他们主张“知辅行主”，意为做人不能大谈空论，要有自身想法和实际行动。
二、提倡求真务实、实学实用。
尽管东林书院和我国古代其他书院一样，讲学和学术研究的主要内容也是儒家经史著述，但其不论在内容上、形式上和方法上都针对性、实用性较强，强调从实际出发，注重讲实学，办实事，有实用，求实益。
这一点在东林书院的组织管理、规章制度、讲学和学术研究的内容、方法，以及关于东林讲学活动情况和顾宪成、高攀龙等东林领袖生平言行的记载中，都有比较清楚的反映。
诸如：《东林书院会约仪式》第一条强调，会讲属业余自愿性质，所以参加会讲的通知不必要求每个人都来参加。
第三条规定，举行会讲时，主持会讲的会主由大小会公推产生，根据实际需要，由不同学者担任；第四条规定，每次会讲推举一人讲《大学》、《论语》、《中庸》、《孟子》即“四书”中的一段内容，然后大家“有问则问，有商量则商量”。
第十一条强调要尽量简化来与会的学人之间的交拜手续，不搞繁琐的礼节和形式主义。
政治主张
开放言路，反对宦官干政，反对矿税，是东林党的三项具体主张。
明朝中期以后，江南地区的商品经济和工场手工业更加发展。
在一些工商业发达的城市，商人、作坊主、手工匠以及其他城市平民，开始形成为一支新的社会力量，给当时的社会矛盾和斗争带来了新的影响。
东林党就有不少人是中小地主兼营工商的。
他们有的人突破了传统的农为国本的经济思想，提出了工商皆本的新观点。
如赵南星说：“士农工商，生人之本业。”
李应升反对关卡重重、商税繁多，要求执政者“爱商恤民，上不妨工而下利于途（指贩运）”。
可是从1596年（万历二十四年）起，神宗派宦官到各地采矿和征税。
神宗一开始派出矿监、税使，东林党人就表示反对。
山西巡抚魏允贞在1597年（万历二十五年）上疏指出：宦官出领矿、税，为民祸害。
魏允贞因此受到神宗的切责。
1599年（万历二十七年），大学士叶向高上疏要求罢撤矿监、税使。
同年，吏部侍郎冯琦上奏说：这些矿监、税使不但使贫者断绝生计，富人也蒙受其害，这样下去，势必激起大乱。
李三才反对矿监、税使的言行，在当时影响最大。
他于1599年（万历二十七年）就任凤阳巡抚。
在凤阳巡抚管辖的地区内，有好几个矿监、税使，残害百姓。
李三才在1600年（万历二十八年）五月上疏万历帝，揭露万历帝派遣税使、矿监这一弊政的要害。
李三才任职凤阳巡抚期间，曾经严惩太监陈增的爪牙，罪大的则加以捕杀，打击了陈增的气焰。