从崇祯三十年三月份开始，在新的内阁首辅还未确认之前，大明新的朝廷机构已开始全面改组。工部细分为帝国工业部、农业部、水利部、交通部。户部细分为帝国财政部、工商部、帝国经济改革委员会。帝国经济改革委员会是朱由检特别提出的一个机构，目的自然是方便帝国干预市场经济。毕竟即便在二十一世纪，也无法取缔官府在市场经济危机的作用。委员会负责人自然也同尚书官衔。吏部细分为帝国组织部、人力资源与社会保障部，前者负责官吏升降与录用罢黜。后者则是负责统筹帝国人力和安排帝国各等级公民之福利待遇与义务。礼部则细分为帝国教育部、外交部。兵部则细分为国防部、警务总部，前者负责国防训练与国防教育与国防力量统筹。后者则负责地方治安管理以及刑事案件侦破。如此一来，帝国内阁管理的内政部门便由五个部门增加为十二个。同时，每个部内部还得增加若干司，且朱由检规定除尚书只有一个外，侍郎继续不限定数量。不过，内阁阁臣将不再兼任各部尚书，而是一个阁臣统管若干部。当然，也有内阁大学士只统管一个部的时候，具体划分由内阁首辅决定。央朝廷增加部门，增加官员数量，增加行政成本与行政力量。地方自然也要相应增加，从州县到府再到省，皆增加专门机构，甚至正堂官与佐官的分工也有些变化。总的而言，帝国官僚机构与官员数量急剧增加。这与很多国家的改革有很大的不同。毕竟大明原本是一个低成本行政管理的帝国，相于前朝，官员数量实在太少，如今增加的行政成本相于之前养士绅增加的成本要少不少，这样无疑有利于央集权，用更多的帝国官员去代替地方士绅管理地方。大元帅府则用不着改革机构，因为它本是朱由检参照近代军制建立的军事指挥机构。“虽说从政治战略来讲，大明目前的主要目标依旧是彻底铲除建虏余孽，但现在建虏余孽远在西域，在西域和大明之间还有很多政治势力，甚至不乏强大的政治势力，大明要远征建虏明显是不划算的军事战略，是对国力的极大浪费！”“所以，微臣以为帝国应该依旧实行步步蚕食，移民与筑城修路同行的改土归流总战略，而且战略方向依旧是先北后南，帝国陆军无疑帝国海军更加成熟，无论是战术指挥还是武器装备以及单兵素质，先扩大陆疆域无疑是最有经济效益的拓张！”大明帝国大元帅府参谋总长李岩在军事会议如此对朱由检和大元帅府其他高级将领说道。但这时候，大明帝国大元帅府海军部总长刘孔昭发表了不同意见：“为什么还是先北后南，北边除了政治意义大毫无经济意义，不是草原是荒漠，气候恶劣不说，开发难度也大，而海疆处处皆是膏腴，最多热了些，甚至还有好几路威胁我大明的强敌啊，郑氏集团与朝廷一直都是貌合神离，红毛番与佛郎机还有最近崛起的不列颠到处拓张，我们再晚一步，帝国海军出不了大明四海了！”“可帝国海军相帝国陆军不够成熟是事实啊”，李岩反驳道。“朕说两句，我们不给帝国海军机会，帝国海军能成熟吗，整天当运输队在大明四海内游荡，都快成商团船队了，不拉出去打怎么成熟，整天待在学堂，物理化学学得都快去京师大学堂当半个教授了，可这有什么用！”朱由检说完走到大沙盘北边，拿出两米长的长棍指着东北一带道：“现在大明在北边已经建立了漠南与东北两个总督署，这两个总督署的地域已涵盖了亿亩的领地，现在五年过去了，也还未完成所有规划城池的建设和基本居民的移民工程；所以，接下来三年，大明依旧需要巩固整个东北与漠南，尤其是东北。朝鲜虽说是我大明藩属之国，但不能掉以轻心，且原本属于我华夏的咸平府还在朝鲜手里，甚至大明要想巩固大陆北端利益，朝鲜和倭国必须铲除！尤其是倭国，世宗时期的仇还未净报呢，所以朕的战略决定是先巩固大陆北端利益，帝国陆军加强鸭绿江一带军事部署，着即准备被朝鲜占领之咸平府之战略！而帝国海军先打倭国和扩大在朝海洋军事利益，当为下一步角逐全球海洋利益练手，帝国陆军配合帝国海军攻打倭国，其核心战略目标是扩大在朝军事利益和彻底消灭倭国！朕的要求是，当年倭国在大明东南如何对待大明百姓，帝**队当如何对待倭国人，卧榻之侧岂容他人鼾睡，五年之内务必完成此战略！五年之后，大明铁甲轮船应该已经投产，到时候被西洋番占据的海外岛屿，我大明一个一个的收回来！”朱由检一确定战略目标，大元帅府的官员便连忙回道：“臣等遵旨！”在朱由检和大元帅府的官员确定好帝国目前军事战略时，新组成的外交部尚书黄宗羲和内阁首辅马士英忙找到了朱由检：“陛下，朝鲜国派遣麟坪大君李渲朝贡我朝，现朝鲜使团已抵达南京，估计一月后便抵达京城。”“这还是朕自崇祯十七年以来，第一个来朝贡的，他朝鲜倒的确很积极，朕刚提起他呢，你打算如何安排”，马士英是内阁首辅，外番朝贡属于内政，朱由检自然先问马士英。“朝贡素来是小国朝觐大国的常例，他们必定带着大量贡品而来，按照以往惯例，我们得以数倍于贡品之价值还之，一般而言，国愈富则礼愈盛，以此算大国之恩赏，微臣打算着财政部准备赏赐之银，外交部尚书黄宗羲去南京负责接待其进京。”马士英的话让朱由检愣住了：“荒唐！朕能让他来朝贡已是对他的恩赐，还要倒贴数倍于贡品的礼是何道理！这条规矩得改掉，他送的既然是贡品，算是给朕的礼物，着内官监全部收缴，不必赐银！念他朝鲜在此次北伐出力甚多，破格由你这个内阁首辅接洽，但不是接待，让留在南京的外交部右侍郎送其进京是，到时候他朝鲜如肯让些实实在在的利益给大明，朕到时候可以给他朝鲜“战略合作伙伴关系”的荣誉称号。”
