之后诸葛亮吩咐廖化偷偷混入了张郃的军营之中，在马料和军士的饮水之中下了毒，致使张郃军中很快就出现了数十人呕吐不止、体力严重下降的瘟疫状况，除此之外战马也一批一批的倒了下去。更加糟糕的是这种负面影响还在不断的扩大。
张郃见情况难以遏制，军中的医官根本也束手无策，只好将情况再度上报给曹操。
一听到驻扎在赤壁的军队中出现了瘟疫的情况，司马懿便已经料到了是诸葛亮所为，起初他对这种做法心中并不赞成，但是一想到这么做是阻止曹操顺利鲸吞江东乃至天下的步伐，他也只好将个人的念头暂时搁置，因为他此刻的心中除了帮助刘协之外，容不下其他了。
问询后曹操多番派出了医官前去军中医治，但是却始终没有任何的效果。
这时身旁的人对曹操说南阳名医张仲景与华佗其名，此人正任长沙太守一职，可以请他来医治张郃军中的瘟疫。然而当曹操派人前往长沙郡到处寻访时，发现张仲景早已辞去了官职，云游在外不知踪迹，太守一职已经委任韩玄代理。
这可愁坏了曹操，无奈之下他想到了远在谯县的华佗，于是他赶紧派人去请华佗前来。
使者回来之后说华佗声称自己的妻子身染重病，自己要陪伴其旁难以前来效命。
“这个华佗！”曹操一气之下将手中的竹简重重地摔在了地上：
“都这么长的时间了，居然还以这样的理由来搪塞我，难道他真的当我是傻子吗？”
感同身受的司马懿知道华佗的难处，为了施以援手他走上前将曹操掷于地面的竹简捡了起来，恭恭敬敬的递了上去：
“丞相，现在还不能断定华佗先生是否真的期满与您，不如再给他一段时间吧。”
“再给他一段时间？恐怕我的士卒早就已经病死了！”
曹操虽然受司马懿话语的影响暂时决定不处置华佗，然而他对华佗的疑心并没有解除。为了试探虚实他派遣人前往谯县秘密打探华佗家中的情况，如果华佗的妻子真的病入膏肓的话，就赏赐他小豆四千升并宽限他来军中效力的时间，如果发现情况有假的话的就立刻将华佗擒拿并押入大牢等候自己的处置。
自从上次曹操派人来请华佗却没有如愿后，羊衜已经猜出了曹操下一步可能会对华佗不利，于是他劝自己的师父一定要小心为上，毕竟华佗的妻子并没有生病，所以还是及早去荆州为曹操效力，以免将来惹祸上身。
华佗知道羊衜是一番好意，不过他还是坚持不去：
“曹操为人虽然有雄才大略，然而此人弑杀有违天道，从徐州到官渡再到柳城，直到当阳的长坂，他曹操所到之处我都仿佛听到了百姓的哀嚎声，我如果去为他的虎狼之师去医治瘟疫，那不就等于成了祝他残害生灵的帮凶吗？”
对于这个铁一般的事实羊衜自然是心知肚明，可是医者父母心，他认为曹军的士兵同样的是人，不能因为曹操的缘故就对他们置之不理。再加上曹操为人猜忌心非常重，如果华佗此次不去效命的真是原因被曹操知道的话，恐怕后果也是可以预见的。
“当他们拿起武器杀害平民的时候，就已经不能算是人了，我知道这件事瞒不了多久，也从没有想过自己会安然脱身。”华佗早已经抱着必死的决心，只是他担心自己的精湛医术没有人能够继承下去，所以他将麻沸散和五禽戏的相应手记都交给了羊衜，并嘱咐说：
“我料想曹操不久便会派人来拿我，为了免遭牵连你赶紧带着发儿离开这里，如果遇到蔡珏的话，你告诉她无论将来发生什么都不要来救我，这已经是我唯一的归宿了。”
不久之后，华佗以谎言拒绝从仕的消息还是不胫而走，曹操大怒，下令留守许都的荀彧派人用囚车将华佗押进大牢。起初曹操只是想稍加惩戒一下华佗，最终的目的还是想要逼迫他乖乖来的阵前为自己效力，不过华佗被捕入狱后拒绝了荀彧多番好意相劝，将曹操仅剩的一点耐心磨得一干二净，也最终让曹操下定了要诛杀他的决心。
跟在曹操身边多年的荀彧深知曹操的秉性，他赶紧亲自写书信派人飞马星夜传至曹操处，恳求曹操看在华佗医术高明、世间罕有的份上，放华佗一条生路。
但是曹操态度坚决，他对荀彧派来的信使怒声斥责道：
“天下行医者众多，难道就找不出第二个华佗吗！”
华佗在入狱的这段时间内亲笔写下了《百毒秘录》，也就是之前交给羊衜的手记之中关于解毒之法的杂文全部统一起来写了进去，在临刑之前他想要将这卷书交给狱卒，恳请他们转交给羊衜，但是狱卒害怕自己这样做可能会触怒曹操，所以拒绝转交。
无奈之下华佗叹了口气：“哎...看来只好让羊衜他自己慢慢学习整理了...”
不久曹操下令在狱中将华佗处死，《百毒秘录》也不知所踪，不过在司马懿和程昱的力劝之下，曹操没有将华佗的罪名波及到他的家人，因此羊衜父子和华佗的家眷都幸免于难。
虽然曹操一怒之下杀了不听从自己征召的华佗，却也不得不面对瘟疫无法遏制的现实。
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