在朝廷级别，设立帝国长老院，帝国长老院由各地选出来的长老组成，通过民众选举的长老，需通过皇帝的认可和任命，长老院选出帝国首相，首相七年一届，不可以连任两届以上，首相代表帝国实施行政，首相提出的重大政策法令，需要长老院讨论通过予以颁行天下。
此外，大理寺升格为与首相平级的一个独立机构，各地也设立相应的大理寺，专门负责刑诉断案判决，首相和各级官府不得干涉大理寺的判决，大理寺最高大理官也由长老院在有功名的人群中选举出来，实施终身制，可以对皇帝之外的任何人进行审判。
奏章最后还说，这个过程非常漫长艰难，为了避免帝国政局震荡，可以用五十年的时间去完成，五十年以后，待条件成熟时，将实施全民直接投票大选帝国长老院的长老、首相和最高大理官，真正实现“皇帝与士大夫共治天下”。
崇祯忍住怒火看完后扔掉奏章，不顾仪态地从龙椅中跳起来：“荒唐！圣人教导的君君臣臣之道岂不就此扫地，这是要坏我国朝纲常伦理……”
千年以来，可曾有人敢说过如此的朝政改革？
这个奏章几乎是疯子一般的想法，如果真的付诸实施，官场中所有的既得利益将会全部失去，这是彻底大洗牌的局面，可以说是不但将皇帝得罪了，还把所有的仕林中人全得罪光了。
群臣都眼观鼻鼻观心，仿佛如老僧入定般没人敢说话，也没有人愿意说话，唯恐自己一说话，便被推去和旅顺军中那群疯子打交道。
出动大军征伐吧？
大军在哪里来，钱粮在哪里来？
口诛笔伐吧？
旅顺军那群疯子敢这样说，还会怕你的笔杆子？
其实，旅顺军的奏章，还赞扬了崇祯皇帝是华夏有史以来最勤奋的皇帝，还在其中有很大篇幅引经据典地摆事实讲道理，说华夏自秦始皇统一天下以来，每隔两百年左右不是自己内乱就是异族入侵，必然便大动荡一次，大明立国已延续两百七十六年，此时内患外忧，是因为吏治腐败、制度无力监督官员，导致百姓饿殍遍地而起事暴乱，非为皇帝一人勤奋之力可以改变，为了大明皇室、华夏文明永存于世，是到了进行制度变革求存的时候了。
崇祯皇帝当然有也看到了这些篇章，虽然他在朝会上大发雷霆，他却在心里却默默赞同奏章中关于的一些观点，朝会散去后，整个晚上不停念叨着旅顺军奏章中反复提到的一句话：“穷则变，变则通！”
但是，作为大明王朝的最高统治者，他并没有勇气进行这样惊天动地的改革，就算他敢进行改革，上天给他的时间也已不多了。
旅顺军没有得到朝廷对此奏章的回复，在军事上没有任何行动，只是将此奏章抄写印刷了十万份拿到各地读书人中去散发，多数读书人认为这是荒唐的、离经叛道的想法，但也有很多年轻的读书人仿佛在黑暗的现实中看到了曙光，一些人不远千里跋涉到连岛、琼崖、台湾去一探究竟，千方百计挤入旅顺军的团体中去，要实践旅顺军提出的理念。
大明朝廷得知此事，命令各地立即收缴这份奏章销毁，可是，政令连北京都传不出去，很多人原本不知道这个奏章，反而因为销毁这个奏章的命令知道了这个奏章的存在，从反面为其作了一个广告。
趁此机会，旅顺军又上了一道奏章。
这一道奏章词语更是犀利，不再留一点面子给崇祯皇帝，指出如果不立即进行改革，大明的民众将会抛弃大明王朝，大明即将灭亡，异族将乘虚而入，届时不但是大明灭亡， 而是“亡天下”，所有的华夏子民将为此付出沉重的代价，异族将强迫所有人“剃发留辫、易服改装”，几千年来华夏的优雅衣冠将不复存在。
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