早在宁陵的时候，李存明就理清楚了治国思路，一是钱，二是兵，三是权。
通过开荒种地、加征商税、推广土豆玉米的种植，钱粮问题有所缓解；再通过招募新兵，荡平江北时收编俘虏，也有了二十万精兵。
如今打压东林党，平息党争，架空内阁，便是解决权力问题。
建立起相当于军机处的通政司体制后，李存明再接再厉，宣布成立四大院。
四大院分别是医学院、科学院、军事院和监察院，前三个机构在徐州时已经初具雏形，分别由傅山、汤若望、毕氏叔侄负责，到了南京后开府建衙便能立即运转。
而监察院，则是李存明与闫尔梅深思熟虑后决定创建的机构。监察院最大的职责，便是监察官员，权限很大，相当于反贪部门和纪检部门的综合体。
至于锦衣卫，主要职责变更为刺探敌国情报、抓捕钦犯、护卫皇上；东厂主要负责刺探国内消息，重点关注首都极其周边地区；西厂则重在负责商务事宜，也包括开矿、经营皇庄或是国营工厂。
这些机构统称为“一卫二厂四大院”，统统隶属于皇帝本人，主要负责人也都是皇帝的亲信大臣，且都互相独立，尤其是一卫二厂和监察院之间，还能互相制衡。
一番操作下来，李存明真正做到了乾纲独断，牢牢掌控了朝廷权力。
这一天寅时末，李存明来到通政司。通政司没有专门的官职，入值的官员们统称为通政大臣，负责文书、档案等低一级官员，统称为通政司员。
清朝的军机大臣与皇帝议事时，从头至尾都必须跪在地上。李存明毕竟是现代人穿越而来，他需要臣子们忠诚能干，但并不需要人人都变成奴才，所以特意给通政大臣们准备了座椅。
而且这些人都是江北老臣，与皇上关系融洽，故而每一天的通政会议气氛轻松和谐，大家畅所欲言，尽情发表意见看法，不过最终的决策权始终在皇上手里。
李存明坐定之后，蒋德璟立即开了口：“陛下，入主南京一月有余，朝廷各项开支很大，国库快支撑不住了。”
嘶！
李存明牙疼，皱着眉头道：“京城拷掠得到的饷银有五千多万两，曹化淳征收商税，不久之前上缴了七百多万两银子。这才一年光景，怎么又来哭穷了？”
蒋德璟扳着指头道：“官员俸禄、宫中用度暂且不提，主要是士兵饷银、工匠薪酬、制造武器是大头，还有宋应星到佛山冶铁、制造水泥，张国维四处整修河堤，袁继咸和黄得功建造军舰，冬天又接收南下难民、四处赈灾……”
“你就说国库里还有多少钱吧！”
蒋德璟笑道：“其实国库里还有两千多万两银子的，可陛下凡事都精益求精，制造武器、建造军舰等不计成本，又兼之免除了三饷，农民们缴纳赋税不再折算为银子，可以直接上缴粮食，臣担心的是这两千万两银子用完之后，国库里很难储备起大量现银来了。要说粮食嘛，臣倒是不担心了！”
“你直接说朕大手大脚花钱如流水，是个败家老爷们，何必这么委婉。”李存明笑道，众大臣也都笑了。
“臣可不敢这么说，况且陛下都把钱花在了正处。只是国内流通的银子越来越少，请陛下还是早定预备之策。”
李存明冲蒋德璟点点头，看着在场的大臣们道：“不当家不知柴米贵，蒋尚书当着大明朝的家，看待问题要比尔等深刻长远得多。他点出了一个极为严峻的事实，我大明朝确实遭遇到了白银荒，就是通货紧缩！”
白银荒，还好理解。可啥是通货紧缩，臣子们不明所以。
大明朝到了晚期，遇到了许多问题和麻烦，乱成了一锅粥。后世的学者们结合经济学知识研究明末历史时，不约而同指出，明末国内流通的白银量锐减，社会经济、国家财政都受到了很大影响，这也是明朝灭亡的一个原因。
明朝的货币体系很混乱，开国初期发行铜钱和纸钞，纸钞因为信誉问题成了废纸，铜钱则因为私铸现象严重，大幅度贬值。
后来便确定了银本位的货币体系，白银成了流通货币。张居正之所以实施一条鞭法，规定百姓们缴税只能上缴银子，便是为了顺应时代潮流。
可我国并不是产银大国，银矿储量极其稀薄。白银主要由美洲、日本流入国内，偏偏此时的欧洲爆发三十年战争，又爆发郁金香危机，美洲的白银耗费在欧洲，而日本则采取了闭关锁国的政策，流入大明国内的白银便少了。
更要命的是，国人安土重迁，小农思想非常严重。有钱人手里有了银子，往往用来买地置房，打造首饰，很少投入到再生产活动之中去。