在三神鸟全部KO之后，洛奇亚把大家带到了冰之岛，顺利拿到了冰之宝藏，来到了的祭坛。
“宝物，放在那里。”呆呆王说道。
这个时候一架直升机摇摇欲坠。
“哎，那艘直升机里，大木博士，内木博士，还有妈妈，怎么会在那里？”小智感觉到什么。
“莎莉娜，拜托妳把宝物放过去，洛奇亚你和我去救他们。”小智说道
“不行，直升机要坠毁了，只能跳机了。”驾驶员说道
“各位快上来，快点儿！”这个时候小智骑着洛奇亚出现。
于是大家都跳上了洛奇亚，这时候，不远处传来一声优美的笛声。
洛奇亚带着大家降落到了祭坛。
芙洛拉正在祭坛上，吹奏着了笛子，随着‘呜~呜~呜~~呜~呜呜呜——’的笛声的不断传播，七根翡翠般的石柱也随着韵律和音符而发光，绿色的泉水不断的涌出，从祭坛向下流去，泉水向大海远处扩散，绿色的开始晕染，大海完全染成了发光的绿色
“啾啾啾~~”，而就在这时，争斗中的三圣鸟也随之复原了，围绕在四周飞舞，，乌云散去，天空开始慢慢放晴，明媚的阳光照耀着大地，覆盖的冰雪慢慢消融，绿光散尽后大海终于又呈现了蓝色，展现了它的广博。
这个时候，三神鸟已经再次飞了起来，来到了洛奇亚跟前。
“你们现在才清醒吗？”洛奇亚淡淡地说道。
“哦，火焰鸟，急冻鸟，还有闪电鸟，还有洛奇亚，这是传说中的宝可梦啊，真是特别精彩了。”大木博士很是吃惊。
“上来吧”，洛奇亚看到世界复原后，俯下身对小智说道。
“好”，小智拉着莎莉娜攀上洛奇亚的背，皮卡丘也跳上了小智的肩膀，而后洛奇亚就带着小智飞上了大海上空，小智和莎莉娜俯瞰着下方的大海非常的兴奋，而且这时洛奇亚的身后从海里带出一股海流，在空中前进，非常壮观，火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟也飞在一旁。
飞行了一段时间后，海流回落于大海中了，火焰鸟、闪电鸟和急冻鸟也各自飞回了自己的岛屿，洛奇亚则是把小智和莎莉娜送到了祭坛所在的岛上，芙萝拉这时也停止了吹奏，祭坛也恢复了原样
“就把我当成传说中的存在吧，对于这个世界来说也是一种幸福”，事情都圆满的结束了，时间也到了傍晚，红色的夕阳映照着大家，大海也被染成了红色，洛奇亚此时也要离开了，他通过心灵感应对大家说道。
“小智，我看到了，为什么做这么危险的事”，小智的妈妈气喘吁吁的跑过来就非常生气的问小智说
“可是，小智拯救了这个世界”，小霞则是在一旁替小智说话，希望缓解一下气氛
“那又怎么样，你还是小孩子，不能乱来啊；拯救世界，赌上性命去做？小智不在的话，就没有小智的世界了，就没有我的儿子了，因为有你，所以才有世界”，小智的妈妈花子说着说着语气就弱了下来，眼中开始出现泪水