大明的南京城并不小，周长达九十六里。整座南京城同北京一样，也分为宫城、皇城、外城三道城墙。不过，后来朱元璋又因考虑到钟山等多处高地不应处于城外，而使得宫城处于容易被炮击的风险。所以，便又加了一道外郭城墙。而整座南京城也是从里到外是四道城墙。朱由检现在进入的这道便是位于南京城之南的正阳门。南京城与北京不同，因其处于长江与秦淮河之间，在北边又有一大片玄武湖，而在西边又有茅山余脉之钟山。故而，虽说南京城是虎踞龙盘之地，但却不如北京城般在一条轴线，罗列规整。朱由检进入正阳门后，便能看得见秦淮河岸的朱楼玉宇。百官和士民也已于正阳门大街两边恭候。等到朱由检骑马进入后，便是所有人都跪了下来，山呼万岁！街道已铺垫了黄土，南京京营官兵举着长矛立于两旁。皇帝出现南京城，对于南京士民乃是百年未见的罕事。朱由检也能从他们脸看出兴奋之色。大明立国百年，虽因天灾**，致使北方民心尽失，但在南方还是有名望的。不过，百官们却没有士民们那般兴奋，从其低沉的呼喊万岁的声，朱由检能感觉出他们当很多人的失望之声。朱由检笑了笑，将手挥了起来，热切地与整个南京的百万黎庶打着招呼。百万黎庶的热情也因此更为高涨。即便是躲于阁楼的绣花姑娘们也探出脑袋来，朝外面扬起手绢。当年年少青衫薄，骑马倚斜桥，满楼红袖招。这首诗用在这里虽不合时宜，但朱由检那一身明黄色黄袍和他身后数百位衣冠华丽、鲜艳无双的妃嫔宫娥以及威风凛凛的数万甲兵的确给予整个南京城的官民们极大的震撼。此时的南京城可以说是万人空巷，连带着热闹的秦淮河岸都没有人烟，都聚集到了这正阳门下。这是作为大明皇帝所带来的轰动。即便是南京城有很多不希望大明皇帝朱由检出现在南京城的官员，但他们也不敢在朱由检进入南京城还玩什么花样。作为大明皇帝，其正统性和强大的号召力自然是他们并不敢明着触逆的。可以这么说，从朱由检进入南京城这一刻开始，任何别有用心的魑魅魍魉都很难再出现。南京礼部尚书王铎此时的心情是复杂的，虽然他不得不接受大明皇帝朱由检平安抵达南京的事实，但他内心的确更希望这天下直接由太子掌权。南京吏部尚书高弘图也是喟叹一声，他同其他大臣一样都还以为真如传言一样，皇帝陛下遇难于丹徒，却没想到旦夕之间进入了南京城。南京户部尚书张慎言这些日子从未敢离开太子朱慈烺半步，是希望能与太子关系更紧密一些，但他没想到的是，大明皇帝陛下朱由检居然能从刘泽清、高杰、刘良佐等人手成功脱离，且到达了南京城。保国公朱国弼、诚意伯刘孔昭、镇守太监韩守敬也都是忐忑不安，他们作为勋戚内臣，算得是天子家臣，但因为东林官集团的误导，使得他们以为南巡的只有太子，因而都没来得及出城数十里迎接大明皇帝陛下。朱由检看着这些武官员们脸各种复杂的表情，不由得轻蔑地笑了笑，没有当着百万士民训斥这些人。等到朱由检的南撤队伍经过洪武门进入皇城，再由端门进入宫城后，朱由检才下旨：“着令，午时过后，百官进朝觐见，前礼部侍郎钱谦益、前左都御史刘宗周、前刑部尚书郑三俊、徐石麟以旧有官位品级朝见，南京镇守太监韩守敬何在？”南京镇守太监韩守敬慌忙跑到了朱由检面前：“请陛下吩咐。”“太子在何处，南京各宫殿收拾了几处，朕之后宫妃嫔如何安置？”朱由检问着走了奉天殿的台阶。随堂太监史可法、御马监太监何新以及皇后周氏、贵妃袁氏等紧随其后。韩守敬不敢怠慢，忙回道：“回禀陛下，奉天殿、华盖殿、谨身殿都已修缮好，奉先宫、乾清宫、坤宁宫以及东西六宫也已经修葺完毕，现太子住于乾清宫。”“从现在开始，南京镇守太监一职取消，你调为司礼监秉笔太监与随堂太监史可法随朕左右，行使批红之权，宫城防务交于御马监太监何新，诏令司礼监掌印兼东厂提督王承恩回行在，统管内廷！”。欲要攘外必先安内，由大明二十四衙门组成的内廷乃自己掌控帝国抗衡官集团的坚力量，也是自己行皇权的爪牙，朱由检到达南京自然得先把内廷重新搭建起来。韩守敬没想到自己能直接被皇帝陛下朱由检调入司礼监担任秉笔太监，这如同外朝官员跻身内阁一样，让韩守敬是激动不已，忙要行大礼谢恩。朱由检只是微微一笑，一进入南京城先提拔镇守太监韩守敬自然是有要收拢南京内臣之心的意思。不趁着内臣与外朝联合之前，将南京的宦官收拢在自己皇权之下，他日若是让东林党和南京的宦官联合，朱由检的这个皇帝只怕依旧难以当下去。朱由检进了奉天殿，这里形如北京的太和殿，乃是自己登基和行国礼的地方，看去也的确是金碧辉煌。而这时，太子殿下朱慈烺才匆匆赶来：“孩儿见过父皇和母后，孩儿来迟一步，请父皇陛下责罚！”朱由检哼了一声，他自然知道这个朱慈烺是不可能有陷害自己这个父亲的心机，但他也猜得到朱慈烺应该是性格较柔弱而没主见的，不然不会明知自己这个父皇也在南下途而不知道提前派人来打听。“你倒是尊贵的很，难不成还要朕去给你请安不成？”朱由检故意这样说的严厉些，便是要吓吓这朱慈烺，免得他被官们蛊惑到真的可以无视自己这个父皇的地步。太子朱慈烺听得出来朱由检的怒意，吓得忙跪下道：“父皇且听儿臣解释，不是儿臣不想来迎接父皇和母后，是王先生和张先生们说，儿臣乃一国储君，如今天下未稳，时局未定，不可冒然出宫，否则社稷恐有大变故，所以儿臣思及国事重于家事，便依照先生们所言，未曾出这里一步。”“你什么时候能有点主见！”朱由检说了一句，让朱慈烺自己起来，然后朝奉先宫而去。奉先宫乃天子正宫，朱由检的龙居之所，虽不及奉天殿庄严，却也同样是雕龙刻凤，金光焕彩。“此等大床，才是帝王气派！”朱由检说后便朝随堂太监史可法吩咐道：“午时正到后，带群臣于奉先门平台觐见！”
