后金改国号为清后，进一步对土默特打压，废俄木布为庶人，将土默特十二部编为左右翼两旗，设立都统副都统、参领、佐领等官直接统辖。
曾经强大的土默特由此沦尺地一民不能私为我有的满清内属旗，清廷废去其王爵，委任非贵族出身的古禄格、杭高为都统，仍不放心，对土默特一步步打压。
先是缩小土默特两翼辖境，不承认他们是带地投诚，把土默特的牧地陆续分割，安插别部蒙古，如在土默特西境、西北境安设乌拉特三公旗，安插四子部落王旗、达尔汉贝勒旗、茂明安旗等。
土默特部的辖场被缩小，迁来各部挤占，画地为牢。
又派兵驻防，在呼和浩特派有重兵，设归化城将军驻守。
土默特在满清中原失败后，两位非土默特王公出身的都统古禄格和杭高，也是死心踏地的带着不少土默特人随驻防清军北撤。
居住在河套一带的又叫归化城土默特，而土默特还有一支因为降清较早，所以待遇稍好点，称为东土默特或喜峰口土默特。
当年俺答汗与明达成封贡协议，其子辛爱黄台吉不满足父亲的决定，在嘉靖中带领自己的部众在宣府边外、独石、蓟州一带游牧，并建立各营，其中一营叫兀爱营，所在地满套儿（河北丰宁）。
后来俺答汗病故，辛爱黄台吉从满套儿回归化城继承顺义王位，东部兀爱营由其子噶尔图统领。
万历四十三年，噶尔图死后，其子鄂木布楚琥儿继位，到此时兀爱营已经成为土默特别部，林丹汗西迁，鄂木布楚琥儿也联合他部参加了抵抗，但战败赵城，据守兀爱营的东部土默特于是震骇东奔。
同东土默特联合抵抗察哈尔的哈喇慎大营残部也投到了朵颜卫旧地，东土默特只能被迫继续往更东迁移，并在后来投奔了后金，归附皇太极，建立土默特两翼旗。
鄂木布楚琥儿部建土默特右翼旗，游牧于辽西朝阳地区，而与鄂木楚琥儿一同东迁的蒙古勒津部被黄台吉建为土默特左翼旗，居于阜新一带。
曾经的土默特别部，反而成了札萨克旗，而归化城土默特本部，却被分割肢解，成了内属蒙古，甚至本来不是土默特的勒津部却也成了土默特左翼。
从满清鞑皇帝对蒙古各部的手段，就可以看出，其实一有机会，不管是林丹汗，还是黄台吉，都是想要削弱甚至吞并蒙古各部的。
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