湘军水军发现事情不对，连忙登陆参与战斗。林凤祥所部也立刻折返，投入战斗。林凤祥28000人，湘军22000人，五万兵马杀得惊天动地。双方各伤亡了六千多人之后，兵力处于劣势的湘军不得不登船脱离战场。林凤祥派一部分部队清理战场，自己带兵反扑芜湖。
芜湖清军只有不到三千，见近两万太平军杀来，措手不及之下只能放弃芜湖逃窜。这场漂亮的反击战打掉了湘军的嚣张气焰。
不过林凤祥一路获胜却不能扭转战局，湘军名将鲍超带领了两万人在南边与陈玉成的八千兵马作战。双方战斗力相差不多，兵力却相差了两倍之多。陈玉成被逼退，鲍超随即挥军北上，意图截断林凤祥的后路。
林凤祥当然不可能让鲍超得手，他占领芜湖之后将此地没来得及带走的物资收集好，部队没有久留，而是选择直接撤退。在湘军淮军两路包抄之前冲出了包围圈，撤到了天京城附近扎下营寨。
湘军一路追赶，在距离天京城不到五十里的地方扎下营寨，与林凤祥所部对峙。尽管湘军不在敢立刻进攻，可整体的包围网越收越小，进攻天京已经是指日可待的事情。
在东路的浙江，李秀成则与左宗棠的楚军互有胜负。以今亮自居的左宗棠也没能打出什么惊人的战绩，他只是在杭州城下挡住了李秀成的大军。当然，这也算是不错了。李秀成无法攻克杭州，就意味着他的部队到了极限。即便李秀成能在浙江支持，可天京一旦失陷，湘军与淮军就能从李秀成背后杀过来。那时候拥兵二十万的李秀成也只有任人宰割的份。当然，李秀成还有一个选择，那就是赶紧回兵天京，击溃湘军与淮军。如果他做了这样的选择，左宗棠就能从背后追杀，湘军、淮军、楚军合兵一处，共同拿下天京城。
11月11日，韦泽正式发布命令，北伐开始。整编完毕的由第四军整编而成的11、12、13三个军率先北上，北伐战争开始了。
11军从永兴出发进军衡阳，驻扎在永州的12军也同时出发进军衡阳，同样驻扎在永州的13军则进军宝庆。拿下宝庆就控制住了在长江以南进军四川的道路。而拿下衡阳之后，光复军就能正式组建起海军的长江支队。
凑巧的是，也就是同一天，李秀成带兵撤离杭州，向苏州方向撤退。洪秀全数次派遣使者，要求李秀成回军保卫天京。浙江本就不稳固，李秀成当然知道如果天京城出了问题，他就会变成瓮中之鳖。此时最好的办法莫过于收缩防线，集结兵力。如果能够给某一路清军以致命打击，整个局面还是能够盘活的。
李秀成没有与大部队一起行动，他自己先带队赶回了天京。11月20日，林凤祥、李秀成、陈玉成、张应宸、杨辅清，这五支太平军最善战的兵团指挥官终于齐聚一堂。
林凤祥为人坚毅沉稳，即便是局面越来越恶化，他却也没有到绝望的地步。当然，失望的情绪也无可避免。如果三个月前，洪秀全能够答应组建总参谋部，就如张应宸所认同的那样，渡过头三个月的艰苦时期，新部队的战斗力就能恢复到正常水平了。如果他组织反击战的时候手头不是只有六千精锐，而是有一万两千，数量只有一万的曾国荃只怕就交代在那里了。干掉曾国荃，鲍超一路兵马孤掌难鸣，那时候林凤祥不会突袭芜湖，而回转而与陈玉成夹击鲍超。即便解决不了鲍超，也能击退鲍超所部。那时候天京城自然那不会被围困到如此地步。
战机已经过去，林凤祥的个性是不会再去抱怨的。而李秀成在会议上却提出了他的看法，“事到如此，我军须得整合起来才行。”
听到这合情合理的建议，陈玉成秀丽的脸上露出了嘲讽的神色。这不是针对李秀成，而是针对几个月前洪秀全的做法。原本陈玉成见到洪秀全不肯建立总参谋部，他准备自己带着部队与林凤祥合并。没等他完全说服自己的部下，洪秀全不仅严令陈玉成到宁国府帮助杨辅清搞防御。还给陈玉成手下两名重要的部下给封王了。
即便是陈玉成这样也模仿了总参谋部的部队，兵为将有的体制也没能改变。洪秀全给陈玉成的部下封王，这下大家都是王爷，谁指挥谁呢？
洪秀全这么一干，陈玉成算是明白了。洪秀全并不反对建立总参谋部，只是他要建立一个洪秀全独掌大权的总参谋部。眼下天国众将们都很清楚洪秀全的那点能耐，让他指挥战争，大家就等死吧。而且在听了林凤祥提出的总参谋部概念之后，陈玉成也真的理解了总参谋部的特点。这个总参谋部并不是为某个人负责的，总参谋部本身就是一个透明化的体系，这个体系是为赢得战争而存在的。
如果太平天国组建总参谋部，总参谋部是为整个太平天国政权服务的，而不是为了让洪秀全一个人享有权力而服务的。洪秀全本人则是极力反对这个先后顺序。
所以听到李秀成提出了统一军令的建议，陈玉成直觉的感到，洪秀全一定会对李秀成的部下动手脚。在脸上忍不住露出了嘲讽表情的同时，陈玉成只觉得心里头一阵悲凉。他不得不怀疑，自己是不是跟错了人。
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