最初的时候，李秀成以为总参谋部制度就是多找一群幕僚，让这群幕僚各司其职，能够提供专业的意见。
这种体制其实对太平天国并不陌生，太平天国很早就有类似的部门。李秀成很容易就在自己的部队里面组建起了幕僚制度，效果么貌似很不怎样么，但是李秀成觉得只是自己的幕僚们水平有限而已。假以时日，他们肯定能够有上佳表现。
而这一个月来，李秀成亲自看到了林凤祥、陈玉成、韦俊这三支部队的整编。那过程可是把李秀成给吓坏了。
三支部队里面都有自己的参谋部，现在这三支部队首先组建了筹备组。由筹备组选出了作战训练部门，对所有进行了训练与考核。考核合格的人员就加入新组建的部队。从圣兵向上，层层都有考核机制。每一名军官，每一名参谋都是通过了各种考试之后选拔出来的。
自太平军创立开始，其实师帅就不是很值钱的，手下有百十号人马就敢成为师帅，甚至是军帅。按照太平天国的军制，一师计二千六百三十人；五师设军，全军共计一万五千一百五十六人。以旗帜、号衣、腰牌等表明番号。林凤祥、陈玉成、韦俊整编之后，所有部队全部齐装满员，五万多人编成了三个军，以及一支负责后勤运输的部队。
新的部队里头，林凤祥出任总参谋长，陈玉成、韦俊等人在这支部队的总参谋部里面出任各种要害职务。这等变化还不能让李秀成感到震惊，真正令李秀成感到震惊的是林凤祥对一部分不接受总参谋部制度的军官的处置。
这些军官们现在“身居高位”，让他们放弃检点、军帅这等烂大街的名号，再去当个两司马，旅帅，这些人坚决不接受。还有些军官门倒不是不接受在新部队里头当一个军官，但是他们不能接受自己再也不能当草头王了。对这些军官，还有依附于这些军官的士兵，林凤祥等人毫不客气的把他们从部队里头给驱逐出去，安排他们到天京城驻扎。
当然，李秀成参观过新部队。只见这些部队的精气神和其他太平军的部队完全不同，一定要形容的话，这支部队看起来与李秀成印象中韦泽的部下颇为相似。
即便是看到了这样的变化，李秀成依旧不肯答应按照林凤祥提出的方案建立总参谋部制度。李秀成是个聪明人，他当然知道好坏，更知道林凤祥采取的整编模式是正确的。而且林凤祥一点都没有藏私，他总参谋部制度的核心理念向李秀成说的明白。
兵为将有乃是封建军队的特点，这首先就是上层为了平衡下面权力的手段在里面。一个大军头下面是很多并行的小军头，不仅小军头之间没有隶属关系，大军头甚至都不能侵犯小军头的利益，如果大军头开始吞并小军头的兵力，那将引发整个小军头们的集体反对。
大军头真正能够指挥的动的，是他自己的直属部队，也就是亲兵。为了让直属亲兵部队更有凝聚力，更加齐心，这些直属亲兵部队就得给与更高的待遇。当然高待遇又引发了另外的问题，那就是限于财力，直属亲兵部队的规模无法弄得很大。
而总参谋部制度里面，军权、财权、人事权，统统在总参谋部手中，连参谋们甚至都不是固定的，总参谋部制度中的人员调动机制，军官在指挥官与参谋之间来回调动，实现了对不同岗位的体会。总参谋部体制下的每一个人都不拥有私人武装，更没有源自私人的特权，每个人都只是总参谋部这个制度下的一份子。
林凤祥没有藏私，他把这些说明的非常透彻。光这一条就让李秀成吓坏了，林凤祥讲出了李秀成这些年统御部队的核心要点，更重要的是，有些要点李秀成只是本能的去做了，却没想到林凤祥除了指出这种做法之外，甚至把这些做法的内在原因都给讲出来。
林凤祥很早之前就开始模仿韦泽的总参谋部制度，据林凤祥所说，他也是最近一年多才明白了总参谋部的真意所在。这些真正核心的内容林凤祥他们根本不知道，在韦泽把总参谋部制度改城党委负责制的时候，一些出于理念或者别的一些因素的人选择了离开，离开的一部分人跑到了林凤祥这里。自此，林凤祥才知道了光复军总参谋部的真正营运理念，以及营运方法。
有几年照猫画虎的基础，又得到了真传，林凤祥他们实施整编的时候还遭到了近半军官的反对。而林凤祥、陈玉成他们手段极为强硬。反对者与反对者的支持者统统送去天京城护卫天王。天王洪秀全曾经给陈玉成两个重要将领封王，这两个人立刻就不知道自己是老几了，尝试着与陈玉成“平起平坐”，陈玉成付出了驱逐将近四分之一人马的代价，把这两个“祸害”和他们的部下统统送去天京城，让他们听候天王调遣。
李秀成自家人知道自家事，若是他也搞起总参谋部来。他手下那“二十万”大军能省下五万么？而且剩下的那些人会是精锐么？李秀成自己完全没有信心。
“林大哥，整编的事情还是再等等吧。小弟我会尽快，会尽快！”李秀成最后只能对林凤祥这么说道。
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