宁锦大捷，赵率教在锦州、满桂在宁远，英勇作战，立有大功。袁崇焕在报功的奏章中，力称功劳最大的是满桂，可见其大公无私，光明磊落。
袁崇焕满心欢喜，抓紧修复被皇太极部下破坏的城池，调运粮草、火药、炮弹，积极准备再战，皇太极惨败之下，也偃旗息鼓，退回沈阳修生养息。
不想，这时北京城中发生了一件怪事！
五月初六日巳时，在北京王恭厂一带发生了一次奇怪的巨大灾变，造成巨大的人员伤亡！一声巨响，狂风骤起，天昏地暗，人畜，树木，砖石等被卷入空中，又随风落下，数万间房屋尽为齑粉，死伤两万余人，让人心惊胆颤，触目惊心。灾后，男女尽皆裸体，衣物首饰器皿全都飘到西山上去了。紫禁城外正在修缮围墙的三千工匠尽皆跌下脚手架，摔成肉袋，正在用早膳的天启皇帝躲在龙书案下才幸免于难。奇怪的是爆炸中心却"不焚寸木，无焚烧之迹"，用火药库爆炸或地震引起灾变，都难以解答。一时间，众说纷纭，天怒人怨，朱由校不得不下罪己诏，大赦天下。
灾变频仍，天启六年夏天，京师爆发大水，江北、山东出现了旱灾和蝗灾。当年秋天，江北又发大水，河南出现蝗灾。大江南北，民不聊生；朝廷内外，危机四伏。
天启七年八月，天启帝朱由校在客氏、魏忠贤等人的陪同下，到西苑游船戏耍，在桥北浅水处大船上饮酒。喝得兴起，又与王体乾、魏忠贤及两名亲信小太监去深水处泛小舟荡漾，却被一阵狂风刮翻了小船，不小心跌入水中，差点被淹死。虽被人救起，经过这次惊吓，却落下了病根，多方医治无效，身体每况愈下。后来尚书霍维华就进献了一种名为“灵露饮”的“仙药”，因其味道清甜可口，朱由校便天天饮用，以致得了肿胀病，逐渐浑身水肿，最终卧床不起。
八月十二日，朱由校在乾清宫召见内阁大臣、科道诸臣，下诏说魏忠贤、王体乾对皇帝忠心耿耿可以用来商议国家大事。并且封魏忠贤的侄子魏良栋为东安侯。朱由校预感到自己来日不多，便召五弟信王朱由检入卧室，说：“来，吾弟当为尧舜。”命他继位。
八月二十二日，朱由校驾崩于乾清宫。信王朱由检随即于八月二十四日登基，年号崇祯。尊谥天启帝“达天阐道敦孝笃友章文襄武靖穆庄勤悊皇帝”，庙号熹宗，葬于十三陵之德陵。
十七岁的崇祯即位，雄心勃勃，立志图强，很快就干了几件大事！
崇祯帝即位后，勤于政务，同时大力清除阉党。他抓准时机铲除了魏忠贤的羽翼，使魏忠贤处于孤立无援的境地。
当时魏忠贤权倾朝野，气焰熏天，号称“九千岁”，且熹宗临终时遗言，不能杀魏忠贤！
崇祯皇帝深知尾大不掉的道理，没听熹宗的临终遗言，他首先麻痹魏忠贤及其党羽，在魏忠贤试探性的递交辞呈之时，崇祯皇帝果断的回绝了，并夸赞魏忠贤对朝廷贡献巨大，哥哥天启皇帝叮嘱他要信任魏公，这是让魏忠贤万万没想到的！魏忠贤这种官场混了一辈子的人都误以为崇祯皇帝真的会像天启皇帝一样宠信于他，于是就此打消了对崇祯图谋不轨的念头！
在麻痹魏忠贤之后，崇祯抓住时机，果断出手，先后铲除了魏忠贤最重要的羽翼客印月、兵部尚书崔呈秀，夺回兵权，使魏忠贤处于孤立无援的境地。此事一经发酵，本来就对阉党集团憎恨已久的大臣们就纷纷弹劾阉党，崇祯于是看准时机，借着嘉兴贡生叫钱嘉征的，弹劾魏忠贤十大罪状之时，一纸诏书免去了魏忠贤司礼监和东厂的职务，让他去凤阳守祖陵了！
这是一个试探性的决定，并没有引起很大的骚乱，于是崇祯皇帝命锦衣卫擒拿魏忠贤治罪，魏忠贤行至途中接到密报，当夜他就听到门外有人唱到：“随行的是寒月影，呛喝的是马声嘶。似这般荒凉也，真个不如死”！
天启七年十一月初五，魏忠贤畏罪自缢而死，崇祯帝下令磔其尸于河间。
此后，又将阉党二百六十余人，或处死，或遣戍，或禁锢终身，使气焰嚣张的阉党受到致命打击。平反冤狱，重新启用天启年间被罢黜的官员。
崇祯干的第二件大事是根据大臣的建议，重点提拔了袁崇焕，向袁询问平辽之策。
袁崇焕进京陛见，侃侃而谈，并夸下海口：五年平辽！崇祯大喜，起用袁崇焕为兵部尚书，兼任右副都御史，督师蓟辽、兼督登莱、天津军务。赐予尚方宝剑，托付他收复全辽的重任。还答应每年调拨五百万两左右的白银用于辽东军事，这几乎是当时明朝军费的60%！
袁崇焕春风得意，手握巨额军费，兴高采烈地回到宁远，打造更坚固的关宁锦防线，这时却出了一件大事！
朝廷在皮岛（今朝鲜椴岛一带）设置东江镇，牵制后金军，任命悍将毛文龙为副总兵。天启六年以后，加授平辽总兵官，赐尚方剑，加封左都督，势力不断扩大，逐渐成为一个稳坐岛中，享其荣华富贵的“海外天子”。
毛文龙占居的东江，形势虽然足以牵制后金，但他本人谋略有限，每年浪费的军饷无法计算，并且只顾征招商贾，贩卖禁物，名义上在援助朝鲜，实际上是妄出边塞，没有战争的时候就以变卖人参、布匹为职事；有战争，也很少得到过他的功用。工科给事中潘士闻弹劾毛文龙浪费军饷滥杀俘虏的罪行，尚宝卿董茂忠请求撤了毛文龙的兵，专门整治山海关、宁远的军队，兵部讨论认为不行。
袁崇焕心里对毛文龙不高兴，曾上书请求派部臣到毛文龙处清理粮饷。毛文龙讨厌有文臣在身边牵制，上书反驳，袁崇焕很不高兴。袁崇焕升官后，毛文龙照例来拜见，袁崇焕按宾客之礼迎接他，毛文龙很不谦让，袁崇焕除掉毛文龙的主意更加坚决了。
袁崇焕升任兵部尚书后，以阅兵为名，乘船到达双岛，毛文龙前来会面。袁崇焕同他设宴饮酒、行乐，席间同他商量更改营制，设立监司，毛文龙很不高兴。
袁崇焕用离职返乡劝说他，毛文龙不肯，袁崇焕愈发不悦！
第二天，袁崇焕邀请毛文龙来观看将士们射箭，先在山上设了帷帐，埋下伏兵！袁崇焕在和毛文龙辞行时，诘问毛文龙几桩违法的事，毛文龙不服，大声抗辩，激怒了袁崇焕！
袁崇焕下令部下把毛文龙捆了起来，毛文龙仍很倔强。袁崇焕说：“你有十二条该斩头的大罪，知道吗？按我朝祖宗定下来的制度，大将领兵在外，必须接受文官的监视。你在这边一人专制，军马钱粮都不接受核查，一该杀。大臣的罪没有比欺骗君主更大的，你送上去的奏章全都蒙骗皇上，杀害投降的士兵和难民，假冒战功，二该杀。大臣没有自己的将领，有则必杀。你上书说在登州驻兵取南京易如反掌，大逆不道，三该杀。每年饷银几十万，不发给士兵，每月只散发三斗半米，侵占军粮，四该杀。擅自在皮岛开设马市，私自和外国人来往，五该杀。部将几千人都冒称是你的同姓，副将以下都随意发给布帛上千匹，走卒、轿夫都穿着品官官服和袍带，六该杀。你从宁远返回途中，劫掠商船，自己做了盗贼，七该杀。你强娶民间女子，不知法纪，部下效仿，使得百姓不安于家，八该杀。驱使难民远远去帮你盗窃人参，不听从的就被饿死，岛上白骨累累，九该杀。用车送金子到京师，拜魏忠贤为父，并在岛上雕塑他加冕冠的肖像，十该杀。铁山一战败北，丧师不计其数，却掩败为功，十一该杀。设镇八年，不能收复一寸土地，坐地观望，姑息养敌，十二该杀。”宣布完后，毛文龙丧魂失魄，说不出话来，只是叩头请免他一死。
袁崇焕召他的部将来，请出尚方宝剑，在帐前把毛文龙的头砍了下来！然后任用毛文龙的儿子毛承祚、副将陈继盛、参将徐敷奏、游击刘光祚为首领。收回毛文龙的敕印、尚方宝剑，令陈继盛代他掌管。又犒劳军士，传檄安抚各岛人民，全部废除了毛文龙的苛政。
袁崇焕先斩后奏，杀了毛文龙，崇祯皇帝自然不悦，但是朝中出了更大的事情，就顾不上追究袁崇焕之过！
那就是魏忠贤死后，朝廷的税赋收不上来了，国库空虚！
当时明朝的主要赋税钱粮来自东南地区，但是，钱却收不上来了！因为东南地区是东林党的地盘，这些人表面道貌岸然，实质上为了私人利益不顾国家大局，以种种借口抗税不交！
当年有魏忠贤压制，东林党还有所收敛，不敢不交税赋；如今魏忠贤已死，以东林党为代表的官宦集团独大，开始了和崇祯皇帝的对抗！
崇祯紧急召开御前会议，廷议的结果，是向西北地区加税！
西北地区本就贫穷，崇祯胡乱加税，偏巧当时又遇天灾，穷人活不下去了，就逼反了包括李自成在内的农民。
各地农民活不下去，铤而走险，开始造反，很快形成燎原之势！