刘伯温见朱元璋对自己言听计从，十分高兴，毫无隐退之意，每日勤于参政，任劳任怨。
谁知世事无常，一年之后，朱元璋坐稳了江山，不再经常听取大臣的意见，开始独断专行，做了几件大事！
第一件就是设立了巡检司和锦衣卫，锦衣卫是专门负责监视百官的动静的，是朱元璋的眼线和耳目，非但皇宫，官员家附近和大街小巷里，都布满了锦衣卫，一时间人人自危！也展现了朱元璋天生多疑的毛病。
有一天，博士钱宰散朝回家，一时兴起，在路上信口吟诗一首：四鼓咚咚起着衣，午门朝见尚嫌迟。何时得遂田园乐，睡到人间饭熟时？第二天上朝，群臣奏事完毕，快要退朝了，朱元璋忽然对钱宰说：“昨天你作的诗不错啊！不过我可未‘嫌’你迟哟，这样吧，把诗中的‘嫌’字改作‘忧’字怎么样啊？”
钱宰一听，吓得出了一身冷汗，连忙跪下频频叩头。这天正好赶上朱元璋心情好，没有追究他的罪责，钱宰也算是大幸，没有惹祸上身。
后来，吏部尚书吴琳告老还乡。吴琳已是年老体衰，耳聋眼花，难做大事了，但朱元璋还是不放心，常派锦衣卫去监视他。一天，身穿便衣的锦衣卫到了吴尚书的老家，向田间插秧的一个老农夫问道：“老大爷，您这里可有个退了休在家养老的吴尚书？”只见那老人仰起脸来，擦了擦额头上的汗，睁开浑浊的双眼，端详了半天来人，然后拱手答道：“老朽乃吴琳便是。”几个锦衣卫和老人聊了起来，聊了一会天，起身告辞。吴尚书看着来人的背影，摇了摇头，眯上眼睛笑了。朱元璋得到了这一消息，知道吴琳并无异志，十分高兴，随即派人送去了大批金银，奖赏了吴琳。
大学士宋濂是著名的学者，又是皇子们的老师，对朱元璋可谓赤胆忠心，但朱元璋还不放心，经常派便衣锦衣卫监视。
一天，宋濂在家请客，便衣锦衣卫竟把赴宴人的人数人名，乃至菜肴的详细菜单报给了朱元璋。第二天上朝，朱元璋对宋濂说，“昨天请客了，都有谁啊？吃的什么美味佳肴？”宋濂先是一惊，然后把所请客人和菜肴情况一一如实回答，朱元璋听后十分满意地说：“宋学士所说皆实，没有骗我！”随手把宾客的名单和菜单递给宋濂，宋濂心里五味杂陈。
国子监祭酒宋讷，有一天在家里生闷气，脸上阴云密布，一声不吭，妻妾和佣人们都躲的远远的。便衣锦衣卫认为，这个宋讷有可能是对皇上不满，就偷偷地把他生气的样子画了下来，交给了朱元璋。第二天上朝时，朱元璋问他：“宋讷，昨天在家为何不高兴生闷气？”宋讷听后浑身一抖，跪倒在地，如实做了解释，朱元璋知道了他生闷气与自己无关，才不追究。宋讷壮着胆子，抬头问朱元璋：“万岁，您真是太神了，您怎么知道我昨天生闷气？”朱元璋随手就把那张画像拿出来给他看，宋讷见到惟妙惟肖的画像，差点被惊倒在地。
朱元璋掌握着臣下的一言一行，臣下深恐动辄得咎，哪里敢有不法行为！
第二件大事，朱元璋出身平民，最了解贪官污吏的害处，对这类官员深恶痛绝，坐稳江山以后，对贪官无情地打击，狠到令人毛骨悚然！
朱元璋下旨，对于贪污六十两银子以上的官员直接判死刑，一律处死，决不宽待！而当时低级官员的俸禄，不足以养活全家，不得不捞钱！朱元璋一看贪腐屡禁不止，干脆修改刑律，除了挑断手筋、脚筋、削膝盖、挖肚皮等等刑法外，特地发明了，“剥皮揎草”的刑法，就是把贪官活着剥皮，然后，趁着肉皮刚剥下来，还有弹性，在皮囊内填充稻草支撑起来，晾干后，把人皮放到衙门门口或者当地土地庙的门口，用以警告继任官员，切勿贪赃枉法。一具具真皮揎草的“人”时刻警示着，如果你贪污腐败，这个“臭皮囊”就是你的下场！
国内安定后，朱元璋又把眼光投向国外，在明朝建立之后，朱元璋就开始派使者带着国书去了周边的番邦日本、高丽、安南、占城四国，目的有两个，第一就是告诉他们这几个国家的统治者，现在中国之地是大明当国，元朝已经完蛋了，让他们俯首称臣，将来磕头别磕错了人。第二就是去探查这些四夷有没有可能帮助元朝余孽。
使者去了这四个国家后，高丽，安南和占城都还不错，只有日本出现情况了。
当时日本处于南北朝时期，明朝使者以杨载为主使的使团见到的是南朝的怀良亲王。此人是后醍醐天皇的皇子，性格残暴，作战勇猛，是个粗鄙之人，见到朱元璋亲笔写的国书，口气强硬，十分气愤！因为当时日本浪人经常驾船出海，骚扰明朝的东南边境，人们称之为倭寇，让朱元璋十分不高兴。因此朱元璋的国书写得十分不客气：“......圣旨到日，如臣则奉表来庭，不臣则修兵自固，永安境土，以应天休，如必为寇盗，朕当命舟师，扬帆诸岛，捕绝其徒，直抵其国，缚其王，岂不代天伐不仁者哉，惟王图之。”
怀良亲王本就是粗人，一怒之下把使者杨载痛打一顿，还杀了他的随从。朱元璋得知后，暴跳如雷，召集群臣商议出兵征讨日本。
武将们纷纷摩拳擦掌，请求出征，刘伯温却出奏道：“陛下，臣以为，此时不宜远征日本，国家初定，老百姓刚过上安生日子，百废待兴，国力不足！况且兵凶战危，日本又隔着大海，我军没有必胜的把握，如果重蹈元朝伐日本的覆辙，岂不是大损国力！前车可鉴，元朝最盛之时，皇帝忽必烈两次派大军征讨日本，都因飓风气候，铩羽而归！”
朱元璋听完点点头，说：“我知道这件事，日本抵御元军第一次进攻的战事为‘文永之役’，第二次为‘弘安之役’。跨海作战，确实气候莫测，难以取胜，此事日后再议。”刘伯温暗暗高兴，朱元璋虽然生气，但毕竟是一代雄主，他并不蠢，明白现在不是伐日本的好时机，隐忍了下来。第二年朱元璋又想起此事，再次写了国书给日本，怀良亲王也回书一封，不卑不亢地夸耀了自己的实力，劝朱元璋慎战，但语气有所缓和。朱元璋又想出征，刘伯温以西北尚未完全平定劝谏，朱元璋采纳了，不再派兵远征日本。
过了几年，朝廷发生了一件大事！就是朱元璋钟爱的皇太子朱标死了！朱标是马皇后所生，从小熟读儒家经典，性格仁慈宽厚，对弟弟们十分友爱。秦王朱樉、晋王朱棡、燕王朱棣、周王朱橚等弟弟曾多次有过错，朱标从中调和求情，使他们免受责罚，在诸王中威信最高。
洪武二十五年，朱标视察陕西回来后，因风寒病逝，八月葬孝陵东侧，即明东陵，谥“懿文太子”。朱元璋随即立朱标次子朱允炆为皇太孙（六年后受朱元璋遗诏继位为帝。）但朱允炆过于仁慈懦弱，书生气十足，缺乏杀伐决断的手腕，朱元璋看看自己年事已老，而部将勇武者极多，深以为虑，怕自己百年之后大臣夺了大明的江山！
朱允炆见祖父御下极严，多次劝谏朱元璋施行仁政。朱元璋有一次召见朱允炆，命他把地上一根长满荆棘的棍子拾起来，朱允炆连拾几次，都被荆棘刺手，扔在地上。朱元璋语重心长地说：“皇孙，这跟棍子就好比我大明的江山，这些荆棘就是满朝文武，凡是有本事的人都不甘久居人下，祖坟若不把这些荆棘除去，你怎么能够稳坐江山？”
朱允炆低头不语，朱元璋却下定决心，一定要在自己生前做成此事！恰好大将军蓝玉出事了！蓝玉多次北征蒙古，立下赫赫战功，被晋封为凉国公，位居大将军之职。蓝玉统兵多年，在军中颇有威望；麾下骁将十余员，个个勇猛善战。
而蓝玉却不知韬光养晦，自恃功高势大，骄横不法。在军中，他擅自黜陟将校，进止自专，甚至不听君命。某次北征还师，夜扣喜峰关，关吏没有及时接纳，蓝玉就纵兵毁关强行进入，这一举动显然引起了朱元璋的猜忌。
在地方上，蓝玉霸占东昌民田，私蓄奴婢，纵奴作恶乡里。此事后为御史举劾，但蓝玉竟怒逐御史。他还让家人私买云南盐一万余引（每引200斤或400斤），进行走私。又因奏请多未采纳，一直对朱元璋心怀不满，这些做法，终于让朱元璋动了杀心，决定拿蓝玉开刀。
在朱元璋的授意下，锦衣卫指挥蒋瓛指控蓝玉谋反，并在蓝玉府库内搜出近万把倭制武士刀！朱元璋下令抄没其家产，诛其三族，此案连累一万五千人被杀，包括一公爵、十三侯爵、二伯爵，朝野震动！
朱元璋为了安抚群臣，过了月余，下令在应天鼓楼岗的山坡上，建造功臣楼，要再次封赏有功之臣。
消息传开，凡是跟随朱元璋南征北战，打下江山的开国功臣，无不深受感动，称赞太祖英明。刘伯温得知此事，暗暗卜算一卦，大凶！
刘伯温忧心忡忡，暗暗观察功臣楼的修建，发觉楼身又宽又矮，看来很结实；窗户又高又小，看来很安全，心知不妙，按这样的功臣楼，若是朱元璋动手诛杀大将，一个也逃不掉！
等到功臣楼落成之日，朱元璋择定吉日，大发请柬，邀请功臣赴宴，却没有请刘伯温！刘伯温心中疑惑，暗中打听，发现朱元璋没请四个人，其他功臣都请了！除了自己，其他三人是大将汤和，长兴侯耿炳文和武定侯郭英。
刘伯温紧张地思考，汤和为人谨慎，沉敏多智，从不争功，是个谦谦君子，对皇权没有威胁。
耿炳文与朱元璋是同乡，父亲名叫耿君用，在朱元璋刚刚征兵时，就加入了义军，因功被封为管军总管，算是嫡系中的嫡系。耿炳文为人谨慎，恪守臣节，甚至自比为狗。他不参与朝政，从不言功，他将所有的功劳都归于朱元璋，因此也不会造反。
武定侯郭英的妹妹是朱元璋的宠妃，身为外戚，又有战功，自然得到皇帝重用，皇亲国戚自然不用怀疑。而自己是文臣，只会出谋划策，脱离军队多年，也没有提拔过武将，朱元璋自然不用防备自己。