再次出仕，已经是天启元年，他也已经四十四岁了，二十四岁中进士，结果硬是蹉跎了二十年。
起为礼部仪制司添注主事，一个闲职小官，但他初四进京，十六日履职，二十五日就上疏弹劾魏忠贤。
要不是大学士叶向高等力救，直接就要被魏忠贤六十廷杖打死。
但刘宗周就是这么一个迂腐的人，之后仍然继续迂腐，仍然不断发表着一些迂腐的言论。
之后天启崇祯的动荡中，他被授过通政司右通政，结果不仅辞职还要弹劾魏忠贤，最后落得个革职为民的下场。
等崇祯元年第四次出仕，授为顺天府尹，朝见皇帝时，还未履职，这书呆子就给皇帝上疏，直接劝皇帝不要急功近利，要用尧舜的仁义之道治国，甚至直接指责皇帝的一些作为。
好在当时崇祯虽年轻，但对天下有名的大儒刘宗周还是比较尊重的。
刘宗周做顺天府尹，可此时风雨飘摇，他一介腐儒虽忧国忧民，但也无济于事。
后来这书呆子还是得罪了温体仁周延儒这两奸臣，他们可容不得这种腐儒的指责，不断在皇帝面前说刘宗周迂阔，就是个书呆子。
皇帝也渐渐不耐烦刘周宗的嘴炮，刘宗周这顺天府尹也干不下去，只好天天写辞呈，崇祯三年被批准，继续回老家讲学。
因为在回家路上还给皇帝写奏章，指斥朝政，因此被下旨革职为民。
这一次，他在家又呆了五年多，崇祯十四年，皇帝才想起有个刘大儒，特旨让他起用为吏部左侍郎。
他多次力辞，最后没办法第二年入京，到京后改授都察院左都御史。
他一上任，就上疏，说民少而贼多，官增设而愈坏事，今缓一份催科，便减一份盗贼，省得一人差遣，便息一方骚扰。
结果没多久，皇帝召大臣中左门问政，刘宗周又因为指责皇帝让锦衣司将言官下诏狱，有伤国体，结果再惹怒崇祯，下令将他革职，还让刑部拟罪，最后在其它大臣劝说下，才划掉刑部拟罪四字，这次仅当了两个月左都御史，又革职回家。
回家路上不太平，走走停停，到家已经是崇祯十六年六月了，次年三年李自成攻入北京，崇祯自缢，五月，刘宗周才得知讯息，立马要求浙江巡抚出兵北伐，还给高杰、黄得功、左良玉等写信，要求会师讨贼，甚至还招募义勇。
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