返回安西府瓜州城之后，曹跃在摩恪达的再三要求之下，下令安西叛军进行秋后算账，对除去羌族和已经投降的安西死士营军属外的其他安西叛军进行清算，没收叛军家属财产，叛军的血亲男丁全部杀死，女子充作变卖瓜分。
一时之间，安西府血流成河哀鸿遍野，本来人数就不多的安西府，经此一事人口折损三成。安西府后来又一句话，说是半夜孩子哭了，家长吓唬孩子说：“曹二郎来了曹二郎来了。”小孩子立即就被吓得不敢哭了，比大灰狼来了还管用。当然，曹跃也没有在乎这个名声，他不会为了为了博一个好名声而留下大麻烦，免得将来自己下不来台。自己这边仁慈了，以后坐下残忍的事儿，人们会大骂曹跃不是人衣冠禽兽。自己这边残忍了，以后仁慈一些，人们会赞扬曹跃杀伐果断中带着仁义。
有时候百姓和小民的想法非常幼稚，例如一百个警察里面出了一个坏人，人们就会认为其他九十九个都是坏蛋。而一百个犯罪分子里面出了一个好人，人们反倒说看吧，犯罪分子也是好人呢，继而推论其余的九十九个犯罪分子都是好人。
对待这些民众，曹跃选择了给个大嘴巴，然后再给点儿蜜枣，将来人人记得他的好。若先给了蜜枣再给大嘴巴，将来人人记得他的坏。所以在最后临刑的几天，曹跃忽然特批赦免了许多人，这些人感动的几乎要给曹跃里长生碑了，也不想想是谁造成这一现象的。
曹跃又派遣康成将徐天昊的宝藏挖了出来，所得五十万两银子，不禁再次感慨说：“当土匪，真他娘的是快速发家致富的捷径啊。”而安西府的叛军土地、山川、河流、沙漠、草地、牲口、房子、金银首饰统共算起来一共价值七十万两。
按照原来的约定，总共一百二十万两的所得，分成四份，带不走的土地山川河流沙漠和草地，全都给了留下来的士兵和羌人，另外士兵们也拿到了新的地契和房契，以后他们托人把地契房契带给家人，由家人选择搬到安西府住还是搬走。
有一个被剿灭的寨子地处最北面，拥有一座牧场，牧场中养了两万多只羊，这可是好大的一笔财富，光是羊毛就价值昂贵了。眼看天寒地冻，曹跃让各个地方送上来冬装给自己的士兵们穿上。
曹跃着手整理了军队，让一些伤兵退伍，允许一些士兵自愿留在本地生活，经过一番统计，曹跃的军队还剩下一万三千人。
其中勇营一团经过补充之后人数扩充到2000人。
勇营二团人数缩减为2000人。
宁夏营骑兵左翼维持1500人。
宁夏营骑兵右翼维持1500人。
安西死士营改进为安西步兵团人数维持2000人。
宁夏步兵营和辎重营合并为血军辎重营，人数缩减为2000人。
保安营与嘉峪关苏雨生的一队步兵合并为2000人的工兵团。
亲兵营依旧为100人规模不扩大也不缩小。
本次西征，曹跃本部勇营一团士兵与军官阵亡461人，其中军官阵亡34人，包括陕西武备学堂军官阵亡的17人，可以说出征的两千三百本部人马也算是折损非常多了。
几天之后，新任新疆巡按使魏光焘路过瓜州城，犹豫再三决定拜会曹跃，曹跃和魏光焘两人相处得非常尴尬。魏光焘最终还是表示了对曹跃的感激，如果不是曹跃打通了和河西走廊，他魏光焘的官怕是做到头了，临走的时候魏光焘问：“你是帝党还是后党？”
“魏大人呢？”曹跃反问。
魏光焘道：“我只能支持太后，但我不觉得帝党的新政不妥。”
曹跃笑道：“大树底下好乘凉嘛，我也是。”两人相视一笑泯恩仇，拱手告别，曹跃又让摩恪达派了五十个羌兵护送魏光焘进入新疆一直到迪化，魏光焘感激不已。
送走魏光焘之后，曹跃由摩恪达组建一千人的羌兵营，并留下摩恪达的羌兵驻镇守安西府，其余大军在穿上了夹杂着羊毛的冬衣之后，开始随他返回陕西石桥军营和灞桥军营。