玄教吸收玄学思想，以玄为宇宙本原，认为玄为自然之始祖，胞胎元一，范铸两仪，吐纳大始，鼓治亿类；玄之存在，眇眇乎其深也，绵邈乎其远也，高则冠盖乎九霄，旷则笼罩乎八隅，因兆类而为有，托潜寂而为无。玄是宇宙生成运动的根源，无所不在，无所不有，无所不能，宇宙一切皆从玄出，而玄又超出一切之上。玄并不纯粹是精神概念，而是可以人格化的神秘的至高灵物，盘古即真正的原始天尊，这一至尊之神，实际上就是玄的化身。这样，客观唯心的本体观，便成了盘古原始天尊创造一切的教义，也成为玄教的教义。
任何宗教的一个核心思想就是确定了天地人三界的秩序，玄教自然也不例外。
玄教教义中称,盘古创造了宇宙间的天、地、人三界。
天界又称为天堂或天国，这是一个秉性善良且功德高尚之人死后前去享受荣耀幸福的地方。天界里众生分为神、仙、圣、贤四阶，每一阶分成天、地、人三级，每一级分成九品；神为天界最高阶，这一阶里目前只有盘古、华胥、伏羲、女娲四位，神这一阶不是人为可以修炼成就的，人只能修成仙、圣、贤三阶。那些原来道教里的神仙如果是胡编乱造、子虚乌有的一律废除，如历史上有这号人物，则贬斥到仙、圣、贤一级，原来六御全部废除。
三界的掌管者分别为盘古、华胥、伏羲和女娲四位，但盘古和华胥已经专心修炼不问世事，目前是女娲掌管天界，伏羲掌管人界和地界，而原本封的各路神仙只是代替伏羲和女娲两位主神掌管某个方面的，所以玄教信徒只需要拜伏羲、女娲二人即可得到祝福。
以往的不管信不信道教，只要功德足够即可升入天界做仙、圣、贤。
自玄教降世后，只有玄教信徒且行善积德足够的，才可以进入天界。
当进入天界后，会发现那里没有战争、没有丑恶、没有饥饿、没有仇恨，那是一个物资充裕全属公用，可随取随用、都可尽享人间帝王将相生活的世界。
按照玄教信徒生前所积累的功德分，可升入天国不同的阶层，但是进入天国后还必须继续修炼。创世神盘古目前只是九品天神，而补世神华胥目前只是七品地神，伏羲和女娲同为三品人神，做为神的他们尚且需要修炼，凡人如果想要达到更高境界就要更持之以恒地修炼。
凡间最快的修炼方式就是行善或除恶，最慢的修炼方式就是吞咽金丹，玄教不提倡不劳而获。到了天国，既可以下凡行善积德，也可以闭关修炼，修炼速度是一样快的。
天国里会根据玄教信徒生前的功德划分他的阶层，但信徒们只有修为功德的差别，并无尊卑之比，凡是玄教信徒，不分男女老幼，只要生前行善除恶，获得有功德，一律都可以进去。而那些不幸夭折或功德分不够的人会再世为，到了下一世功德分够了就会在死后升入天国。如果死亡时功德分已经够得上九品人贤以上资格，即立即升入天国，因为天国的修炼速度跟人世一样，便可在上面继续修炼。
九品人贤的天国寿命为一百年，在这一百年内如果修炼刻苦的话，即可快速上升，每一品增加一百年，而天地人三级是每级增加一千年寿命，等修成天级仙即可长生不老，目前的天级仙只有轩辕、老子、庄子、广成子、张陵、大禹、姬昌、姜尚等寥寥数人。信徒们在人间的功德分足够高，便可以在一开始进入天界时就已经是仙一级的，如孔丘刚升天即被授予人圣，经过一千多年的修炼，他现在已经是天圣，跟他情况类似的还是孙武等数十人。如果某个人生前功德刚刚够上九品人贤，上了天国又不全心修炼，一百年后便会灰飞烟灭，所以为了长生不老、永享繁华，就必须勤行善积德。
天国里男女平等，诸仙圣也可男女嫁娶进行双修。天国只有一个，它的位置与方向，人不能妄测，只知是在天上，那是宇宙内最高的神灵圣地。人是否能去天国，要看他生前信仰玄教四位主神以及行善除恶积累的功德十分足够而定。人死了后，任何活人为死者的追荐、代祷，都无助于他入天国与否的资格。
当一个人成为玄教教徒后，他的名字便被盘古神所铭记，当他做了第一件善事后，他的祈祷便可以升入天上，随着他行善除恶功德越来越多，盘古神给他的护佑便会越来越多。因此，玄教教徒在世活着时，实际上，已在享受天国永生的部份福乐了。
卢俊义在玄教教义中重点强调的一点就是，天下没有不劳而获的事情，如果不行善除恶，只有下地狱的份，即便你信仰了玄教。只有信了玄教且行善除恶，才有上天堂得永生的资格。