毕登辅和汤若望离开武英殿，自去研制并生产后膛装填式燧发枪和蚯蚓粪。毕登辅又去南京城外郊区选了一块荒地，开始搭建玻璃大棚，带领着许多工匠热火朝天干劲十足地忙碌起来。
李存明揉了揉太阳穴，喝了一杯热茶，歪倒在椅子上闭目养神。
片刻后，自言自语道：“百业待兴，千头万绪，还不到歇息的时候！”
随即振作精神，拍拍手吩咐道：“王大伴，宣闫尔梅和巩永固进宫，朕在武英殿等着他们。”
不到半个时辰，闫尔梅和巩永固来了。
李存明赐了座，极为严肃道：“王大伴，你关上殿门，亲自在殿外守着，不许任何人进来打扰。无关人员，不得靠近武英殿半步，更不得偷听朕与二位爱卿的谈话。”
王承恩关上殿门，站在门外把守。
闫尔梅和巩永固意识到皇上有重要的事情交代，坐直了身体，屏气凝神，神情严肃郑重。
李存明道：“朕从成都班师回朝的路上，想了很多，思考了很多。朱慈烺落在鞑子手里，成了俘虏，此事丢了朝廷脸面不说，造成的影响实在恶劣。”
“闫军师，朕来问你，朱慈烺可知晓圣火门的存在？”
闫尔梅道：“请陛下放心，圣火门直接由陛下和臣领导，除了巩指挥使之外，再无其他人知晓了。”
“这就好，这就好！”李存明松了一口气，道，“圣火门门徒潜伏在敌占区，危险重重，绝不能暴露。长平公主三人用计挑拨阿济格和多尔衮兄弟俩的关系时，京城的圣火门门徒出了很大的力气，立了大功。朱慈烺不知道这个秘密，最好不过！”
顿了一顿，眼眸里闪过寒光，狠心道：“不管怎么说，朱慈烺是前太子，他知道的东西太多了，他不能继续活在这个世上了！”
听到这一句话，闫尔梅和巩永固慌忙跪下去，大气也不敢出。
闫尔梅更是诚惶诚恐，道：“臣害了前太子殿下，罪孽深重！”
“闫军师，你又来了，朕可曾怪罪过你？朕再重申一遍，你闫尔梅不仅没有罪过，反而居功至伟！”
李存明亲自走过去搀扶起闫尔梅，道：“范文程和多尔衮至今没有杀害朱慈烺，用心险恶，他们是想羞辱朕，同时从朱慈烺嘴里套出许多朝廷机密。无论如何，朱慈烺作为皇家血脉，是生是死由不得他了。”
“虎毒不食子，可朕为了天下黎民着想，为了半壁江山的安危着想，只能当一个狠毒的父亲。闫军师，给京城里的圣火门门徒传达朕的指令，不惜一切代价了结朱慈烺性命！”
“陛下……”巩永固哭出声来。
李存明惨然一笑，叹道：“国家风雨飘摇，江山破碎零落，别人能牺牲，皇室宗亲又有何不可呢？朕已经不是一个称职的父亲了，更应该当一个称职的皇帝，否则如何面对天下苍生？”
巩永固道：“要了结朱慈烺性命，恐怕只能采取刺杀手段，得仰仗长平公主三人。可长平公主与朱慈烺乃是兄妹，让长平公主参与行动，会不会残忍了一些？”
“那就瞒着她吧，让王义和影子去做就行。”李存明心情沉重，在殿里踱步。
半晌后，突然怒不可遏，骂道：“全是范文程老匹夫造下的罪孽，此人足智多谋，堪称我朝最大的敌人！他抓了朱慈烺，杀了周遇吉，朕便要他的老命！”
“闫军师，一并告诉潜伏在京城里的圣火门门徒，接下来最重大最迫切的任务，就是诛杀范文程。老贼，朕要送他归西，同时斩掉多尔衮的臂膀！”
闫尔梅便当着皇帝的面，亲自写了密信，而后交由巩永固用英语加密之后，递给李存明过目。
李存明看过之后，道：“发出去吧！”
突然泪眼朦胧看向两位臣子，颤声问道：“你们说朕是不是愧为人父，是不是太心狠了？”
“陛下，大明臣民得遇如此圣君，乃是天大的福气，天下人会理解陛下的！”闫尔梅和巩永固磕着头，哽咽道。
李存明默然半晌，道：“但愿皇后最终也能理解朕吧……不说了，你们随朕去通政司，还有更重要的事情等着我们解决呢。”
……
时隔好几个月，李存明终于又来到了通政司。今天，他要在这里宣布一项重大国策。
等所有通政大臣到场了，李存明先是询问各部门运转情况。得到良好的反馈后，笑道：“朕西征历时多月，国事没有颓唐荒废，各部门能够运转通畅，全仰仗诸位爱卿实心办事，朕心甚慰。”
臣子们不敢居功，跪下去磕头。
“起来吧，别动不动就磕头，你们不累吗？”李存明笑了笑，转移了话题，“一个国家要兴盛，一个朝廷要强大，是通过不断总结经验教训，且积极改正错误做法才能达到的，所谓摸着石头过河嘛。”