公孙胜带着他的弟子们将那些土着们忽悠住了，将那些土着们本身就弃之如敝屣的平原和盆地给占了，还给了这些土着部落的酋长们一些精美的丝绸、陶瓷等制品。那些土着还以为神要他们投靠的人很傻呢，所以对李俊的海军也生不起什么敌意。
有些生番土着尚处于食人部落阶段，桀骜不驯，劫杀落单的义军士兵，李俊知道这个情况后，抑制不住满腹的忿恨，发动一个师的兵力，动用弩炮、神臂弓，将这个五千人的部落，流求岛上最大的生番部落全数剿灭，不管男女老幼尽数坑杀。在用弩炮抛出炸药包炸毁那生番部落聚居地和坑杀那些食人部落部众时，李俊特意邀请其他土着部落的人前来参观，通过澎湖人通译转告那些土着：“顺我者昌逆我者亡！”
从澎湖移居到嘉义的四五百汉人中，有一百多人都学会了土话，甚至有些人跟土人通婚，去了土着的女子。李俊便任命这一百多汉族男子做通译，做为义军和土着的沟通桥梁。
土着们打猎或者捕鱼得来的猎物就可以通过那些澎湖通译做中间人和义军做生意，从义军手中得到那些精美的制品，当然还有一些茶叶和白酒，这些部落的酋长们都喜欢上了汉人的这些东西，他们本来想抢了汉人的东西。但经过李俊剿灭那食人部落后，他们知道自己怎么也打不过汉人，汉人的弩炮能一下子就将他们好不容易建立起来的房子给炸毁。而且汉人不仅跟他们做生意，还给他们盖房子，还教会他们怎么耕田，还教他们的孩子认字，比起那些整日跟自己部落争斗的其他土着部落，汉人好太多了。公孙胜见流求的局势慢慢稳定下来，就留下他的弟子们继续传教，他自己返回山东。展现神迹和恫吓后，再行传教时，没有那个部落不愿跟从的，很顺利地，玄教将土着部落征服了。当然流求这里的玄教不同于中土的玄教，教义很简单，拜盘古、伏羲、女娲三神，效忠汉人，即可上天堂，否则下地狱。
流求岛上大大小小的土着部落有二百多个，大的部落有数千人，小的部落几百人，合起来有近十万人。这十万人都归顺义军后，便成了义军建设流求的主力之一而不再是阻力。
卢俊义很不想在汉人攻取流求的时候发生西班牙人攻取美洲大陆时的悲剧，到如今较为和平地接受流求，他很欣慰。他想起一件事情，不禁哑然失笑，要知道，这些土着，这就是后世台湾原住民的祖先，张惠妹也是原住民，把这些土着看成是卢俊义很喜欢的一个歌手张惠妹的祖先，想象着这些土着们正在唱着“连绵的青山百里长呀，巍巍耸起像屏障呀喂，青青的山岭穿云霄呀，白云片片天苍苍呀喂”，卢俊义不禁哈哈大笑起来，心情轻松了许多。
流求，讲起这个名字，卢俊义就生气，也不知道谁起的鬼名字，真绕口，又容易误认为是琉球，卢俊义下令给李俊和协助李俊经营流求的卢俊信，诏谕流求岛和澎湖周边的所有人，流求在李俊海军到达嘉义时的那一天，正式更名为“台湾”。
李俊海军在北宋政和六年，即公元一一一六年，这一年的七月初八到达嘉义。七月初八这一天，也定为台湾岛的自由日，日后每一年的这一天台湾岛上的所有居民全部放假，可以尽情狂欢。而且，至此开始，台湾岛上所有的地名，都依照主公卢俊义绘制的台湾地图。
台湾太大了，义军的人力严重不够，就是再加上那些自愿依附帮忙的土着人，也不能一下子将台湾全面开发，只能一点点地开始建设。先开发的是淡水平原和台北盆地，这里距离山东半岛最近。卢俊义派卢俊信带着卢家家人、伙计，领着一万愿意出海发展谋求更多田地和财产的山东、河北的流民，坐上密州船舶司的大船，从山东日照出海，经郁州、舟山、洞头，几度补给，前往业已被李俊海军占领的淡水。
卢俊义暂设台湾为一个府，任命卢俊信为知府，李俊兼任台湾府的兵马总管。卢俊信全面负责台湾府尤其是台北县的屯田工作。
卢俊信在治台之初，便清楚地意识到卢俊义交给他的任务已经不同于以往，他回信给卢俊义称“为治之道，在于足食，台湾土厚泉甘，膏壤未辟，当用寓兵于农之法，庶可以足食。”