朝廷对于杨乃武一案的涉案及不涉案人员的处置狠辣之极，十月初七日，朝廷有上谕明发天下，洋洋洒洒，数万言之多，只是叙述案发经过到胡瑞澜奉旨复训，以及王书瑞、边宝泉等人的参奏，首尾之间，就花了很多笔墨。
最要紧的部分，当然是刑部提审的经过，首先是提出疑问，接着是破除疑问，其中最要紧的一条就是葛品莲到底中毒也未？
等到用文字尽数解释清楚，判明责任，自然依律定罪，是从余杭县仵作沈祥开始的，沈祥“率将病死发变尸身，误报服毒，致入凌迟重罪，殊非寻常疏忽可比，合依检验不实，央入死罪，”但因为职位低微，‘照例递减四等，拟杖八十，徒二年’。
已革余杭县知县刘锡彤，“虽无挟仇索贿情事，唯始则听任仵作草率相验，继复捏报擦洗银针，涂改尸状，及刑逼葛毕氏等诬服，并嘱令章骏致函钱宝生，诱勒具结，罗织成狱，仅以‘失于死罪未决本律’拟罪，殊觉轻纵，应该请重，发往黑龙江效力恕罪。”
杭州知府陈鲁，“解府提审，凭刑讯供，具详定案，复不亲提钱宝生究明砒霜来历，实属草菅人命，依‘承审官草率定案，证据无凭，枉坐人罪’例，拟革职。”
宁波府知府边葆诚、嘉兴县知县罗子森，候补知县顾湛恒、龚世潼，“经学政委审此案，未能彻底根究，拟革职。”
候补知县郑锡瀛，“系巡抚派令密查案情，并不详细访查，率以无冤无滥，会同原问官含糊禀赋，拟革职。”
浙江按察司蒯贺荪，“失入死罪，本于律例，业已病故，免议。”
此外还有一个沈彩泉，刑部拟的罪责是“杖一百，流三千里。”
至于陈湖、刘海升，都已经因为不同原因而亡，自然是‘均毋庸议’了。
最后是杨昌浚和胡瑞澜两个，他们两个人的情况比较特殊一点，因为有皇帝的上谕，翁曾桂和奕想要尽一番心力而不可得，只得依照皇上口谕中所说的，给这
两个人定下了‘目无圣上，倒行逆施’的大辟罪名。
奏稿报到御前，皇帝将两个人的斩立决改为赐自尽——一场延宕三年余的大案子，最终正式昭雪天下了。
一案之中，坏了九颗顶戴，实在耸人听闻；饶是如此，皇帝还是不肯就此收手，那个河南巡抚裕禄被军机处训斥为‘莠言乱政、人臣之耻’，着降三级，并申饬。裕禄又是害怕，又是委屈，旨到之日的晚上，便上吊自杀了。
除了这些犯官之外，再有的就是案中的两个关键人物：杨乃武和小白菜。这两个人也不是全然清白无辜的，首先是杨乃武，他在案中所做的亲供，说余杭县的长子到他家索贿敲诈，本就与前情不符；另外一个 是小白菜，她在供词中‘咬’出杨乃武，即与诬告无异。
诬告反坐是多年不变的一个宗旨，杨乃武的诬告罪轻，因为首先是所诬的罪不重；第二，审明诬告，并没有人受害，即是未决。
至于小白菜，情况却严重很多，但要判小白菜入狱，却也很难服天下悠悠众口，“……大家都以为冤案已经平反，而结果如此，观念一定大变。刑法不能收教化警劝之效，又何贵乎有此刑法？”
翁曾桂的话连刚毅也为之打动了，他很重视执法惟严，但更注重个人声明，如果这么一个大出风头的事，一变而成为人唾骂，他如何甘心？
“不过，法理上总也要说得过去，”翁曾桂说，“我们办这件案子，花的心血不少，究问根底，也可以毫无愧怍的说，已经做到了毋枉勿纵四个字，但小白菜的应得罪名略而不提，未免轻纵，就有瑕疵为人指摘了。”
“不是轻纵，是情有可原。”
“但情有可原总也要有个理由吧？”
刚毅苦思良久，翁曾桂的话没有说错，总要找出一个理由来为小白菜脱罪，而且要很坚强，否则为人究诘起来，是站不住脚的。
想了半天，终于给他想到一个办法，“小白菜熬刑不过，只求不受苦，一切后果皆所不问，这话倒是不错；但你们想想，牵涉到别人总得转一转念头，譬如一个江洋大盗被抓，问窝家是谁，他总不能说是我刚子良，或者是你翁大人吧？”
“你是说，小白菜为什么不咬别人，而咬杨乃武？”
“对！”
这句话是破题之语！杨乃武和小白菜有暧昧事，虽然双方都不承认，而且依律例又不能‘指奸’，则这段情事便可以错过；如今既然有诬指无辜，要受重惩的关系在内，也只有两害相权取其轻了。
于是由翁曾桂动笔，把小白菜的罪名拟为，“葛毕氏提供杨乃武会商谋害本夫，讯由畏刑所致，唯与杨乃武同居时不避嫌疑，致招物议，众供佥同，虽无奸私实据，究属不守妇道，拟杖八十。”
虽然说是要杖八十，但这是一定可以避免的，因为大清律例有‘收赎’的规定，老幼残废以及妇女都适用这一款。照规定，杖六十，赎罪银三两，以后每加十杖，加五钱银子；小白菜要杖八十，赎罪银只要花四两银子就可以了。
最后是杨乃武，刑部所拟的罪责是，“杨乃武诬指各节，虽因图脱己罪，并非有意陷害，究系狱囚诬指平人，有违定制，律应杖一百，业已革去举人，免其再议。”
案中有罪的如沈祥、沈彩泉分别是徒刑两年和杖一百，流三千里，这都是要带回浙江去执行的，暂时不论；只有一个小白菜和婆母沈媒婆，成了很大的问题。
找了刑部浙江司的一个主事，叫袁来保的，让他把葛品莲的尸棺取回，至于死在狱中的陈湖，身边没有亲属，当然也就没有人替他盘灵回籍，由刑部行文大兴县，找块义冢，卖掉算数。然后就谈到沈媒婆和小白菜这婆媳两个了。
“赎罪银的四两银子，你可以报公帐，报不上的，由部里同仁替她代纳，亦无不可，总之，人你要领回去。”
“银子事小，人我不能领回去。”袁来保拱拱手说，“方命之处，请原谅。”
“为什么？”
“领回去您让我怎么办？一直要回余杭县，她们可以搭运尸棺的船回去，伙食用度还好想办法，就是责任太重了，我担不起。”
“怎么说责任？有什么责任？”
“您想一 想，葛毕氏经过这样的风波，万念俱灰，可能有轻生的念头，这一路回去，又伴着一口棺材，触景伤情，随时会寻死！到时候海上又不曾有盖子，不知道哪一天晚上投海，连个尸首都找不到，我岂不是要打人命官司了？”
翁曾桂也很觉得为难，一时计无所出。
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十月初七日的早上八点钟，降旨赐杨昌浚自尽，派内务府大臣立山监视，限下午五点钟复命。
立山很机警，知道京中多有两湖同乡，对此事颇为不平，而杨昌浚在此的亲戚故旧也很多，消息泄漏，一拥而至，即无麻烦，亦多纷扰。因而只带几名随从，骑着马到了杨家，进了大门，方始说破，是来宣旨。
上谕是初五就下来的，杨昌浚早就知道了，原定初六惩办，而又迟了一日，在他看，这是皇上有意加恩，不与他人同样办理的确证。因此，跪着听完上谕，杨昌浚问道：“还有后旨没有？”
“没有！”
“一定有的。”杨昌浚极有把握地说。
立山不便跟他争，也不便逼得太紧，只说：“石公，奉旨酉刻复命。”
“我知道，我知道！不到中午就有后旨了。”
向来召见军机，至迟上午十一点钟，‘承旨’、‘述旨’，差不多皆已妥帖。如有特赦的‘后旨’，一定也是交代军机，‘刀下留人’，迟不得半点，当然即时便有章京来送信，所以杨昌浚有那样乐观之语。
立山无话可说，只能在厅上坐等。杨家派了人到军机处去打听信息，中午回报，军机大臣已有两位回府了，并无特赦的后旨。
“老爷，”杨夫人泪眼汪汪地说，“皇上不肯饶，王爷也教没法子！我们夫妇一场，一起死好了！一定再没有什么圣旨了。”
杨昌浚只是皱着眉，一脸困惑的表情。见此光景，杨太太便取了一个金戒指，用剪刀剪成一丝一丝，拿个碟子盛了，另外倒一杯茶，一起捧到丈夫面前。
杨昌浚紧闭着嘴不作声，好半天才拈了一撮，用茶吞下肚去，往软榻上一躺。这时室内虽只杨夫人一个人，室外却已围满了子媳家人，一个个眼中噙泪，默默注视。杨昌浚先是瞑目如死，不久，哼了一声，翻身坐了起来。