正月十九日开衙，文祥、许乃钊、阎敬铭、赵光几个人进到养心殿，等皇上的暖轿到了，鱼贯入殿，在拜垫上拜倒，行了君臣大礼，“臣等，参见皇上，吾皇万岁万岁万万岁！”
皇帝轻‘唔’了一声，却没有容众人起身，“上一年八月间，朕为中俄两国战事，北上领兵，京中国政大事，交由皇后代朕亲决。朕本来想，上有皇后，以天下之母会办国事，下有军机处列位臣工，都是朕多年心腹，即使偶有不谐，于大关节处，总也不至有失。谁知回京之后，细细翻查往来奏稿，居然出了大纰漏！”
文祥不知道怎么回事，听皇帝语气不善，又说什么‘有大纰漏’，这句话是何指？“奴才领班军机，朝中出了大纰漏，奴才第一个难辞其咎，奴才敢请皇上天语训诲，奴才请罪之外，日后也好谨凛办差。”
“你想知道是怎么回事？”皇帝抓起御案上的一本厚厚的奏稿，向下一丢，“自己去看！”
文祥跪行几步，拿起奏稿，一目十行的翻看了几页，很快找到了为皇帝用朱笔批红的段落，“自我大清肇祖以降，三百余年，历朝先祖多以消弭畛域，使天下臣民如出一家而殚精竭虑……。思及朕躬，自登基以来，虽从不以言论罪人，但近日惊闻，大学文法精荟之地，宣扬此等悖逆之言？朕实不知该员何等肺肠？”
再看看墨笔记录的文字，文祥脑筋一转，已经知道了缘故，眼见一场文字大狱就在眼前，文祥双手微微颤抖着，将文稿递给许乃钊几个人传阅，自己则面无人色的伏下头去，“皇上……”
“容闳终究是海外负笈归来，言语文字中有所舛误，还算情有可原。许乃钊！”皇帝厉声喝道，“你身为翰林院掌院学士，学识通达，入仕有年，你说，你这等大逆之行，朕该当如何处置？”
“皇上……”许乃钊满头是汗，“袁大人……袁大人一时疏忽……”
“呸！你说得轻巧。”皇帝恶狠狠的迎头啐了他一口，“一时疏忽？朕却以为，尔等是看朕登基以来，多行宽仁，便以为朕是可欺之主，是不是？照这样说来的话，朕便是心中总想仁慈，也不可得了呢！”
听着皇帝口口声声都是诛心之言，文祥、许乃钊几个碰头不止，皇帝余怒未息，“还有那什么钟骏声、林鹏年、欧阳保极等人，也算是朕亲手选拔的天子门生，面对如此丧心病狂语句，丝毫不肯心念朕躬，心念朝廷，出面举发，反而为师弟情谊，以为尚高过，尊于朝廷煌煌法典？军机处传旨，北京大学堂教义奏稿，言语荒诞，着军机处会同内阁，将所有大学堂教义立刻封存，所有参与其文编撰的一干犯员尽数严密讯鞫，命北京大学堂教习，前任吏部尚书陈孚恩帮办此事，务必得其确情，按律问拟，毋得稍有漏网！”
皇帝说一句，文祥几个心惊三分，眼见得又是一场不知道多少人人头落地的大案就在眼前，却连一句劝慰的话也说不出来。还有许乃钊，本身虽不是亲身参与文材的编辑和选定，但是以军机大臣任总裁官，也是分外逃不脱关系的，他把头上的暖帽取下，呜咽有声的伏地碰头，“臣以总裁官，专负其责，文材选定，出了这样大的罪过，臣第一个要请辞差事，请皇上俯准。”
皇帝并不是真的想要掀起一场文字大狱，但事到如今，不好收篷，他瞪着许乃钊，言语恶毒的说道，“你自然也跑不了！”他说，“不过，念在你心中总算还有朕躬，上一年的时候，还能不顾辛劳，北上侍奉……，你暂时不必到……”皇帝有心将他贬出军机处，但随即又觉得这样的处置实在过苛，与自己本意不符，再出口的话也变成了，“朕降你两级，位在阎敬铭之后，你可心服？”
皇帝的话虽只说了一半，但众人也都听出来了，心中暗自为许乃钊庆幸：这一次他所犯的罪责比之肃顺奏对不利，可谓严重得多，却没有如肃顺那样直接逐出军机处，还算是天恩浩荡呢！
但事情的进展，很快失去了控制，刑部派人到袁甲三、钟骏声、林鹏年、欧阳保极等人在京中的寓所大行翻找之能是，很快找出了一些往来书信、公牍，陈孚恩带人认真检点，很快的，一本厚厚的奏稿，再度呈上皇帝的案头，使这件事徒然升级。
在这份由陈孚恩主笔的奏稿中写到，袁甲三于朝廷所差，多有怨怼，以下多有例证：袁甲三对先皇朝政‘立心造谤，肆行怨诽’，多有不敬言辞。理由是，馆选以渐而增，所以广教育也，而犯员以此为‘清华之厄运’；散馆间有所斥革，所以昭激劝也，而其人以此为‘庶常为畏途’；廷试之后亲定馆选，乃郑重其事也，而袁甲三以此为‘随意钦点’；国书不工，复考汉书，欲节取其长也，而袁甲三以此为‘分外苛求’；体恤庶常，则令关差，盐差给予帮俸，而袁甲三以为‘衙门清苦，无所不为’；疏通翰林，则科道部属分别擢用，而袁犯以为‘衙门拥挤，不得开坊’；编、检中可任台垣者，俾与考选，而其人以为‘耻莫大焉’；议注先皇万寿之日，是日丽日和风，亿万臣民欢呼踊跃，而袁甲三必捏记‘是日大风’；记先皇生遐大事，极其悖妄，遂又自记，‘哮喘大发’，亵漫不伦，不敬莫大。
除了对先皇不敬之外，对新君的态度，也是‘悖妄不敬，怨讪诅咒’。理由是，咸丰元年元旦，龙飞首纪，景运方新，是日云灿日华，海内称庆，而袁甲三捏记‘大风’；咸丰元年以来，五行顺序，七政呈祥，我皇上亲诣坛庙，及凡吉礼之期，必风和日丽，倍于常时，而犯员每必记其‘大风、大雾、大雨、大雹’；记内殿觐见，乃敢谓‘寂无一人’；记侯迎圣驾，乃自称‘是日用膳’；缮写上谕，即私志以为‘已作’；钦封谕旨，敢私记以为‘难行’；殿试科举，因严寒之时，圣恩体恤，先行赐食，待暄暖而后行事，乃记‘皇上午刻始至’；万寿圣节，妄记‘督、抚、提、镇进献甚多’，捏无为有，捏少为多。
在大学士、九卿等审结此案的报告中说，“以上各款，恶迹如山，罪难悉述。甲三身为本朝臣子，而事事敢于讥讪，深受君父之厚恩，而念念期于诋诅，处心积虑，大逆不道，实为臣民所共愤，天地所不容。擢发难数，万死奚辞。”
奏报到了御前，皇帝仍是存着几分宽恕之念，他知道，这些供词十成中的九成都是断章取义，捕风捉影而来，如其中一段，是认为袁甲三在任职两江学政的时候，所出的乡试考题，非所适宜的罪行。
清代的乡试，要考三场，第一场考四书（三题）和五经（每一经各四题，士子各占一经）；第二场考论（一道）、判（五道）、表（一道）；第三场考经史时务策（五道）。在当年袁甲三所出的考题中，九卿认为有问题的是下面几道题。
其一是四书首题，‘君子不以言举人，不以言废人’，陈孚恩等人认为，夫尧舜之世，敷奏以言，取人之道，即不外乎此也、况现在以制科取士，非以言举人乎？袁甲三以此命题，显与国家取士之道大相悖谬。
其二，四书三题，‘山径之蹊间，介然用之而为路，为间不用则茅塞之矣’。审案的官员认为，出这样的题目，‘更不知其何所指、何所为也’。
其三，三场策论题内有‘君犹腹心、臣犹股肱’之语。众人认为，‘夫古人谓君犹元首，而股肱、腹心皆指臣下而言，今策问内不称元首，是不知有君上之尊矣！’