南京收复后，镇江的数千清军已经成了瓮中之鳖。
为了减少伤亡，楚军暂时对镇江围而不打，而是用各种方式开展攻心战，每天派俘虏喊话，展示各种缴获，用弓箭向城内射书，在城外的空地上立起免死旗，对绿营士兵进行策反。
得知南京已被明军占领，谭泰的主力也跑了，镇江城里的清军士气尽丧，绿营各部军心动荡，晚上不时有三五成群的绿营兵缒城而出，向楚军投降。八旗兵主将为了防止绿营兵整体哗变，只好打散他们的编制，和八旗兵混在一起守城，以便直接监视，但这样一来部队的战斗力更是直线下降。
围城的楚军不紧不慢地打造攻城器械，又挖出里外两条巨大的壕沟，配上胸墙堡寨等防御工事，把镇江围得水泄不通。郑家水师调来几艘拥有二十四磅主炮的巨舰，从长江上轰击镇江北侧的城墙，清军也用大炮还击，双方的炮战来来回回持续不断。
这个年代都是木头战船，挨上一颗炮弹就是重伤，郑家水师的战船不敢过于接近城墙，好在他们的大炮射程足够远，躲得远远的开炮大概也有三成左右的命中率，清军的炮弹却很难打中他们，在这场炮战中首先立于不败之地……但是凡事有利必有弊，由于郑家水师的战舰离得太远，对城墙的破坏程度相对有限，二十四磅炮重达数千斤，郑家水师最大的战船上也只在船头装一门这样的主炮。总体数量太少，不可能一下子轰塌镇江城墙。
郑成功也不着急。就用这几门二十四磅炮慢慢打，由于镇江早晚可下。打出去的炮弹大部分可以回收，郑家水师就土豪了一把，每天从早到晚炮击不停，清军的炮弹却多半落到长江中，连着对射几天后渐渐顶不住消耗，为了节省弹药轻易不再开炮……郑家水师掌握了主动权，炮击的准确度明显提高，在似慢实快的持续炮击下，镇江北侧临江的城墙被打得破破烂烂。千疮百孔，城门也中了两颗炮弹，从破洞中可以看到里面的瓮城。清军没有别的办法，只能不停的进行修缮，在城墙破损严重的地方打补丁，咬着牙苦苦坚持。
这样的战斗枯燥而单调，城内的清军一直承受着巨大的压力，楚军和郑家水师却从容自如，并不急于发起总攻。镇江现在就像一个已经熟透的果子。随时可能掉下来，犯不着让战船和士兵冒险。
……
在楚军高级将领中，关于军制改革的讨论渐渐趋于结束，一部分人虽然有这样那样的意见。但在大势所趋之下，也对汪克凡提出的方案表示坚决拥护。
这次军制改革的难点，关键在于打破兵为将有的封建军阀模式。肯定会触动一部分人的利益，所以汪克凡非常谨慎。从湖广会战结束后就开始布局，前后用了一年时间进行准备。打赢宁镇会战后，他的威信达到一个前所未有的高峰，楚军内部的凝聚力也正是最强的时候，正是动刀子做手术的最佳时机。
改变兵为将有的模式，可以防止楚军内部军阀化，加强汪克凡对这支军队的控制能力，最直接的象征就是实现中高级军官的对调，由汪克凡完全控制中高级军官的任免权，老八营可以由闯营将领担任主将，闯营也可以有老八营的军官，这支军队只属于汪克凡和整个楚勋集团，没有哪个将领可以长期把持一支部队……当然了，这是一个循序渐进的过程，一下子来个乾坤大挪移会引发混乱，汪克凡这次基本上没有动各部的主将，只打算调整一部分副职和中级将领，并对闯营再次进行改编，使他们完全融入楚军。
在楚军内部，闯营相对较为独立，和老八营之间泾渭分明，一年前才刚刚加入楚军，身上还有以前大顺军的影子，必须进行改编。汪克凡那个时候刚刚掌握湖广一省，楚军老八营也只有四五万人马，收编闯营其实有点蛇吞象的感觉，一下子消化不了，有两三万闯营将士一直由李过自己养着，另外拖家带口的还有几万家属需要安置，汪克凡拿下江南三省之后，这些问题就可以迎刃而解。
除此之外，参谋、后勤、军法、情报等部门都要做出调整和加强，根据楚军发展的需要，还要设立一些新的单位，增加大量的文职军官，建立内部流畅的流程，把楚军逐步改造成一部高效运转的战争机器。这里面的工作更多，不可能一蹴而就，汪克凡只能先把大致的架子搭起来，然后再一点点充实内容。
收复南京后的第七天，楚军内部发出一份重量级的总结报告，对东征以来出现的各种问题进行整理，并提出点名批评。这份报告出自参谋部和李云聪等人的手笔，最后却是用汪克凡的名义发出来的，分量很重。
紧接着，汪克凡以邓斌案为突破口，雷厉风行的开始整肃军纪，范围覆盖东征明军各部，金声桓、郑成功、傅鼎铨和陈邦傅、焦琏这样的武将都没有放过，对楚军内部也毫不手软，凡是违犯军纪的都从严处置，全军通报。
一打一大片！
邓斌是万元吉的心腹爱将，汪克凡拿他开刀，第一次动用了隆武帝授予他的尚方宝剑，将邓斌斩首示众。消息传开，普通百姓无不摆手称快，却有很多士绅官员在看万元吉的笑话，作为堂堂的闽赣总督，手下却闹出这么大的丑闻，脸都被汪克凡打肿了，还有可能因为受到牵连，变成第二个杨廷麟……万元吉听说此事之后，却大大的松了一口气，汪克凡既然斩了邓斌，杀良冒功的案子就死无对证，对他这个闽赣总督的威胁自然消失。很明显，这也是汪克凡准备妥协的象征。如果真的和隆武帝撕破脸对他也没好处，不如见好就收。
郑成功、金声桓的军队也在整顿范围之内。万元吉并不感到意外。
在这次瓜分胜利果实的斗争中，武勋集团联合起来取得了胜利，但是他们内部也存在一个如何分赃的问题，因为分赃不均，一个阵营的同伴转眼就变成了生死仇敌，这种事情屡见不鲜，实在太多了……汪克凡费尽力气，从隆武帝这里拿到了他想到的东西，当然不愿再分给别人一大块。整肃军纪。只是在敲打郑成功和金声桓。
金声桓因为这件事，也憋了一肚子的气。