很久很久以前……
在一个很远很远的地方……
有一片世外桃源般的世界，一片没有被任何人类的欲望污染的土地——数码世界。
然而后来，因为一个机缘巧合，一队全副武装的探险队踏上了这片从来没有被人类探索过的神圣世界。
探险队的队长，叫做大门英。
他的助手，叫做仓田明宏。
在这片土地上，无数人类从未见过的猛兽在四处流窜，而人类所知的自然法则，则仿佛一张废纸般没有半点意义。
大门英勇敢地拥抱了这片世界，欣赏着这片神奇大陆的纯净，带领着队友们一路披荆斩棘，探索着这片大陆中未知的一切。
而同样是探险队里的博士，仓田明宏的反应却截然相反。与他的认知不符的无数怪兽和诡异世界，将他的内心逼到了崩溃的边缘。他在害怕，害怕着自己一个不留神便会被这个陌生的世界吞噬。
尽管大门英一再强调那些未知的怪兽——数码兽——是没有恶意的生物，仓田明宏在恐惧的驱使下，还是对着它们扣下了扳机。
被激怒的野兽如同浪潮一般汹涌而来，将探险队逼到了危险的绝境。在这时，大门英挺身而出，一力拦下了数码兽的攻击，给队友们制造了脱身回到人类世界的机会。当独自面对着愤怒的数码兽的大门英用自己的魄力折服了对方，踏上寻找人类与数码兽和谐发展互利共赢的未来的时候，回到了人类世界的仓田明宏却认定了数码兽将是会毁灭人类的危险生物。
大门英找到了数码世界的神——“世界树·伊古德拉希尔”——并向对方展示了自己心中的美好蓝图。然而就在一切都向着一个有着无限的可能性的未来靠近的时候，仓田明宏却带着他苦心研究的杀戮兵器回到了数码世界展开了屠戮。
掌管着这片土地的墨丘利兽用自己的愤怒摧毁了仓田的野心，然而相信着大门英的他却并没有处决掉这个人类的生命，而是将其逐出了数码世界。可是这一场浩劫，却成为了人类和数码兽心中不可抹平的伤痕，大门英也因此受到了世界树的拘禁。
多年后，由于数码世界与人类世界之间的壁垒屡次出现破损，越来越多的数码兽落到了人类世界，而人类的政府也终于成立了专门的机构DATS来研究这些拥有着未知力量的猛兽。
机缘巧合之下，大门英已经长大了的儿子大门大，也遇到了自己的搭档亚古兽，并且成为了DATS的一员。虽然因为仓田的屠戮而导致数码兽们对着人类有着天生的敌视，可是DATS的成员在不断地战斗中却渐渐让墨丘利兽看到了人类的可能性，那一种他曾经在大门英身上看到的可能性。
就在墨丘利兽已经几乎要放下仇恨与人类共建美好未来的时候，仓田明宏再次出手了。坚信着数码兽必须被消灭的他用偷袭的手段夺走了这尊伟大战士的性命，并且命令手下对于数码世界展开了无差别的屠杀。
在清扫数码世界的过程中，仓田明宏意外地发现了被封印着的魔王贝尔菲兽的数码蛋，于是和所有见到了邪恶力量的小人一样，他开始了用黑暗力量征服世界的计划。
屠杀。