二月十六日的时候，中英两国的谈判总算有了一点进展，英方迫于压力，通过了中断鸦片再度销往中国的决议，在咸丰八年六月一日之后，英国驻留中国的商人，若是再有贩卖鸦片进入中国，而为中国地方官员知晓并逮捕的话，则由中英两国的地方官吏会同所在省份英国领事馆的官员，共同审理。
在这件事上，两国谈判代表之间爆发了猛烈冲突，英人一再坚持，本国商民不能交由中国地方官员审判，原因是，中国多有酷刑法典，审讯之际，每每用刑逼供——更不用说被囚者是外国人，一旦用刑，不但所求无有不得，连英国民人的身体也肯定要受到伤害——这在一贯讲理、遵法的英国人看来，实在是野蛮的象征，故而格莱斯顿几个人摇头摆手一起来，任奕怎么说，也是丝毫听不进去。
皇帝于这一次的谈判，提出一个很重要的价码，就是一定要把司法审判权拿到手里。即便是为此丧失一点经济上的利益，也在所不惜。英人态度如此强横，奕没奈何，又几次递牌子请见，希望皇帝能够通融一二。
皇帝对他说，“老六，并不是朕一定要把在天朝犯了罪行的英国人扣押在本国的监狱之中——凡此种种，都是手段！其目的，就是要让英国人，乃至其他列强的国人、商民、往来官员明白其中的道理——审判罪行，本是我天朝理当自主之事——你去问问那个什么格莱斯顿，难道一个普通的意大利商人在英国犯下杀人罪的话，英国人是不是也要把他交给犯人所属国家处置？”
奕不敢再说，碰头而出，回去继续和英国交涉，但这样的事情，就如同鸦片进口一般，彼此泾渭分明，根本没有任何进展，最后还是容闳建言，“不如彼此折中一下，若有英人在天朝作奸犯科的话，由当地州县缉拿归案之后，会请省内英国驻华使领场馆派人到衙听审，若是省内无有相应的衙门的话，则在就近省份，或者从京中安排专人，到衙听审，以保证审讯过程，是在彼此都能够认同的情况下进行——审讯的结果，也是双方都能够接受的——不过，若是确实有罪，需要判处刑期的话，则不论事发在任一省份，案犯全数押解到京，按刑期，在中国境内服刑。”
格莱斯顿终于答应了，不过他提出了一个附加条件，在京服刑期间，英国驻京公使可以有随时探视之权，以保证人犯在中国监狱中，能够受到合理的待遇。
这一节通过彼此决议，由双方的随从恭笔而录，这些文牍之事也不必多谈，接下来要说的，便是军费赔偿条款，英国人委曲求全，兵士被俘之后的各项花用，只好按照中方提供的账目掏钱买单，另外中方提出的为战事骤起，东南一地民生凋敝，百业俱废，各种商亏银加在一起，要价贰佰叁拾万两；往来兵士调度、伤亡兵士的抚恤、日后为英军炮火所毁的炮台、要塞的重建经费银、水陆军费银合计是壹仟零捌拾贰万两。
不过和前面几项比较起来，这等银钱之事倒比较容易商讨了，经过一番打价还价，双方议定，英法两国所赔偿之商亏银一百七十万两、军需经费银六百三十六万两、水陆军费银三百五十七万两、战俘优待用度银六百七十七万两，合计一千八百四十万两。分三年还清。
当然，英法两国同样也提出了自己的条件，报请圣裁之后，中国方面答应英国：第一，开天津、登州、牛庄三地口岸，英国商民可以在以上三地任意往来，船舶停靠，载货交卸等项，一如广州、上海等地前例；第二，允许英人在以上新开口岸地方意欲租房盖屋，设立栈房、礼拜堂、医院、坟基，均按民价照给，公平定义不得互相勒肯；第三，英民任便觅致诸色华庶，襄执分内工艺，中国官毫无限制禁阻；第四，日后英国秉权大臣觐见中国大皇帝，仿效泰西各国国主例，以昭划一肃静；第四，两国往来文书，以英文书写。为免中华地方，不识洋文，暂时仍行以汉文配送，待日后渐习西洋文字、通晓语言者众多，即不再配送汉文文本；第五，今后中国官封文书，无论京、外，提及英国商民官吏时，皆不得使用‘夷’字。
到了三月十日，经过整整一个月的纠缠不清，电文往来，中、英、法三国联合签订了《北京条约》，条约签订之后，邸抄见公，舆论一片哗然！清流之中，以祈隽藻之子祁世长和湖广道御史齐园岭为首，上折子猛烈弹劾，目标直指恭亲王奕。在折子中，他们说，恭亲王忘却祖宗，辜负圣恩，于两国交往商谈之际，双目只视黄白，不知天朝夷狄大防。丧权辱国，莫以为甚！请皇上免去奕一切官职，交部议罪。
皇帝理也不理，无一例外的选择了留中，谁知道这样的做法激起了清流的极大反弹，弹劾的折子如雪片般飞来，不但是奕，其他总署衙门的属员、曾国藩、肃顺、阎敬铭等所有参与与英人会商的朝中大臣，都给裹挟了进去——这就逼得他不能不有个态度了。
三月十五，皇帝临御乾清宫，越过品级山，在须弥座上坐下，众臣跪倒行礼，“万岁万岁万万岁！”
“都起来吧。”皇帝摆手，示意都站起来，“近日以来，祁世长、齐园岭等，纷纷上折子，要求朕处置一月以来，为天朝利益，与英人会商谈判中，大振国威的奕、曾国藩等人。祁世长来了吗？”
“臣在。”祁世长是祈隽藻之子，后辈之中讲理学的，为人很方正，有乃父君子之风，任职广西道御史。从人丛中闪出来，跪在丹陛下：“臣叩见皇上。”
“你的这篇折子，内中说奕，‘双目只视黄白，不知天朝夷狄大防。丧权辱国，莫以为甚！’，可有依据？”
“是，臣有的。”祁世长说，“恭王受皇命，全权处置与英夷商谈事物，条约签署之后，臣捧读上谕，我天朝除却实得英法两国所赔偿之商亏银一百七十万两、军需经费银六百三十六万两、水陆军费银三百五十七万两、战俘优待用度银六百七十七万两，合计一千八百四十万两之外，便再无所得，反倒是新开牛庄、登州、天津等口允准英夷任意往来，登岸互市，岂非先皇在日，《江宁条约》之奇耻大辱，重现如今？”
皇帝双手一缩，身体后仰，点头说道，“你接着说，你接着说，朕倒要听听，此番签署的《北京条约》之内，有几条几款，在尔等看来是如《江宁条约》一般的丧权辱国的！”
这样说话，就很能表示皇帝的态度了，祁世长畏惧君威，嗫嚅了几声，“这……”
“快说！”皇帝厉声喝道，“今天你不说，朕就先办了你妄告一国亲王的大不敬罪名！”
一番雷霆之怒，吓得殿阁之中全数矮了半截。祁世长心中叫苦，这一番逢君之恶，不知道又有什么样的大祸即将临头了！没有办法，只好接着说，“臣以为，合约中提及，‘嗣后英国文书俱用英文书写，暂时仍以汉文配送，俟钟鼓选派学生学习英文、英语熟悉，即不用配送汉文，自今以后，遇有文辞辩论之处，总以英文作为正义，此次订约，汉英文字详细校对无误，亦照此例。’一款及‘嗣后各式公文，无论京、外，内叙大英国官民，自不得提书‘夷’字一款，臣以为，皆是恭亲王等员于会商之际，不能秉持国威，抑民奉外的铁证！”
皇帝连话也懒得说了，端起御案上的***慢悠悠的啜着，一边挥挥手，示意他继续说。
“合约中另有两款，臣虽愚钝，亦知若照此办理的话，后患无穷！”祁世长碰了个头，“其中之一是，‘英国民人，在各口并各地方意欲租房盖屋，设立栈房、礼拜堂、医院、坟基，均按民价照给，公平定义不得互相勒肯。’”
“其二是，‘英民任便觅致诸色华庶，襄执分内工艺，中国官毫无限制禁阻。’”他略提高了一点嗓门，大声说道，“皇上登基之初，为前任总署衙门办事大臣徐继畲所著《瀛环志略》一书，早有上谕。臣还记得其中警句……”
皇帝抢着打断了他的话，“朕说过的话，不用你来复述。你只要当着朕和这满朝的大臣，说你于合约之中所认为不公之事就好。其他的事情，不必牵扯。”
曾国藩在丹陛下跪着，心中叫妙！道光三十年的时候，皇帝为安稳计，不得已重惩徐继畲，于美夷之国多有菲薄，如今祁世长以当年上谕中所谈及的文字来攻讦恭亲王，却给皇上料敌机先的驳了回去。这一来，就为等一会儿的驳斥，订下了基调。
果然，祁世长楞了一下，皇帝不让说，那就只好不说，改为谈论其他，“条约中更有一款，是为‘……大英钦差大臣作为代国秉权大臣，觐大清皇上时，遇有碍于国体之礼，势不可行。唯大英君主每有派员前往泰西各舆国拜国主之礼，亦拜大清皇上，以昭划一肃静’。”他把所认为不和国体的条款念完，又说道，“皇上，自古以来，泰西各舆国，皆是地狭人稀，焉可与我天朝身居四海之中，引万方来朝相比？恭王此举，分明是视我天朝数千年礼仪典章于无物，悖逆礼法之处，不可胜言啊！”
“就是这些吗？还有旁的没有？”