联寇平虏。朱由检最终确定了大明在今后的基本军事战略。“朕不管你们之前是什么主张，之前对流贼有多么痛恨，但从现在起，作为朝廷的官员，你们只能有一个共识，那是入关的鞑子才是我们最大的劲敌，不赶走鞑子，我们休想坐拥这半壁江山！”朱由检说着便看向了高弘图和张慎言以及吕大器：“朕知道你们恨流贼，恨他们对士绅残暴，恨他们毁了你们的家业，但你们以为朕不痛恨吗，朕也恨，朕的祖宗陵墓都被他们毁了，朕的京师都被占了，朕恨不得将李自成生吞活剥！”“但这也是我们自己咎由自取，我们兼并土地，剥削过重，百姓起而谋反，成为流贼，乃是逼不得已，水可载舟亦可覆舟，我们也算是尝到了教训，该痛定思痛，以海纳百川之心容不能容之事，毕竟他们也是我大明子民，如今鞑子大有当年金蒙南下之祸，诸位不能掉以轻心啊，从今天起，流贼以招抚为主，鞑子以对抗为主！”“谨遵谕旨！”群臣忙开始表态。朱由检点了点头：“那好，具体如何招抚，如何抵御，兵部尚书马士英待会留下来与朕细商，接下来，我们得提提军队改制和练兵的事，武英殿大学士李邦华说得对，我朝廷的军队现在也欺负欺负老百姓有点用。”官军出身的宁武伯周遇吉本来听李邦华说自己官军只能欺负欺负老百姓已经有所不服。如今，崇祯帝朱由检也这么说。周遇吉自然忍耐不住，出来红着脸争辩道：“陛下，李阁老此言谬也，官军并非只能欺负老百姓，流贼算什么玩意儿，一群只会挥锄头的家伙，当年微臣在北京城和山东都和满清血战过，鞑子也并非三头六臂，老子照样杀了他个七进七出！”“神气什么，李自成入山西，你也不照样跑了吗？亏你当时还是山西总兵官呢？”作为原闯军高级将领的刘芳亮虽然归附了朱由检，但对于大明官军的确也没瞧在眼里，如今听周遇吉不服，直接怼了回去，言外之意不乏奚落之色，毫不在乎这是在朝堂之。周遇吉作为武官，自然也不客气，直接冲去扬起钵盂大的拳头：“死鹞子，你懂什么，本官那是奉陛下谕旨进京勤王，你不是闯贼的右营制将军吗，还十万大军呢，咋在保定府被我官军俘获！”“那是你们使诈！”刘芳亮当场朝周遇吉怒吼了一声，若不是知道自己这是在朝堂，当场要拔刀杀了周遇吉，旋即也只得强自忍住：“再说，也是陛下亲自招抚，以高官厚禄相赠，才肯降的，和你周遇吉有什么相干，有本事，我们去沙场，信不信我三拳便能制服你！”“，我周遇吉这辈子还没怕过谁，死鹞子！”周遇吉回了一句。“你！”刘芳亮当即要撸袖子与周遇吉干架。“好啦！”朱由检这时候喊了一声，忙让黄得功和高杰拉住了这两人：“这里是廷议军队之事，不是练武场，有没有规矩！”两人这才安静了下来。“国有良将，民族大幸，两位爱卿何必相争，你周遇吉当年以鞑子立功而官进游击，带着一群战斗力低下的京营纨绔硬是在北京城下和鞑子血拼了一场，后来在山东杨柳青还硬是和后金铁骑打了一场漂漂亮亮的胜战，骁勇善战，自然与刘泽清刘良佐之辈不同；你刘芳亮能从一普通百姓成为统领十万大军的闯军右营制将军，自然是实力不容小觑，大司马马士英和靖南侯黄得功都在你手里吃过亏，你进入河南后更是打得官军节节败退，朕自然也不会小瞧了你，可你也不能恃才傲物，多向周遇吉请教请教怎么杀鞑子，你可是连一个鞑子都没砍过的。”朱由检这么一说，让周遇吉和刘芳亮两人都是无话可说。但同时，两人心里也颇为高兴，毕竟陛下都挺看重他们，还把他们的丰功伟绩记得如此清楚。马士英和黄得功都尴尬地笑了笑，没有争辩当年会在刘芳亮手里吃亏，到底要周遇吉和刘芳亮两人有涵养些。而刘芳亮却依旧是不由得瘪了瘪嘴，一想到刚才陛下提到他连一个鞑子脑袋都没砍过如同被别人嘲笑他到现在还是一个处男一样让他觉得丢脸。刘芳亮恨不得现在跑到北边去杀几个鞑子。“官军战力不强，非其刀剑不利，也非火器不猛，而在于人，军纪涣散和军饷拖欠更是两大弊端，当军官的吃空额，当兵的拿空饷，这样的军队能有什么战斗力！”朱由检说着便亲自指向地图的标注，将大明目前的军事制度卫所制的弊端提了出来，接着又提及将官养私兵的问题。而群臣也相继发言，提出大明军制过于复杂，一省军务，有巡抚总督，武有总兵参将，常常出现互相推诿和保存实力的情况。最终，朱由检决定将大明军队划分为两个体系，一个是以近卫军为编制的野战军体系，另一个则是以原有的卫所兵为基础组建宪兵部队，前者负责对外作战，后者负责对内剿匪与维持治安。近卫军自然采取募兵制，从各卫所宪兵选取优秀者或直接在征兵招募优秀者进行野战训练。而卫所宪兵的兵员则以现有的卫所兵为基础，将官军的老弱都安排到卫所去，在将来，野战军的受伤或其他原因不能参加野战任务的也会安排到卫所。所谓征兵，则是朱由检最新提出来的兵役制度。朱由检打算取缔大明存在数百年将各种职业分成各种籍贯的制度，如军籍和匠籍之类。如此一来，官兵的世袭将被取缔，对于底层军民而言无疑是解放了他们的自由，让他们可以做生意甚至读书做官参加科举，避免了继续被军官剥削。而军官也没有了长期剥削士兵将士兵当家奴控制的权力，可以避免军阀和军事地主的出现。对于大明军队兵源，朱由检则采取征兵制，即任何一个大明子民在年满十六后都有参军三年为国效命的义务。
