招降刘承胤、黄朝宣、董英等部后，清军继续发起猛攻，很快占领了湖南大部分地区。
东线战场上，郝摇旗、王进才、曹志建和卢鼎等部在衡阳、耒阳等地五战五败，衡州府和郴州府相继失守，残部四散奔逃，退到湘桂、湘粤边境一带才稳住阵脚，何腾蛟手下十几万大军至此折损过半，部队也被打散了，佟养和却偏偏盯着他不放，带着一支精兵穷追不舍，何腾蛟带着数百残兵逃到广西全州，才摆脱了清军的追兵。
西线战场上，明清两军围绕着沅江和资江两条大河展开争夺，沅江纵贯辰州府，资江纵贯宝庆府，清军仗着水师优势，顺着这两条补给线向前节节推进，明军则层层设防，在泸溪、辰溪、怀化等地阻击清军，孔有德进展不利，不断从东线调来部队增援，用大炮一层层砸开明军的阵地，终于在四月中旬占领了宝庆府的府城邵阳，基本控制了湘西南地区。
面对气势汹汹的孔有德，忠贞营和楚军并没有硬拼，而是在杀伤清军有生力量的同时，小心保存自己的实力，邵阳和怀化失守后，忠贞营的部队分散后撤，一部分退入湘黔边境的山区，一部分向南退到湘桂边境。
楚军边打边退，和忠贞营交替掩护，一边后撤一边集结，在邵阳失守之前，把最后一班岗的交给李过，在他们的掩护下突然转头向东，跨过资江进入永州府。会同郝摇旗、卢鼎所部发起反攻，把孤军深入的佟养和包围在永州府的府城零陵。
经过十余天的苦战，明军终于破城。此战一举消灭了三千多名清军，其中包括四百多名八旗兵，六百多名天佑兵，一千多名乌真超哈兵，还抓住了满清刚刚任命的广西巡抚李懋祖，只有佟养和孤身逃走。
勒克德浑为此勃然大怒，亲自跑到邵阳质问孔有德。湖广清军三分之二的主力都在西线，楚军应该被压得透不过气才对，怎么会突然跳到东线。一击黑拳打得自己两眼冒金星？
孔有德却有苦说不出。
西线战事虽然表面上节节取胜，但楚军和忠贞营一直回避决战，而是利用地利消耗清军的实力，一攻一守。双方的战损比始终维持在三比一左右。他不但伤亡了近万士兵，还消耗了大量的物资补给，楚军和忠贞营却元气未伤，随时可能发起反击。
两军交战，胜败乃是兵家常事，他一直在警惕明军的反击，甚至做好了打一个败仗的准备，但没想到的是。汪克凡竟然这么狡猾，没有在西线发起反攻。而是跳到东线，在勒克德浑的背后下黑手！
孔有德身为全军统帅，无论如何都对零陵之败负有责任，况且勒克德浑身份贵重，既然找上门来问罪，孔有德就不能随便找个理由搪塞，只能忍住气承认是自己的失误，并且答应了勒克德浑提出的要求，向东线抽调主力部队，消灭楚军，夺回零陵，以报一箭之仇。
忠贞营已经退进山区，困也把他们困死了，孔有德在勒克德浑的要求下，把进攻的重点转到了东线，数万大军直扑零陵……
陈友龙带着镇筸兵进入永顺宣慰司，招降土司彭泓澍后，翻过大山深入贵州，突袭黎平府，抓到了何腾蛟的继母孙氏，老婆徐氏等一百多口。
听说抓到了何腾蛟的家人，孔有德如获至宝，马上写了一封亲笔信，动之以情，晓之以理，奉汝母如吾之母，待汝妻如兄之妻等等，然后派人到广西全州招降何腾蛟。
何腾蛟没有回信，只给孔有德带了一句话，自己肯定不会投降，妻子老小如何处置，你就看着办吧……使者走后，极度伤心的何腾蛟大病了一场，形销骨立，性情更加暴躁偏执，手下人经常听他喃喃念叨陈友龙的名字，咬牙切齿，声音中充满了仇恨……
永州大捷后不久，隆武帝从广州起行，移跸桂林。
湖广战局节节败退，清军兵锋直至广西，出于安全考虑，朝廷里有相当一部分官员反对移跸桂林，和赞同派发生了激烈的争执，但在隆武帝和楚勋集团的坚持下，移跸桂林的工作一直在向前推进。
桂林虽然离前线太近，却是“西省上游，形胜嵯峨”，城郭坚固，守兵众多，隆武帝去了那里不但可以激励士气，也可以把桂林打造成抗清的坚固堡垒，再图谋收复湖广。毕竟大明朝有天子守国门的传统，湖广会战的影响已经超出了本省，如果被清军攻入广西，偏安广东也坚持不了多长时间。
随着天使一趟趟到桂林宣旨，桂王朱由榔去了柳州，广西巡抚瞿式耜也加封建极殿大学士，只等朝廷迁到桂林后就加入内阁，广西军阀陈邦傅和焦琏也封侯赐爵，做好了移驾的各项准备。
隆武朝野上下，何吾驺、苏观生、陈子壮等“南党”势力最反对移跸桂林，他们都是广东籍官员，希望隆武帝一直留在广州，如果隆武帝去了广西，朝廷的政治重心就将向西偏移，不符合他们的利益……但随着永州大捷的消息传来，他们再没了反对的理由，只好跟着隆武帝动身前往桂林。
北控湖广江西，西联云贵四川，东接广东福建，隆武帝移驾桂林后，逐步把各自为政的几个省捏合到一起，统一调配各种资源，南明就此走上正轨，渐渐有了一个国家的样子。