朱由检现在已经不再相信樊一蘅与王应熊这两个官的军事才能。因而，他也只能把这两个官调离云贵，省得他们以自己一个是总督一个是大学士的高官之位干预战事。而且锦衣卫的奏报里也不止一次提到过樊一蘅与王应熊的瞎指挥导致曾英与杨展失去多次歼敌机会的事。但调离樊一蘅与王应熊之后，朱由检还是得选一个能统筹诸方兵马的统帅才行。朱由检本来属意秦良玉，毕竟秦良玉在西南威望极高，武官员乃至西南各处土司都对其极为尊敬。由秦良玉挂帅统领云南、贵州、广西、湖广、广东等战事自然是最好。但现在秦良玉已经年迈，朱由检也不想让她再奔波劳累，便只得退而求其次选择马士英这个兵部尚书兼武英殿大学士为督师，统领云南、贵州、四川、广西、湖广、广东六省军政。马士英统筹各方力量与协调关系甚至是后方安排都行，但在战术指挥也还是有些不及，朱由检便决定让李岩以兵部左侍郎兼领云贵总督的身份协助马士英针对张献忠攻略云贵的战事。李岩在军事战略指挥无论是实战经验还是个人天赋皆长于马士英，而且李岩在农民军待的时间较长，此次参与云贵战事的大明主要军队便是农民军出身的灭虏军、近卫军高杰部等，而敌军张献忠部也是农民军出身。所以，李岩这种应该算是较了解农民军的官员协助马士英在战术指挥可以做到知己知彼，在统筹内部力量可以让高杰部与灭虏军和官军更好的相处。除此之外，李岩与马士英如今也算是在兵部共事两年的同僚，彼此的性格脾气也磨合得差不多。不过名义还是马士英做最高统帅。樊一蘅和王应熊作为四川地方武装，在四川失陷之前或可有用，如今四川已全部沦落入张献忠之手，朱由检也用不着他们在四川地方基础的控制力去发动群众抵抗张献忠。而让樊一蘅去两广筹集粮草，朱由检也有自己的考虑。在他看来，樊一蘅肯定是很希望官军收复四川的，所以在筹集粮草方面他不可能不尽心。而王应熊作为崇祯十五年间被罢黜的内阁大学士，如今既然又被重新起用，朱由检自然也不能轻易将他罢黜，只得调回京城做个顾问，也好让他这个皇帝能通过王应熊更清晰地了解云南、贵州、四川这些地方的真正情况。只不过朱由检有意裁汰冗政，慎用官位，因而便不能让王应熊担任内阁大学士，以后在大明，任内阁大学士者必掌行政实权，而不得过问军事。兴平高杰部从崇祯十七年开始，除参与了一次剿灭刘良佐的战斗外便一直被朱由检放在苏淞杭一带震慑江南士族未用，如今却要远调贵州，朱由检不知道这把深藏温柔富贵乡近三年的钢刀是否已经生锈。但无论如何，也只能指望这点人马了，在近卫军主力不能调动的情况下。朱由检给马士英和李岩的要求是不必在乎损失城池与地盘，但一定要尽可能地拖住敌人，不让其东进，威胁大明后方，至少要拖到大明在将来的某一日再次粉碎清军南下的企图后。高杰的近卫军第五军也已全部换最新的装备，火器装备崇祯十九式燧发枪，火炮装备崇祯十九式步兵野战三斤炮以及六斤炮和十二斤炮，最主要的还是三斤炮与六斤炮毕竟西南多是丛林山地，大型火炮实用性不大。近卫军第五军最先抵达的南京，且在南京进行了一段时间的整训后便开始启程去西南。而朱由检也在此期间召见了高杰，做了一些指示。马士英其实是不想在这个时候离开南京去西南的，毕竟现在满朝都知道首辅范阁老有要被陛下换掉的意思，而他马士英无疑是下一任首辅的有力争夺者，但现在却突然要让他去西南指挥战争，他心情并不是很好。不过，朱由检也知道这些官僚们的意思，便也直接提出选任首辅未来首重军功与政绩，不看重资历以及之前的官职。马士英也才明白自己若是在这次针对张献忠南下攻略云贵的战争取得功业，将会有助他在将来成为首辅，便也开始积极地为西南战事准备了起来。“杨展此人在西南战事表现很是突出，乃是难得一见的将才，而李岩在湖广战事便已初见峥嵘，你此去西南要务必利用好这两个将才，或许他们联合起来才能够对付李定国，你作为主帅不在于骁勇善战也不在于有远见卓识，而在如何用将，有人说这杨展颇为跋扈，恃才傲物，不把其他各部将领放在眼里，你此去西南后，这杨展若有冒犯之举，要有容人之量，宁愿为他得罪其他人，也要顺着他的脾气，一切都得等战事平定后再说，明白吗？”朱由检很认真地向马士英说着，他现在不担心别的，怕马士英这种擅长官场勾心斗角的官员一到战场又搞起了内斗，现在杨展等地主武装与大明西南官军算是两个山头，如今又加一个高杰和李岩这些农民军出身的山头。如果马士英作为主帅不统筹好，而是拉一帮打一派而去达到自己的某种目的，譬如拉拢成自己的政治筹码，甚至因此导致战争失利。因为朱由检知道，马士英很擅长这样的手段，在原本历史，他一个凤阳总督因此拉拢江北四镇力压东林党，一举掌控南明朝政大权。如马士英真那样做，朱由检不介意阵斩主帅，为此朱由检特地允诺马士英与李岩俱可密奏，以此达到既有统合又有分制的目的。马士英知道朱由检担心什么，只能连连请朱由检放心，毕竟他也知道自己此去西南最大的政治机会是建立军功，而不是拉拢自己的势力，因为他现在再怎么拉拢势力也不可能威慑如今的朱由检。朱由检现在也只能把西南的战事全权交给马士英，包括云南、四川、贵州、湖广、广西、广东六省的军政大事都交给马士英，而他则才好集精力准备对付满清还有朝廷内部的暗流汹涌。锦衣卫都指挥同知李若琏被朱由检派做了全权负责西南战事的情报事务，由他向马士英负责，分担锦衣卫都指挥使吴孟明的压力。而吴孟明也只负责针对满清与南方郑氏的情报事务，东厂则继续负责纠察国内的不安定因素。
