六部初步定了下来，剩下的就是对军队的详细编制。
这是他卢俊义的军队，他是要造反的，所以根本不在乎什么私改军制的罪名，原来他沿用了一部分宋军的军制，后来觉得用起来很不习惯，还是用后世解放军的军制熟悉些。
一个现代人穿越到古代，成为某个军队的绝对统治者，一言九鼎那种人物，让他用他不熟悉的军制去编制军队，让他去指挥那个用他不熟悉也不喜欢而且还被证明对军队战斗力有少许副作用的军制编制成的军队，那不是在折磨人嘛。如果卢俊义现在隶属于宋朝禁军，被童贯或者高俅指挥管辖着，借他胆子，他也不会乱改军制，这个可是要杀头的。
最关键的是，这只军队是卢俊义自己的，他还是用自己熟悉的军制来编制来指挥合情合理点。（不能片面地追求古代历史的真实感，回到古代的穿越人要改变的东西太多了，如果每个都要照着古代的样子搞，到头来这个历史还是没有改变。不想多解释了，总之一句话，一个制度合理不合理，要辩证去看，不能一杆子打倒。）
卢俊义针对这个时期基层军官很难培养的特点，没采用后世的三三制，而用了四五制。
一个班五个人，一个正班长，一个副班长兼政委。
一个排四个班，二十人，正副排长各一名、一名政委。
一个连五个排，一百人，正副连长各一名、一名政委。
一个营四个连，四百人，一个营长两名副营长、正副政委各一名。
一个团五个营，二千人，一个团长两名副团长、正副政委各一名。
一个师五个团，一万人，一个师长三名副师长、一名正政委二名副政委。
一个军五个师，五万人，一个军长三名副军长、一名正政委二名副政委。
各级队伍的顺序按照编码从第一到第二，以此类推。
因为各地的俊义武馆纷纷关闭，原场地由卢俊信接手，改作其他生意，担任助教的近卫士兵纷纷撤回，同时征召该地的流民加入，乔装改扮，奔赴梁山。一个月内，从河北、山东等地回来的原近卫士兵有一千七百五十名，他们招揽过来的流民有三千多人，因为真正的动乱大灾年还没有爆发。再加上原来的孤卫一千人和寒卫一千人，卢家的佃户家丁一千多人，原梁山的七百多人，俘虏归顺的禁军士兵一千五百多人，总共一万多人，那些身体羸弱有残疾的转做工匠、养殖。这样一来，有近一万名四肢健全、身体健康的可编为正式军人。
卢俊义宣布成立一个满编师，编号为第一军的第一师，绰号麒麟师，卢俊义自任师长，副师长为林冲、王进、燕青，师部政委为许贯忠，副政委为公孙胜、朱武。第一师辖有一个近卫团，一个骑兵团，两个步兵团，一个水兵团。
禁卫团的编号为第一军第一师第一团，因为维护中央六部领导人和梁山根据地的安全，所以称之禁卫团，骑步混合，团长卢俊义，副团长为道嗔，团政委为许贯忠、公孙胜，都是兼任。近卫营辖有两个警卫营，一个突击营，一个童子营，一个娘子营。两个警卫营为原来孤卫寒卫近卫中不具备军事指挥才能却武艺精湛的人员组成。
警卫一营由卢俊义亲自带兵，号称麒麟卫，全部骑兵配备，兵器盔甲全是最好的，为卢俊义的中军护卫。警卫二营由武松担任营长，负责守卫除卢俊义外其他六部重要成员。