陷入粮道断绝，无军粮继续北伐的困境。郗超于是建议上策桓温尽率全军直击前燕国都邺城，不论前燕逃回辽东后方、拒守邺城或出战与东晋决一胜负皆有利于北伐进展；另郗超又提议下策求稳，建议桓温守着河道，控制漕运，一直储蓄粮食，直至来年夏天方才继续进攻。但桓温都不听从，依然步步推进。（所谓上中下三策，吾取乎中。）桓温随后派桓玄攻取湖陆，更俘获慕容忠。前燕所派慕容厉率步骑二万进攻，晋将邓遐于黄墟大败敌军。之后邓遐、朱序又在林渚击败燕将傅颜，前燕高平太守徐翻更投降东晋。前燕于是再派慕容臧率诸军抵抗桓温，但都失败。至此前燕黄河以南，虎牢关以东领土全部为东晋所有。前燕见此，唯有派人向前秦求救。（前燕皇帝慕容暐和太傅慕容评猜忌慕容垂，不肯派战神慕容垂掌兵罢了。）
七月，前燕汉人孙元率宗族党众起兵响应桓温，桓温于是移屯枋头。当时前燕皇帝慕容暐和太傅慕容评对战事发展都十分恐惧，打算北逃回辽东。但危难时刻当时慕容垂自己请求进击桓温了，慕容暐于是让慕容垂代替慕容臧率众抵抗桓温。同时，慕容暐又以虎牢以西的土地赂诱前秦派兵救援前燕，在王猛的支持下，苻坚于是在八月派苟池及邓羌率步骑二万救援前燕。（其实就是观望坐视。）不过当时前燕司徒长史申胤就认为桓温“骄而恃众，怯于应变。大众深入，值可乘之会，反更逍遥中流，不出赴利，欲望持久，坐取全胜。”预料当晋军粮运出现问题时就会不战自败。果然晋军进展不利。当时，桓温以昔日归降东晋的段思为向导，前燕尚书郎悉罗腾却击败桓温军，生擒段思。另桓温所派的李述亦被悉罗胜和染干津所杀，令晋军士气下降。同时，桓温早前命袁真攻打谯国和梁国，意图开石门水道以通漕运，但袁真攻取二郡后慕容垂令慕容德率所有骑兵围攻袁真，使其不能开通水道，自己在枋头与桓温对峙，使其不能救援。（除了慕容恪慕容垂，慕容德也可称战神，就是成色差些。袁真始终无法破石门，致使晋军进退两难，平心而论，罪不在袁真，而在桓温统筹不力；更何况，从整个战略来看，自从桓温不听郗超的上下两策起，整个战略平衡就在渐渐向着晋军不利的方面倾斜，而战略劣势不是由战术优势所能补偿的。等到慕容垂出山，战术优势也丧失殆尽！）九月，前燕开始反击，慕容德率一万兵与刘当驻屯石门，李邽以五千豫州兵断绝桓温粮道。慕容宙则以一千兵设计击败晋军，杀伤大量晋兵。桓温见战事不利，又因粮食将竭，更听闻前秦援兵将至，于是在九月丙申日焚毁船只，抛弃辎重，循陆路退军。只留毛穆之为东燕太守。桓温经仓垣南归，途中凿井取水饮用。当时前燕诸军亦有追晋军，但慕容垂认为桓温新退必然提高警觉，并以猛将邓遐率精锐殿后，不如待晋军见燕军未至，专心从速南退时才大举追击，于是亲自只领八千骑兵从后缓缓跟随。数日后，慕容垂见晋军加快速度，于是加速追击，并在襄邑追及桓温。另一向面，慕容德已经领四千骑兵率先在襄邑设伏，于是桓温在襄邑受两军夹击，晋军大败，死了三万兵。（慕容垂此战封神！从此摆脱了四哥慕容恪的阴影，登上新一代战神之位。毕竟他是在己方节节败退、主上疑忌、援军骑墙的状态下引孤军逆袭的，含金量不可谓不高！）苟池所率的前秦兵亦在谯国邀击桓温，杀伤又以万计。（前秦观望半天，到此时乘火打劫。）十月己巳日，桓温收拾散卒，驻屯山阳。叛归东晋的孙元在武阳据守，但都被前燕所擒。第三次北伐至此结束。（史称枋头之战。桓温一片野望，尽成慕容垂的经验包！）
桓温兵败后，退至山阳，收集散卒，并将战败之罪委于袁真。他上疏朝廷，请废袁真为庶人。袁真不服，据寿春叛变，并暗中勾结前秦、前燕。 朝廷不但不敢追究桓温的兵败之责，还命侍中罗含带着牛酒到山阳犒劳桓温，并任命其子桓熙为豫州刺史。后来，桓温又移镇广陵。
太和五年（AD370年）二月，袁真病死，部将朱辅拥立其子袁瑾为豫州刺史。前燕、前秦都遣军援助袁瑾，桓温命部将竺瑶、矫阳之率军迎战。燕军先至，在武丘与竺瑶交战，结果大败而回。同年八月，桓温率二万军队攻打寿春，并筑起长围，将城池团团围困。袁瑾只得婴城固守。 次年，前秦将领王鉴、张蚝率军援救袁瑾，结果被桓温部将桓伊、桓石虔击败。不久，桓温攻破寿春，俘获袁瑾，将袁瑾、朱辅及其宗族数十人全部送往建康斩首，家族女性慰军。从此，豫州彻底落入桓温之手。桓温掌握了进入建康的锁钥。（这个豫州是东晋所设的南豫州，大致在淮南一带。是建康门户。所谓东晋九州，大致是扬州、徐州、豫州、江州、荆州、湘州、梁州、益州、广州。前锋监军、龙骧将军袁真为西中郎将、监护豫司并冀四州诸军事、豫州刺史，镇汝南，也算是老资格军阀了，当年曾跟庾翼北伐。在桓温眼中，想必与王敦的祖逖差不多，是桓温前进道路上必除的人物。所以陷害袁真是常规操作，袁真只有两个下场，乖乖领罪或者不服反水。）
桓温久怀异志，因此发动北伐希望先建立功勋，然后回朝接受九锡，从而受禅。但因第三次北伐失败，声望大减，图谋不成，令人丧气。所以寿春之战灭袁家军后，桓温曾问谋主郗超道：“这次胜利能雪枋头兵败之耻吗？”郗超则表示不能，并建议桓温效仿伊尹、霍光，废立皇帝，以重立威权。桓温遂决定废黜皇帝司马奕。太和六年（AD371年）十一月，桓温带兵入朝，威逼褚太后废除司马奕的帝位。而后，桓温亲率百官至会稽王邸，迎司马昱入朝，拥立为帝，是为晋简文帝，改元咸安。 晋朝开国百余年，从未发生废立之事。桓温擅行废立，不仅令百官震栗，自己也紧张不已。接着，对朝中的异己力量大加废徙。司马晞、司马晃被废为庶人，殷涓、庾倩、庾柔等人都被族诛。（党同伐异，无非董卓之事。）而简文帝虽被立为皇帝，但却形同傀儡，常担心被桓温废黜，甚至向郗超询问桓温是否会再行废立。郗超以家族百口担保不会再发生政变，简文帝这才稍微安心。简文帝继位不久，便进封桓温为丞相，留其在京师辅政。桓温辞让不受，率军返回白石，还镇姑孰。后来，简文帝又派侍中王坦之征召桓温，请其入朝辅政，并增食邑万户。桓温再次推辞。（进不敢进、退无可退，还是两不相见、彼此方便。以免尔朱之祸。）
咸安二年（AD372年）七月，简文帝病重，急召桓温回朝，并在一昼夜内连发四道诏书。桓温仍推辞不肯入朝。 简文帝只得传下遗诏，让桓温摄政，效仿周公。但侍中王坦之却据理力争，将遗诏中的“摄政”改为“辅政”，依照王导旧例。桓温原以为简文帝临死会禅位给自己，或让自己摄政，而今大失所望。简文帝驾崩后，群臣不敢拥立太子，都认为应请桓温决定。尚书仆射王彪之极力反对，太子司马曜方才得以继位，是为晋孝武帝。 后来，孝武帝命谢安征桓温入朝辅政，并加其前部羽葆、鼓吹，赐武贲六十人。桓温仍旧辞让，既不接受，也不入朝。宁康元年（AD373年）二月，桓温带兵入朝，传言要清君侧，诛尽王谢。百官惊恐，包括那个桓温不在时慷慨激昂的王坦之，独谢安一片淡然。（世人遂定王谢高下。）桓温在谢安的风度前，始终不敢造次，最后借口“卢悚入宫”一案，将尚书陆始收付廷尉，勉强遮过来意。（这是桓温为了篡位的最后一次尝试。陆始这个倒霉催的，独独担了桓温这次东来的怒火。）不久，桓温患病，返回姑孰，前后在京不过十四天。
桓温回到姑孰后，病渐沉重，但仍逼朝廷加其九锡之礼，并多次派人催促。谢安、王坦之见桓温病重，以袁宏所撰锡文不好为由命其修改，借此拖延。 同年七月，桓温姑孰病逝，终年六十二，至此锡文仍未完成。朝廷追赠桓温为丞相，谥号宣武，丧礼依照安平献王司马孚、霍光旧例，又赐九旒鸾辂、黄屋左纛等物。（谢安终于拖死了桓温，好在桓温诸弟子，均没有王敦诸弟子争霸天下的野心，只有眼前一亩三分地，除了桓玄。所以东晋朝廷头顶上泼天大的阴霾，竟随着桓温的死去而轻轻散去！）桓温死后，将兵权交付弟弟桓冲，南郡公爵位则由幼子桓玄袭封。世子桓熙不服，遂与叔父桓秘、弟弟桓济谋杀桓冲，结果被桓冲发觉，都被流放长沙。桓玄野心勃勃，也在朝堂诸公眼里，所以也被排斥边缘化，搁置不用！至此，桓氏一族，从皇权、豪门的威胁，转变为豪门的一部分，皇权与豪门的矛盾，又浮出水面。太阳底下没有新鲜事，这一套不知玩了几遍了！
总的来说，相对与王敦、刘裕，桓温还是有底线的，虽然有时显得傻了一点。（其实陶侃也差不多，只是隐藏得更深而已。“天门八翼”、“陶侃之意”都是成语，知道的人少罢了。位置到了都一样，只差人品。）
78.6.5谬史氏曰
东晋的无数波北伐，遗害后世不小。某些数据论者，就此得出北伐成功率远远低于南侵成功率的荒谬答案。事实上，这北伐诸公，心都不在北伐上，而在撷取朝廷最高权力上，以自己之故、行北伐之名，拿这班人去南侵，照样搞不赢。讨论北上与南下，我以为应该把这般人除去，这都是些无效数据。
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