按照朱由检在大明军事方面的设想。未来的大明军队整体是大元帅府所属的近卫军和兵部直辖的卫所兵所组成。而五军都督府自然是名存实亡，除了作为将领官衔加衔，没有任何实际意义。近卫军，第一二三军则是朱由检的王牌军种，绝对嫡系。对于这三个军种的兵种设定，朱由检并没有全部打算将他们全部练成铁骑。虽然在这个时代，骑兵依旧是最具备进攻优势的兵种。但作为穿越者的朱由检深知在这个时代，骑兵的没落已经开始到来。尤其是在火器技术越发纯熟以及火药的大规模用于战场后。更何况，骑兵的训练时间成本与装备成本都要其他兵种高得多，大明没有足够的财力去支撑几十万骑兵。即便鞑子这样的关外部族政权也没有这么大规模的骑兵。而且，未来主战场在短期内将是河交错的长江淮河流域进行，这一带河交错，地势复杂，骑兵很难发挥出足够的优势。再加，大明帝国代表着整个华夏民族的命运。在将来的敌人肯定不止满清，如果大明帝国要开拓海外殖民地，将帝国权威延展到全球。那么，大明势必会与热兵器作战技术精湛的西方殖民者发生战争。这要求大明必须在热兵器作战继续保持不落后甚至是先进的地位。所以，朱由检依旧是想把近卫军这样的野战军种编为由骑兵、步兵、炮兵组成的复合兵种。从而使得大明军队的作战能做到立体化作战，协同作战，充分发挥各兵种优势。朱由检打算以营为基本单位，每营六千人，有骑兵营、步兵营、炮兵营三种。再以若干营组合成一个兵团，兵团饱和骑兵、步兵、炮兵等营，算是一个综合性的军团。而近卫军一个军则包含两个兵团。这样，大明近卫军实际相当于一个集团军，与近现代编制几乎一样。每个兵团都能在一区域内进行独立作战，或者于各个地带进行运动作战。而在防守之时，也能组合成防守、机动、援救、进攻等多位一体的防御体系。一个军具备两个这样的独立兵团，则相当于人有两只手，可以同时控制两个作战区域内的军事行动，甚至能起到相互钳制与夹击的作用。而近卫军第一军、第二军、第三军便首先要具备这样的功能。按照朱由检的预计，这个三个军，每个军主力战兵得五万余人，得编成若干骑兵营、步兵营、炮兵营，按照一个兵团至少一个骑兵营和至少一个炮兵营的配，现在需要练出六个骑兵营和六个炮兵营，然后其余战兵则统一整编成步兵。现在待训的十余万战兵，再加还担负着守御地方的部分精兵，三个军一共十五万战兵将要被重新分配成六个骑兵营、六个炮兵营、九个步兵营。这样可以使得每个军有两个兵团，一个兵团有一个骑兵营、一个炮兵营、三个步兵营。除此之外，兵团与军都有一个直属警卫营与侦查营。骑兵营和炮兵营自不必细述，具备骑术技能者和原是骑兵的老兵以及志愿成为骑兵的则统编为骑兵，炮兵也是如此，而步兵营则进一步细分为弓箭手、长矛兵、火器兵三个子兵种。除了已经完成基本队列训练的秀才营和壮士营的新兵外，待训的十万新兵被分别编进第一军第一营和第二军第一营训练营，而秀才营和壮士营的一万两千人则同原从三军抽调出来的老兵与底层军官一起成为教官，负责带队训练这十万新兵。其，几乎达到了每五个人有一个具有训练经验的人在带队。而周遇吉和刘芳亮则依旧是这两个营的总教官。一旦这十万新兵的基本队列训练完成，再加原有的五万精兵，朱由检将开始着令大元帅府陆军部下令将十五万战兵开始按照各军所需各兵种数量进行分配。一但主力战兵分配完成，便开始进行各兵种的专业技能训练。而除了战兵外，辅兵的训练自然也会提日程，实际在此时已经开始进行近卫第一二三军辅兵的筛选。所谓辅兵，自然是为辅助战兵作战的士兵，大军驻扎时的挖壕沟、搭木架、建桥梁、运输辎重等都得有辅兵完成才行。但同时也兼具着预备部队的作用。因而，辅兵并不是说不用训练，不需要要求其战斗力，只是不承担最主要的作战任务而已。朱由检打算每个军除五万主力战兵即九个营左右的主力战兵外，还得有十万左右的辅兵，也同样按照战兵规格编为若干骑兵营、炮兵营、步兵营等。主力战兵组成的营可称为甲种营，辅兵组成的营的可称为乙种营。一个军十个甲种营，二十个乙种营；再分到兵团，则是一个兵团五个甲种营，十个乙种营。而方便统一管理各兵团内各兵种指挥事务，每个兵团下面的十五个营，则按照各兵种统一划分为骑兵师、步兵师、炮兵师。这样一来，也是说，大明近卫军体系是从最基础的队长到百总、把总然后到营，接着是师，然后是兵团，最高是军。新兵训练依旧在如火如荼的进行。两个训练营每天都在一眼望不得边的大校场喊着口号，走着步伐。而辅兵的也在从余下的四十多万应征者筛选，他们将在半月即十五万主力战兵结束后同现还在职位的近卫第第一二三军的官兵们一起接受训练。而这些军官们将被直接升为各营的游击、千总、百总等官，算是弥补他们没有进入甲种营的损失。而十五万完成队列训练的战兵则将被全部整编成各兵种营，并分别调往各地进行专项兵种训练。在训练的同时自然也会参与剿匪等实战训练。一旦乙种营的训练完成，也同样也会整编成各兵种营，并同甲种营一起混编成各兵团。这样，近五十万的大军整训便可以在较短时间内完成，同时还不至于影响山东、淮扬、应天一带的防守力量，毕竟每个阶段都有兵力在岗。
