在得到了常盘道馆的绿色徽章后，小智一行人返回了真新镇，途中他们碰到了一个马戏团，然后火箭队又出来了，接着魔墙人偶击退了火箭队。另一只魔墙人偶被小智的母亲收服。
来到大木研究所，小智和小茂进行了一场久违的对决，吓坏了庭院里的神奇宝贝，还是小黄和小修赶紧安抚才没出事，就在这时，迷路许久的火箭队出场，打断小智和小茂的对决，被小蓝直接打飞，而且他们的决斗也因为决斗结果留到石英大会一决胜负来得好，他们才最终停了下来。
今天他们在离真新镇不远的一个海岸边上，进行着训练。
就在这时，一只快龙突然出现在他们的面前，拿出一张招待券和一个电子信笺，招待券里面写着：{你们是最被看好最有前途的宝可梦训练家，我以最强的宝可梦训练家的身份，邀请你们来参加我的宴会。}
“最强的训练家啊，那我还真想去看一看呢。”小智兴奋的说
“说的也没错呢，总之去看看也好。”小茂说。
“那么我们就一起去怎么样？。”小蓝说。
“好啊，没问题。”小黄说。
众人决定前往邀请函上所说的新岛。当一行人到达港口时，却因为天候不佳，前往新岛的船只暂停行驶。
很多被邀请的训练家都等的不耐烦了，不管港口管理员波佳和警察君莎的劝阻，用自己的宝可梦强行渡海，众人也决定用自己的宝可梦渡海，小刚的话找小霞借就好了，其他人自己也有可以渡海的神奇宝贝，就在大家准备渡海的时候，出现了意想不到的事。
超巨大毒刺水母突然出现在港口，把在场的训练家都吓坏了。
“超巨大毒刺水母怎么会出现在这！”小智惊讶地问。
“小智哥哥！它好像没有任何恶意。”小黄说。
（我当然没有任何恶意，我只不是刚好经过这里，话说你们在这干嘛？）超巨大毒刺水母问。
“我们要去新岛的神奇宝贝之城，正要出发，你既然来了，能不能载我们一程？”小智问。
（载你们啊，可以，虽然说一开始跟你们相处得不算很好，但好歹相识一场，上来吧。）超巨大毒刺水母转过身子，将身体尽可以能靠近港口，让他们可以上来。
大家倒也不客气，直接跳到它身上，毕竟有它在，他们的宝可梦就不必登场了。
超巨大毒刺水母带大家出海。
“凤王，亚古兽，你们都感觉到了吧？”小智用波导跟，凤王还有亚古兽沟通说道。
凤王(没错，是那家伙非常可以肯定。)
亚古兽(他和我们之前的一个朋友很像)
小智(总之大家还是小心一点儿吧。)
超巨大毒刺水母把大家都送到了新岛的港口，因为太过巨大，他没办法靠岸
带着邀请函和电子信笺靠近港口，港口处那个出现在电子信笺上的全息投影的美女已在那里等候他们多时了，信笺上那个全息投影的美女忽然出现，证明他们的确是被邀请的客人。
“啊！我认得你！你是神奇宝贝中心的寻人启事上那个失踪的乔伊！”小刚一眼认出他就是那个失踪已久的乔伊。
“说起来她和乔伊长得还真有点像！”小霞说。
“你们在说什么？我从小就在这座城堡中长大，从未曾离开这里过。”因为她太过冷静，冷静到完全没表情，众人只得面面相觑。
酷似乔伊的美女没有理睬他们怪异的表情，转身为他们带路说：“请跟我来。”
就在他们走后，火箭队偷偷来到了港口。
酷似乔伊的美女带众人来到一扇看着吓人的大铁门，说：“你们大概是最后一批赶到这里的人了吧，在你们之前已经有三个训练家赶到这里，你们先互相认识吧。”说完，大铁门自动关上。