靈魂殺手的實際運作機制十分可怕，對任何一人使用之後，程序都會將此人大腦中的所有信息都進行數字化復刻，形成一個與原來的意識體一模一樣的克隆意識體——也被稱之爲“印跡”。
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程序能夠把印記上傳到指定的子網中，隨後，它會殺死被害人體內本來的意識體，也就是所謂的靈魂。
這是真正的殺人不見血，只靠網絡信號就行。
但換個看法的話，只要去掉靈魂殺手那複製人格後必死的副作用，這不就是人格備份技術嘛，只要再搞到逆向灌輸技術，人造人技術這些，人是不是就能永生了？
於是一個計劃就在荒阪三郎的腦海中油然而生，他暗中對遠在美國的跟班冬史郎下令，讓其綁架奧特·坎寧安，並從她那裡搞到靈魂殺手的技術。
接下來就是強尼在夜店開演唱會，和奧特出門後，女友被綁架的那段故事了。
而被綁架到荒阪大廈的奧特並不會坐以待斃，她在復刻靈魂殺手的同時，也悄悄地爲自己寫了一個後門程序，確保她有朝一日因爲各種原因被荒阪集團使用靈魂殺手程序時，能夠順利逃脫禁錮並回歸到自己的身體。
而很快，強尼·銀手率人前來拯救奧特。此時冬史郎已經對奧特使用了靈魂殺手，但奧特的印跡早已從自己建立的後門逃走，並未被關在荒阪集團準備好的網絡監獄當中，而是躲在了荒阪塔的子網當中，隨時準備迴歸自己的身體。
但陰差陽錯的是，闖入實驗室的強尼情緒失控，不僅一槍崩了冬史郎，更在奧特的印跡迴歸身體之前拔掉了她頭部的管子，使得奧特的印跡失去了迴歸身體的途徑，身體失去了意識體，成爲了一具毫無意識的屍體。
奧特的印跡眼見着強尼抱着自己的屍體卻束手無策，只得被困在了荒阪塔的子網當中。
之後的幾年，奧特的印跡找到了某種途徑告訴強尼自己還活着、很安全，但強尼聽聞奧特的印跡被困在荒阪網絡當中，便怒不可遏地與軍用科技合作，在2023年用小型核彈炸燬了荒阪塔。
在這次突擊行動當中，強尼成功地給荒阪塔的網絡中上傳了病毒，在蜘蛛墨菲的幫助下釋放了奧特的印跡，也就是讓她從區域子網跑到了更廣大的賽博空間中。
據說在之後的幾年中，奧特不僅躲進了黑牆，還在香港地區的子網中建立了一個‘鬼域’（Ghost Town）。
從此她的印跡便只有一個目標，解放並引導那些被荒阪集團偷偷用“靈魂殺手”上傳到網絡監獄的印跡們，讓它們遁進鬼域，與自己融合，形成掌握更多信息與能力的強大AI，掌控所有數字網絡。
也許從被靈魂殺手抽取出身體的那一瞬間，奧特本人就已經死了，現在遊蕩在黑牆另一面的，只是一個具有她所有記憶和模擬情緒的AI程序。
有點跑題了，說回當初解救了奧特印跡的強尼·銀手，他撤離時當場就被荒阪三郎請來的僱傭兵亞當·重錘給逮了個正着，俘虜到了老登身邊。
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用核彈炸了荒阪大廈不說，還導致荒阪集團在企業戰爭中面對軍用科技陷入了劣勢，老登非常生氣，想要讓強尼閉嘴，於是就對他使用了靈魂殺手程序。
從那以後，強尼的印記，就被關在了位於荒阪塔地下深處，那個荒阪三郎打造的超級服務器，或者說是靈魂監獄——神輿之中。
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