没过几日，朱由检便召开了大元帅府军事会议，下旨决定由刘孔昭主持海军改革事宜。!改革事宜的第一项是从原组成的海军和各地近卫军士兵和各地卫所官兵招募大明船政局的第一期海军军官生。按照规则，从下个月一号开始。大明船政局将接受大明各个军队体系的官兵报名，包括近卫军的士兵，这些官兵报名后将会统一进行选拔考试。考官由马士英、刘孔昭、郑芝豹、郑鸿逵、顾三麻子五人组成，主考官乃马士英，副主考则是刘孔昭与郑芝豹。后来又因考虑到民间或许还有遗才未用，便也接受民间应考。至于考试内容则由考官们议定，报请朱由检批准，无非也是化、水经验以及身体素质等方面。虽说内容简单，但难度也不小，单化一项只怕到时候能刷下许多人。但尽管如此，在得知毕业便被授予官职而且同近卫军官兵一样还能参加科举的诱惑下，依旧陆陆续续有数十万人报名。但按照精益求精的原则，第一期招生只招收五百名军官生。等着考官们筛选完所有的考生只留下五百名时，这里面基本都是既具备化基础又具备作战经验甚至是水作战经验的人。这里面主要是原南京水军出身的武官和近卫军水性较好的士兵以及郑家和顾家的人。还有部分是朱由检暗自派去参加的锦衣卫。虽说各自成为大明船政局海军军官生前的背景不一样。但都具备一个共同点，那是当前大明最具备培养成优秀海军军官潜力的军官生。在这个选拔过程，已经改名为郑成功的郑森此刻已开始对自己父亲派来襄助朝廷的五十名海战骨干和顾三麻子派来的海战骨干以及朝廷具备水战能力的武官共组成一百人的教官营进行军事化训练和进一步的化训练。朱由检也会偶尔来讲讲课，做做思想教育，也会来体察一下他们。总之，大明的海军训练总算是提了日程。有了军官，便可以开始招募新兵，至于原来的海军则会转入地方充任卫所官兵，有功的可以升迁，无功的可以平调，有过的则贬为庶民。甚至也有不少直接转为地方职，充任地方吏员，也打破乡绅对基层的控制。这一切都是兵部尚书马士英在主持，不可谓不辛苦。朱由检为褒奖他，还特地加封了他一个太子太保之衔。开办大明船政局，对海军军官进行专业训练只是朱由检壮大海军的第一步。在未来，他还有更多政策要逐步实施下去，但千里之行始于足下，现在也只能先让郑成功把教官营训练成合格的军官。这些教官营的人虽说都是海战能手，经验丰富，但化基础与军事素质都还很薄弱，没有受到专业化训练。对于航海学与工程系以及自然科学都了解不深，操作火炮和指挥战船也多是凭借个人经验与前辈口述。如今他们既然来到大明船政局，第一步自然是要懂得基本的军人礼仪，从学习着装敬礼以及基本的队列训练开始。然后，朱由检还让郑芝豹这个具备海战经验的人编纂《航海志》与《海战指挥课程》以及《海战武器操作训练手册》等教材。务必在新的学员入学之前完成编纂，且先让这五十名即将成为教官的郑家部曲先熟悉教材且可以提出修改意见。教官营里仍旧有不少的盲，因而在短短数月内要让他们既能拥有近卫军官兵所具备的基本军事素质和具备基本的化基础，即识字能力与书写能力，对于郑成功而言，难度也不小。他现在基本是白日对这教官营进行队列训练，晚进行化普及，而教材则是最简单的《三字经》。因而，这倒也成了一件当时的事。整个大明船政局的课堂响起的第一句读书声不是任何海战理论知识，而是“人之初，性本善”，饶是礼部尚书刘宗周一次经过大明船政局后也对此颇为赞誉，认为陛下此举是推向教化之道，令莽夫海寇习学化无疑大开倡学之门。这教官营的人本来还颇有怨言，但好在都知道郑成功是郑家的大少爷，又被陛下赐名，还是近卫军出身，也不敢造次，也得很听郑成功的话，说怎么训练怎么训练，也乖乖地学礼认字。郑成功本是秀才功名，且还是钱谦益当年的弟子，学素养不低，对于自家这些只知掠财劫民的部曲早有恨铁不成钢之感，如今也正好借此机会暗暗发誓要拼尽全力将这些教官营的人淬炼成军纪严明、作风端正、明晓事理的正规军官。这些教官营的都是有海战经验的，而且也有很多人有一定的化基础，因而在进行了一个月的基本训练后，也基本结束训练，而开始参与海战教学安排工作。海战涉及舰船综合指挥、航海技术、海火炮操作技术和船舶制造与修复技术以及舰船日常管理与保养和登陆作战等方面。郑成功与郑鸿逵按照各教官营的教官特长的不同，开始分成了六个科，即舰船综合指挥科、航海科、海武器科以及船舶制造与修复科和舰船日常管理与保养科还有海陆战科。而每科大概分成十五到二十不等的教官人数，每科的教官与郑芝豹一起根据自身经验继续编出教材甚至还有基本的自然科学常识类的教材。如如何分辨东西南北，如何计算舰船行进速度等。在听取了大明船政局训练海军的报告后，朱由检是越发感觉到帝国国民教育在自然科学方面的缺乏，因为他发现大明船政局自行编纂的教材其实很多是最基础的数学普及课程。不过改变教育基础也不是一朝一夕的事，朱由检现在也只能通过办军校的机会让军队内部先一步开始建立自然科学基础。
